十年的DIA和关键里程碑:片DIA 10周年
“DIA LCMS基于蛋白质组学的方法,”约翰霍普金斯大学的博士本杰明Orsburn写道,他的一个关键外卖在坎昆参加2022年世界国际大会之后,墨西哥。这并不令人惊奇社区片DIA (data-independent收购)质谱(MS)已经超过了预期的蛋白质组学研究社区在过去的十年。刚刚庆祝10周年,片DIA下一代液相色谱串联质谱(质/ MS)的方法,很快就被证明是蛋白质组学研究人员之间的采集方法的选择。尤其是在omics-based研究,努力推进片DIA使热门的研究领域,如个性化医疗和单细胞研究的兴起。
视数据采集(DDA)和选择反应监测(SRM)是两个质/ MS技术,传统上被用来检测样品中分析物。然而,与这些相比前任片DIA是更敏感的测量对于识别分析物和其他相关数据的分析。在一片DIA的方法,完整的质荷比(m / z)感兴趣的样品范围分为无数个窗口,每个窗口内的所有离子在哪里分散。这个结果在深入识别和准确肽量化不限于分析感兴趣的预定义的肽。“片(DIA)是一种强大的方法来帮助研究者开发定量方法以快速的方式,允许在样本中所有化合物的测量目标的方式。桥梁DDA方法和MRM之间的差距,为快速识别和量化的化合物提供MRM品质,“SCIEX,斯蒂芬•泰特博士解释道:片DIA背后的主要开发者之一。
片DIA的关键里程碑
10周年片DIA表示一段时间的巨大增长,只是将继续发展,影响广泛的领域和精密的医学。尽管10年前只有大约10%的人体组织蛋白质组可以量化,今天,蛋白质组学社区可以使用片DIA量化拟完备组织蛋白质组。这戏剧性的改善的结果更好的样品制备方法,先进的色谱法、精制采集方法,更有效的质谱仪和先进的数据处理算法。当我们展望未来创新这种技术将带来,我们不能忘记革命关键里程碑片DIA帮助研究人员实现。
启动新发现的蛋白质
Ruedi Aebersold博士负责人,退休在苏黎世联邦理工学院生物学系,大大促进了片DIA连同他的实验室的创建和发展在SCIEX和研究团队。从2011年到现在,他的努力,以及其他许多杰出的研究人员的贡献——在地图上片DIA人员访问。“片(DIA)理想的蛋白质组学让我们调查,例如,基因变异是如何转化为表型,并继续执行生物标志物研究,Aebersold”状态。”第一次,我们可以测量数以百计的类似样品可靠和温和的努力,完全相同的类型的细胞,但在不同的国家,大量的样本个体,从一个个体,或从不同的组织,使有意义的比较,”他继续说。事实上,虽然第一片DIA QTOF系统上,实现工作流已变得更为普遍比最初预期,甚至被用于orbitrap-based仪器和与离子流动分离技术。
卢卡斯Reiter博士Biognosys首席技术官与Aebersold紧密合作,研发团队在SCIEX开发这项技术,他刚从Aebersold集团的启动时间。在其发展的早期阶段,分析片DIA数据“令人生畏的和结果通常是微薄的,”Reiter解释道。他补充说,这是经过一些讨论Aebersold组成员,佩德罗•纳瓦罗博士和博士,卢多维奇吉莱尤里卡时刻发生:它们可以应用最近开发的算法和一个中间目标提取的过程,将片DIA数据转换成数据,MRM的样子。Reiter片DIA描述为“无缝的数据采集和健壮的数据处理,结果一致和精确的量化。”
在这个领域最非凡的成就之一来自国际人类蛋白质组计划,最近发表在90%的人类蛋白质可检测。蛋白质分为“失踪”也确认,导致知识基地通知救命药物的发展。类似地,赵谱库10000片DIA定量描述了蛋白质与中国仓鼠卵巢细胞系。项目不仅是国际贡献许多蛋白质组学的整体成功的项目,但他们也提高标准数据共享,质量保证和未来的指导方针,蛋白质的发现。
加强临床实验室肿瘤和神经科学研究的能力和加速发展
作为质谱片DIA成为领先的技术研究、肿瘤等领域利用的新的可能性。应用在这些领域的数量显著增加,包括分子分类、致癌途径分析、药物和生物标志物的发现和揭示机制的治疗反应和阻力。
这是短距起落癌症中心的一个例子,一个设施,致力于理解癌症生物标记和开发更多个性化和精确的治疗方案。中心以多种方式得益于DIA狭长。目前,他们使用它告知新的治疗慢性粒细胞白血病,可能会延长病人的生命。短距起落中心,连同其他中心和临床实验室,使用DIA狭长进行蛋白质组学分析比以往更高的带宽,增加大型项目的数量他们可以马上工作。
片DIA也被证明是一个成功的方法在神经科学,推出新的蛋白质重要信息来诊断和治疗阿尔茨海默氏症。在一个研究超过3200的老年人,片DIA作为主要的方法论,Basisty和协助研究人员发现,某些衰老因素——从衰老细胞分泌物——在等离子体在老化过程中升高。这一发现有助于努力确定一种生物标志物相关迹象表明阿尔茨海默病病理的存在在大脑和身体的其他部位。
应对COVID-19大流行
马库斯Ralser,博士学位教授,查利特大学医学生物化学研究所的负责人,已成为仪器在片DIA的进步。此外,他的作品提供了证据片DIA对全球影响的研究。最近,他的研究小组使用片DIA (short-gradient,高速流液相色谱)临床分类器识别超过25也被称为生物标记,与轻微到严重COVID-19菌株相关联。片DIA方法被描述为一个“快速反应,临床上可操作的技术适应传染病疫情,”对它的多功能性。
为未来的研究铺平了道路
改善片DIA方法是为未来的研究铺平了道路的关键。今年早些时候,SCIEX启动芝诺片DIA开发解决灵敏度和速度问题,注意到在以前的版本中。这不仅可以让研究人员收集更多的有意义的,无偏见的数据,但它也将减少所花费的时间收集,缩短数据采集和分析过程。
像大多数新技术、发展过程是不断发展的。芝诺片DIA的速度和质量无疑会继续改善,创造更有效的过程。很明显,印度是一个中央的催化剂将质谱从一个科学发现拥抱涉及多个样本的临床试验和研究。这个更新的方法允许轻松地重现方法,促进科学家分析新课题的能力。
超过2400引用记录在过去的十年中,同样清楚的是,最初的DIA手稿继续做蛋白质组学研究产生深远影响。只有10年之后推出,它是安全的女士说片DIA是未来的技术。依然存在的问题是:我们要从这里去哪里?进一步加快DIA下一步是什么?
芝诺片DIA等新技术可以帮助推动片DIA未来,使生命科学社会继续发展的开创性的研究。
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