蛋白质-配体复合物中配体结构的自动确定方法

摘要

我们提出Afitt (OpenEye科学软件公司)，一个软件包自动配体构象生成和放置在算法识别的未填充电子密度。在实空间细化之后，配体溶液通过坐标和字典文件被Refmac或CNX发送给后续细化。我们在40个公开可用的数据集上验证了Afitt，选择它是因为它包含高度紧张的配体构象的例子(J. Med. Chem. 2004,47,2499 -2510)。我们表明，Afitt可以自动生成低应变配体构象和放置溶液的每个例子。此外，在每种情况下，对新解的改进都能得到与原始模型等效的拟合。