COVID-19检测
自2019年12月在中国武汉市发现第一例COVID-19病例以来,该疾病已在世界各地迅速传播,夺去了成千上万人的生命。控制疾病和减少感染人数的努力,包括旅行限制和社会距离措施,如关闭学校和隔离。
然而,世卫组织总干事谭德塞博士在一次媒体吹风会上说2020年3月16日,他指出,各国需要采取更多行动,提高检测、隔离和接触者追踪的比率,他将其称为“应对措施的支柱”。
在演讲中,他补充道:“你不能蒙着眼睛灭火。如果我们不知道谁被感染,我们就无法阻止这场大流行。我们要向所有国家传递一个简单的信息:试验、试验、再试验。”
测试能告诉我们什么?
“传统上有两种类型的传染性生物诊断测试-病毒本身的测试(当前感染)和病毒抗体的测试(先前感染)。”埃莉诺·莱利,爱丁堡大学免疫学和传染病学教授。
检测某人是否在该时间点感染了SARS-CoV-2病毒(检测活动性感染)对以下方面很重要:
- 确保病人得到适当的治疗。
- 能够迅速隔离受感染患者,并进行接触者追踪,以防止病毒进一步传播。
- 确定某一天有多少人被感染。
检测一个人过去是否感染过SARS-CoV-2病毒可用于:
有哪些类型的测试方法?
正在检测病毒的存在
聚合酶链式反应
PCR是目前病毒诊断检测的“金标准”。
“PCR检测在感染早期很重要,因为它可以帮助我们隔离受感染者并控制疫情。PCR检测在疫情后期也很重要,因为它向我们展示了病毒是如何在人群中传播的,然后我们可以计算出出现严重并发症的人的百分比,这揭示了这种病毒对不同人的危险程度。”Zania Stamataki博士,伯明翰大学病毒免疫学家。
目前可用的大多数COVID-19诊断方法都基于该技术,包括:
- 世卫组织将发布的首个诊断检测方法,作为COVID-19诊断检测指南。测试是由德国感染研究中心开发2020年1月。
- 疾控中心的检测方案(疾控中心2019-新型冠状病毒(2019-nCoV)实时RT-PCR诊断板)该公司于2020年2月4日获得了用于COVID-19诊断和检测的紧急使用授权(EUA)。
这些PCR检测可以检测特定的SARS-CoV-2病毒遗传物质(RNA)。
首先,从患者的鼻子或喉咙中提取样本。如果存在,则使用提取试剂盒和由病毒RNA模板制成的互补DNA (cDNA)副本分离SARS-CoV-2遗传物质。引物放大这些病毒衍生的DNA序列。一系列引物可用于靶向SARS-CoV-2基因组特异性的核酸序列。
序列特异性探针被设计成结合下游的引物之一,并在反应过程中给出荧光信号。探针的一端标记有荧光报告分子,而另一端具有猝灭分子。当它们物理上接近时,荧光较低,但如果样本中存在目标序列,探针结合并在反应过程中被聚合酶裂解。这分离了荧光报告器和猝灭器,因此猝灭器不再抑制荧光信号。然后在每个PCR周期中检测发射的荧光,目标cDNA存在的越多,探针被切割的越多,信号变得越强
如果不存在SARS-CoV-2 cDNA,探针不会发出荧光,表明患者没有感染COVID-19。
基于pcr的方法可以检测到非常低水平的病毒RNA,所以是高水平的敏感的能够实现COVID-19的早期诊断感染后几天,甚至在临床症状出现之前。然而,他们需要熟练的人员和复杂的,往往昂贵的设备,与周转时间通常超过24小时(包括样品的运输),这意味着它们不适合快速、即时的情况。糟糕的采样技术也会导致相对较高的假阴性率。试剂短缺在许多国家造成瓶颈,限制了可进行的检测数量。
正在开发替代分子方法
张锋,奥马尔·阿布达耶,乔纳森·古腾伯格最近开发了开放获取的SHERLOCK研究协议并设计可用来开发基于crispr的COVID-19测试的资源。
其他几个研究小组目前也在开发这一领域的测试,还有一些预印本最近已提交。预印本是指尚未经过同行评审的文章。因此,结果被认为是初步的,应这样解释。
- 康涅狄格大学健康中心刘长春博士的实验室提交了一份报告预打印详细的All-In-One Dual CRISPR-Cas12a一种快速、超灵敏、特异性和目视检测病毒核酸的测定方法。
- 另一个预印本描述了逆转录环介导等温扩增的潜力(RT-LAMP)作为一种更快、更便宜的即时检测。
诸如此类的方法可以提供优势,包括更快,更适合即时使用,而不需要昂贵的设备。然而,可能的限制包括需要不同的反应系统和多个手动操作。
抗原检测
抗原测试不是检测病毒RNA的存在,而是检测病毒蛋白质,比如在病毒表面发现的那些。这些测试将揭示一个人目前是否感染了这种病毒——一旦感染消失,抗原也会消失。
它们很可能被设计用于拭子样本,并可以在护理点使用,以取代基于分子的测试,如PCR。
然而,根据伦敦帝国理工学院病毒学讲师Michael Skinner博士的说法:“为试剂盒识别和生产所需抗体的复杂性意味着该测试的发展远远落后于抗体的发展。”
一群欧洲光子学科学家目前正在开发一种超灵敏的激光传感器,可以在几分钟内从唾液或鼻拭子中检测出SARS-CoV-2抗原。
既往感染检测
抗体测试
基于抗体的测试通过检测一个人的血液或血清中的抗体来揭示一个人是否接触过病毒。它们是快速而简单的测试非常适合即时使用.
抗体测试的挑战在于知道何时进行测试。首先产生IgM抗体,几天后产生IgG抗体。可以区分IgM和IgG的测试可以提供感染阶段的信息。
目前尚不清楚一个人自身的抗体是否会保护他们免受SARS-CoV-2的再次感染,如果是这样,这种保护能持续多久。
目前正在进行一些抗体测试:
- 一个预印来自伊坎医学院的研究人员详细介绍了一种ELISA检测方法的开发,该方法能够在临床症状出现3天后检测SARS-CoV-2抗体。
- EUROIMMUN的基于抗体的COVID-19诊断检测最近获得了CE认证。
- 贝克曼·库尔特是开发测试检测冠状病毒IgM和IgG抗体。
加快提供COVID-19诊断检测试剂盒
全球各地都在努力增加检测,包括扩大和克服现有方法的瓶颈,以及推动对开发新的、更好的检测方法的研究。EUAs等措施有助于加快这一进程。
EUA使未经批准的医疗产品或未经批准的医疗产品用途能够在美国紧急情况下使用,当没有足够的、已批准的和可用的替代品时。美国卫生与公众服务部部长于2020年2月4日确定COVID-19为突发公共卫生事件,随后宣布情况允许授权 紧急使用在体外诊断 用于检测和/或诊断导致COVID-19的病毒。2020年2月29日,美国 FDA发布指南 允许根据CLIA获得认证进行高复杂性测试的实验室在获得FDA授权之前使用其经过验证的COVID-19诊断测试。该指引已进一步更新 2020年3月16日 包括一项政策,使各国能够授权其国家或领土内的实验室开发自己的COVID-19检测方法并进行标本检测,而无需提交EUA请求。
目前EUA COVID-19诊断包括:
- 新型冠状病毒(2019-nCoV)实时逆转录酶pcr诊断板(CDC)
- 纽约州SARS-CoV-2实时RT-PCR诊断板(纽约州卫生部Wadsworth中心)
- cobas SARS-CoV-2(罗氏分子系统公司)
- TaqPath COVID-19 Combo Kit(赛默飞世尔科学公司)
- Panther Fusion SARS-CoV-2 (Hologic, Inc.)
- COVID-19 RT-PCR检测(美国实验室公司)
- Lyra SARS-CoV-2检测试剂盒
- Quest SARS-CoV-2 rt - pcr (Quest Diagnostics Infectious Disease, Inc.)
- 雅培实时SARS-CoV-2检测(雅培分子)
- Simplexa COVID-19 Direct (DiaSorin Molecular LLC)
- ePlex SARS-CoV-2检测(GenMark Diagnostics, Inc.)
- COVID-19基因实时PCR检测(Primerdesign Ltd)
- Xpert Xpress SARS-CoV-2检测试剂盒(造父变星)
- BioFire COVID-19测试(BioFire Defense, LLC)
- 阿库拉SARS-Cov-2检测试剂盒(梅萨生物技术公司)
- PerkinElmer新型冠状病毒核酸检测试剂盒
- AvellinoCoV2测试(Avellino Lab USA, Inc.)
- SARS-2019-nCoV实时荧光RT-PCR检测试剂盒(华大基因有限公司)
- ID NOW COVID-19 (Abbott Diagnostics Scarborough, Inc.)
- 冠状病毒扩展面板检测(Luminex分子诊断公司)Luminex分子诊断公司)
- NeuMoDx SARS-CoV-2检测试剂盒(NeuMoDx Molecular, Inc.)
- QIAGEN公司QIAstat-Dx呼吸道SARS-CoV-2检测试剂盒
- qSARS-CoV-2 IgG/IgM快速检测(Cellex Inc.)
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COV-19 IDx检测(Ipsum Diagnostics, LLC)