十多年来，布里斯托大学一直致力于使用高性能计算(HPC)为世界领先和改变生活的科学研究做出贡献，在高性能计算和研究数据存储方面投资了超过1600万英镑。为了继续满足研究人员处理复杂和大量数据的需求，他们现在将受益于一种名为bluecrcrystal 4 (BC4)的新型高性能计算机器。BC4由高性能计算、存储和数据分析集成商OCF设计、集成和配置，拥有超过15,000个核心，使其成为英国最大的核心系统，理论峰值性能为600万亿次浮点运算。
为了了解更多关于这个新系统以及它将实现的工作，我们采访了布里斯托尔大学高级计算主任西蒙·伯比奇。
BC4是什么?它是如何建立在它所取代的系统上的?
除了科学理论和实验，高性能计算(HPC)是现代研究的第三大支柱。在布里斯托尔大学，我们有一个滚动计划，不断更新和投资我们的高性能计算服务。每三年，我们都会与用户进行交流，了解他们对系统的需求，他们想要什么，以及他们未来的抱负。然后，我们开始采购一台机器，以满足他们的需求，并在我们的预算范围内提供尽可能多的电力。
BC4是大学和我们的高性能计算集成合作伙伴OCF大量辛勤工作的结晶。该团队与联想、DDN和英特尔合作设计、集成和配置新系统。它与我们以前的HPC集群BC3高度兼容，因此我们的用户可以轻松地将工作从现有机器迁移到新系统上，新系统更强大——在3-4倍的范围内。
除了速度显著加快之外，BC4是否支持任何新的应用程序?
BC4包括32个NVIDIA Pascal p1000双GPU节点和一个GPU登录节点，这将真正对某些研究领域产生影响。以分子动力学为例，新系统使我们能够进行更大的模拟，用更大的原子系统和更多的分子来解决更大的问题。
gpu很难编程用于计算，你需要重写应用程序，这是复杂和耗时的，所以你需要成为一个优秀的程序员。但是，由于gpu固有的能力和芯片并行特性的使用，您可以获得比cpu更高的速度。
有一些特殊的应用程序，如Amber分子动力学包和BUDE，可以利用CUDA - Nvidia为gpu创建的并行计算平台和应用程序编程接口(API)模型。
你能告诉我们这个新集群将支持的一些令人兴奋的研究吗?
BC4在一项耗资180万欧元的埃博拉研究中发挥了关键作用，该研究旨在研究病毒进化的速度，以及对疫苗、诊断和治疗的相应影响。BC4的功能对这项研究来说是无价的——它被用于分析179例患者血液样本中的病毒原始数据，以确定每种病例中病毒的精确基因组成。
这使得该大学病毒学高级讲师David Matthews博士领导的团队能够研究病毒在过去一年中是如何演变的，为诊断测试、疫苗部署和实验性治疗方案等关键领域的公共卫生政策提供信息。
这个复杂的数据分析过程花费了大约560天的超级计算机处理时间，生成了9千亿个基因数据，以确定所有179个血液样本的病毒18000个基因序列。
马修斯博士将使用BC4来帮助进一步研究登革热和寨卡病毒。
BC4也是英国生物银行基因组学研究的一部分。它是来自真实患者的数据，研究他们的遗传，通过搜索遗传结构并将它们关联起来，帮助确定疾病可能的共同原因。
可以想象，这是计算密集型的。英国生物银行从全国各地招募了50万名年龄在40-69岁之间的人，以研究和改善各种危及生命的疾病的预防、诊断和治疗，包括癌症、心脏病、中风、糖尿病、关节炎、骨质疏松症、眼疾、抑郁症和各种痴呆症。
BC4将使他们能够更快地处理更多的数据集。
西蒙·伯布里奇采访了科技网络的高级编辑杰克·拉德。188金宝搏备用
