SWATH-MS生成高可重复性的数据

研究的可重复性是关键，但对于跨多个学科的许多技术来说，这是一个挑战。一个调查¹2016年发表在《自然》杂志上的一篇论文显示，超过70%的研究人员无法重现另一位科学家的实验，超过一半的研究人员无法重现自己的实验。一个最近的研究²旨在解决swath -质谱(MS)的定量和定性再现性，这是一种数据独立的采集技术，可以完整和永久地记录生物样品中存在的可检测肽前体的所有片段离子。“基于当时已经出现的工作，很明显，SWATH采集将成为蛋白质组学的一项重要量化技术，实验室已经证明，在较小的研究中，大量蛋白质可以在蛋白质组学样本中非常重复地量化，”发表在《自然通讯》上的研究作者之一克里斯蒂·亨特博士评论道。Christie接着说:“还有许多其他重要的多位点研究，这些研究是针对其他蛋白质组学技术进行的，这证明了以这种方式测试技术的重要性。”

结合MS的靶向蛋白质组学已经成为一种强大的研究工具，提供了一段时间可重复的结果。然而，该技术在样品中可检测到的蛋白质数量方面受到限制。SWATH-MS没有这种限制，使其成为大规模蛋白质组学项目的候选技术。先前的SWATH-MS研究表明实验室内重复性高，但尚未评估实验室间的差异。

“我们有两个问题，我们认为在这个时间点测试很重要。多个实验室能对同一个样本产生非常相似的数据吗?SWATH采集是否能够跨实验室生成大规模数据集，以实现大规模定量生物学实验?克里斯蒂评论道。在这项研究中，全球11个实验室分析了标准样本，包括30个稳定的同位素标记的合成肽，这些合成肽在消化的HEK293细胞的复杂蛋白质背景中稀释，浓度跨越六个动态范围。这五个样本在同一天、多天和多个地点进行了多次分析。共有229份数据文件由参与的实验室生成，然后进行集中比较，以进行定量和定性的一致性。

结果表明，从HEK293细胞中提取的>4000蛋白具有一致性和可重复性定量。对标准肽的检测表明，采用SWATH-Acquisition建立的灵敏度、动态范围和重现性是一致的。

这项研究表明，从高度异质性的样品中检测大量蛋白质不仅可行，而且提供了可靠和可重复的定量结果。对大量蛋白质组的比较定量分析正变得越来越容易，因此，预计以这种能力为前提的研究正在增加。这可能产生影响的应用包括来自大型患者队列的临床材料分析(例如，生物标记物，个性化药物研究)，使用遗传参考集合或野生型群体将蛋白质丰度与基因组特征关联(例如，定量追踪位点或全基因组关联研究)，或使用体外模型系统进行大规模扰动筛选(例如，药物筛选)，这些现在都是可行的。

该数据在定量蛋白质组学中大规模数据采集的稳健性方面取得了重大进展这篇论文²得出结论，预计该结果将增加对SWATH-MS的信心。Christie说:“随着人们对精准医学研究的日益关注，以及对分析更多样本的需求的更好理解，定量分析大量样本的能力将变得至关重要。”

参考文献
1.1500名科学家揭开了再现性的面纱。自然。2016年5月26日;533(7604):442 -4。doi: 10.1038 / 533452 a。PubMed midd: 27225100。

2.Collins BC, Hunter CL, Liu Y, Schilling B, Rosenberger G, Bader SL, Chan DW, Gibson BW, Gingras AC, Held JM, Hirayama-Kurogi M, Hou G, Krisp C, Larsen B, Lin L, Liu S, Molloy MP, Moritz RL, Ohtsuki S, Schlapbach R, Selevsek N, Thomas SN, Tzeng SC, Zhang H, Aebersold R. swas -质谱再现性、定性和定量性能的多实验室评估。2017年8月21日;8(1):291。doi: 10.1038 / s41467 - 017 - 00249 - 5。PubMed midd: 28827567;PubMed Central PMCID: PMC5566333。