Vizgen该公司是一家致力于通过可视化单细胞空间基因组信息来促进人类健康的生命科学公司，最近启动了一个持续的数据发布计划，使科学界能够访问开源空间基因组数据。作为程序的一部分发布的第一个数据集是MERFISH小鼠受体图，是迄今为止最大的空间基因组学公共数据集。
Vizgen的科学联合创始人、技术和合作总监乔治·伊曼纽尔博士接受了记者的采访188金宝搏备用请向我们详细介绍该项目，其目标和预期影响。在这次采访中，伊曼纽尔博士还讨论了老鼠受体地图中一些最令人兴奋的发现，并强调了数据集将如何使人类受益人类细胞图谱项目。
安娜·麦克唐纳(AM):你能告诉我们更多关于数据发布计划的起源和目的吗?
乔治•伊曼纽尔(通用电气):跨整个组织的单分子分辨率的空间转录组分析有可能为我们理解复杂的生物系统提供下一步。出于几个关键原因，我们将数据发布计划整合在一起，向社区介绍MERSCOPE平台测量的数据类型。首先，作为一种资源，可以补充已经在进行的研究，以更好地了解大脑的功能组成。其次，这些数据为研究人员提供了一个例子，说明这种高分辨率的空间转录组学数据如何应用于他们特定的研究问题。第三，提供一个完整的数据集可以使计算界开始开发从这类数据中提取相关生物特征的工具。空间基因组学是一个新兴领域，我们希望帮助教育那些从未接触过这类数据的人，让他们了解下一代基因组学将实现的各种见解和发现。
问:您预计获取开源空间基因组数据将产生什么影响?
通用电气:高质量的开源数据有可能加速生物学的发现。大多数学术数据最终会进入公共领域，但通常是在首次获得一到两年之后。由于MERFISH已经通过了各种顶级科学出版物的验证，我们对MERSCOPE生成的数据质量感到满意，并希望将数据提供给尽可能多的研究人员，以便他们开始挖掘其生物学见解。我们希望提供开放源代码的空间基因组学数据将有助于研究界了解空间基因组学中可用的额外信息。我们公开这些数据的愿景是使研究人员能够做出具有生物学意义的新发现，或受到启发开发分析数据的新工具。
AM:这个程序如何适应人类细胞图谱项目?
通用电气:人类细胞图谱项目是一个倡议创建所有人类细胞的综合参考图．从本质上讲，地图需要空间信息，没有商业价值目前市场上除了MERSCOPE之外的其他技术，能够以如此高的多路复用能力为大型组织中的所有细胞提供单细胞信息。我们的MERFISH小鼠大脑受体图展示了MERFISH领导人类细胞图谱项目的能力。例如，这些数据可以帮助人类细胞图谱社区建立在现有单细胞测量的基础上，以发现新的发现，或者可以为生物信息学开发管道提供信息。我们看到了很多数据适合人类细胞图谱项目的可能性，我们期待着在6月底的人类细胞图谱会议上展示。
AM:数据集是如何生成的?
通用电气:数据集是使用MERSCOPE平台解决方案的原型生成的。该数据集包含9个完整的冠状切片测量数据——横跨小鼠大脑的3个位置，每个位置有3个生物重复。每个切片都按照我们标准的MERSCOPE样品准备协议进行处理。从新鲜的冷冻组织块上，切下10微米厚的薄片并粘附在MERSCOPE载片上，将MERSCOPE编码探针杂交，将每个二进制条形码印在目标转录本上，然后将样本放在MERSCOPE上，使用连续的成像轮读取条形码。该平台获得了整个样本的原始图像，并对这些图像进行处理，以解码条形码并识别每个RNA转录本的位置，此外还使用额外的DAPI和PolyT染色剂对细胞体进行分割。这导致了所有9个切片的MERSCOPE输出:所有检测到的转录本列表及其三维空间位置(CSV)、马赛克图像(TIFF)、细胞分割分析的输出，包括每个细胞矩阵的转录本(CSV)、细胞元数据(CSV)和细胞边界(HDF5)。
AM:为什么选择老鼠受体地图作为第一个数据集?
通用电气:大脑包含了复杂的不同类型的细胞，包括许多不同的抑制性和兴奋性神经元、星形胶质细胞、单核细胞、内皮细胞和少突胶质细胞。我们仍然没有完全了解这些细胞是如何在大脑中进行空间排列的，以及它们的空间组织如何有助于复杂认知过程的整体出现，但MERFISH是一种工具，可以让研究人员直接询问这些方面。我们选择MERFISH小鼠大脑受体图作为第一个数据集，因为它展示了空间转录组学在最具挑战性的组织之一中推进生物学发现的力量。
记者:有没有透露一些特别有趣的细节?
通用电气:对于第一个数据集，我们构建了一个包含483个基因的面板，包括~50个典型标记和~450个小鼠大脑受体，包括GPCRs和rtk。GPCRs介导信号传递，可能在大脑衰老和神经退行性疾病背后发挥重要作用，但表达低，难以用其他技术捕获。尽管许多GPCRs以前没有在大脑中被广泛表征，但几乎所有的GPCRs都表现出非平凡的空间组织。数据集中需要强调的是，我们展示了MERSCOPE检测一些特别低表达基因的能力，包括OXTR(催产素受体)TSHR(促甲状腺激素受体)，以及INSR(胰岛素受体)。例如，当我们开始了解大脑不同区域表达的不同GPCRs的功能意义时，检测这些低表达基因的能力可以帮助药物开发。
问:你能对正在筹备中的未来地图集发表评论吗?
通用电气:我们计划继续发布数据集，突出MERSCOPE平台在不同应用领域的强大功能。我们下一次发布的数据可能会更具有临床相关性，比如人类癌症组织，或者细胞分割不像大脑中那样直接的致密组织。我们从内部项目中得到了一些令人兴奋的结果，这些结果可能会导致更多的数据发布。我们希望最终为整个研究界建立一个可访问且分类良好的MERFISH数据库。
乔治·伊曼纽尔博士接受了科技网络科学作家安娜·麦克唐纳的采访。188金宝搏备用
