翻译基因组学研究所(TGen)，希望之城的附属机构，和先进生物实验室(ABL)最近公布的计划推出一种先进的结核病检测方法，DeepChek®一样．
由细菌引起结核分枝杆菌在美国，结核病是全球十大死亡原因之一，占全球人口的10%2017年有160万人死亡其中95%发生在发展中国家。抗结核药物是可以获得的，但它们的成功取决于对疾病的准确和及时检测以及严格遵守药物时间表。抗结核药物的不当使用正在导致耐药菌株的形成，如果要实现到2030年结束结核病流行的可持续发展目标，就必须解决这一问题。能够更快、更准确地检测耐药性的工具对于确保患者在正确的时间接受正确的药物治疗至关重要。
了解更多有关的发展DeepChek®一样以及它是如何检测结核病药物耐药性的，我们采访了他大卫·恩格尔塞勒博士TGen病原与微生物组部副主任、副教授。
安娜·麦克唐纳(AM):是什么激发了高级结核病检测的发展?有什么特别的动机促使这个项目开始吗?
David Engelthaler (DE):我们一直在开发一些先进的技术来了解病原体在它们的环境中是如何进化的，以及它们在健康和疾病之间是如何变化的。通过与加州大学圣地亚哥分校的一位合作者的讨论，我们意识到能够准确快速地检测结核病中的抗生素耐药性存在一个问题，因为:
-结核病细菌需要很长时间才能在实验室中生长，所以目前的测试可能需要几周的时间
结核病细菌在肺部以“混合种群”的形式存在，也就是说，肺部有多个独立的结核病种群在生长，其中一些会先于其他种群产生耐药性，这与其他现有的检测方法造成了混淆。
AM:你能给我们介绍一下这个测试是如何工作的吗?
德:我们的方法是使用高度多路复用的靶向测序，同时观察所有重要结核病药物的所有已知耐药标记。该方法本质上是一个组合:
- PCR，一种基本的分子工具，用于扩增目标DNA区域的小片段，以及
- DNA测序，我们对扩增的目标进行测序，以扫描重要突变的存在。
我们设计了引物——在我们感兴趣的区域启动扩增过程的DNA短片段——用于数十个已知的与结核病耐药性有关的基因区域。PCR和DNA测序必须一起工作，这样我们就可以同时放大所有的目标，并有一个内置的“条形码”，本质上是一个短的索引序列，附着在每个放大的DNA片段上。我们这样做是为了在测序过程中区分它们。扩增后的DNA材料可以放入DNA测序仪中，并与数十个样本进行批量处理。
然后使用定制软件包自动分析产生的序列数据，以提供关于患者感染的药物敏感性的临床友好型报告，以便他们能够最好地开出正确的药物。
AM:是什么DeepChek®一样这种测试从其他结核病测试中脱颖而出?
德:的DeepChek®一样分析是仅有的两种将采用这种靶向测序方法来确定耐药性的商业测试之一。这项测试背后的技术是由TGen开发的，并已在至少10项独立研究中发表，美国和全球的多个合作者都参与了这项研究。
AM:开发这项测试最大的挑战是什么?
德:最大的挑战是将这种先进技术转化为一种具有成本效益、易于使用的工具，可以在世界各地的不同实验室使用。我们的目标是减少所需步骤的数量，尽可能地自动化，并与市场上的各种测序平台合作。我们与先进生物实验室(ABL)的合作使这最后一步成为可能。
AM:有没有针对其他传染病开发类似检测的计划?
德:我们已经有了至少十几个不同版本的这种技术来对付其他关键的病原体和疾病。
我们有一个类似的测试，针对重要的医疗保健获得性感染(如MRSA、克雷伯氏菌、CRE等)的抗生素耐药性。我们有用于生物威胁检测的版本;空气和水环境测试版本;以及重要的媒介传播疾病病原体的多个版本;例如，蚊子病毒，如西尼罗河病毒，蜱病原体，如莱姆病菌。
尽管我们希望找到更多的生物技术合作伙伴来帮助这些检测方法在未来为临床应用做好准备，但这些方法目前都仅用于研究用途。
大卫·恩格尔塞勒接受了科技网络科学作家安娜·麦克唐纳的采访。188金宝搏备用
