研究人员使用新方法预测蛋白质功能

本月在网上发表的一篇论文在《华尔街日报》化学生物学性质,研究人员报告说,他们已经开发出一种方法来确定函数的成千上万的蛋白质的氨基酸序列数据是可用的,但其结构和功能仍然未知。

领导的研究小组伊利诺伊大学生物化学教授John a . Gerlt首次使用计算方法预测蛋白质氨基酸序列的功能。他们的“计算机”(计算机辅助)预测验证在实验室通过酶化验和x射线晶体学。

涉及的新方法搜索数据库中已知的蛋白质的氨基酸序列同源性最大的未知蛋白。研究人员然后使用已知最密切匹配的蛋白质的三维结构的蛋白质功能分析。

使用这个相同的结构数据建模,计算机执行的团队对接实验,以评估是否未知的蛋白质可能会绑定到任何一个巨大的图书馆潜在的目标分子,或基板。确定哪些衬底结合给定的蛋白质是理解蛋白质的重要功能。

“这项研究描述了一个集成的方法使用的实验技术,计算技术和x射线晶体学预测未知函数的一个蛋白质的功能,“Gerlt说。

这些方法将速度识别生物的任务角色的成千上万的蛋白质的功能尚未被发现。

”,而不是想做的30000种化合物(实验室)实验来确定它们底物,通过这种方法你可能做实验,10日“Gerlt说。

蛋白质的研究包括一个家庭中庞大而多样化的烯醇酶总科。烯醇酶是酶催化葡萄糖及相关化合物的分解代谢所需的其他分子。

烯醇酶的酶总科利用类似的反应机制,但催化反应不同,复杂的任务发现它们的功能。有超过3000个蛋白质的烯醇酶总科,其中多数尚未完全——或者准确——特征。(这项新研究也显示,一个家庭的烯醇酶蛋白质了。)

Gerlt和他的同事们认为他们开创的计算方法将帮助科学家更有效地解决这一问题的理解这些——和其他未知的蛋白质。

“有4 1/2百万序列中的蛋白质序列数据库,或者函数是已知的,可以分配给,一半的可靠性,”Gerlt说。”,告诉你,有很多生物学被发现。”