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将FISH带入21世纪

乳腺癌细胞的染色体不稳定性。图片来源:NCI癌症研究中心/托马斯·里德

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今天的细胞遗传学实验室正面临着通过使用更有效的技术来优化试剂和人工成本以及减少检测时间的挑战。为了满足这一需求,BioDot-高通量超低容量点胶系统的全球领导者-正致力于通过改进荧光技术开发下一代细胞遗传学原位杂交技术是一种关键的分子细胞遗传学技术。

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最近与BioDot的业务发展副总裁布莱恩·柯克(Brian Kirk)进行了交谈,以了解更多关于FISH、它的优势和应用。在这次采访中,Brian还强调了新技术是如何解决经典FISH的一些局限性,并将该技术引入21世纪。

安娜·麦克唐纳(AM):你能概述一下FISH和它的一些应用吗?

布莱恩·柯克(BK):
样本的细胞遗传学分析用于识别染色体异常,以检测和研究遗传疾病、血液病和癌症。荧光原位具体来说,杂交是一种经过试验和测试的细胞遗传学技术,用于可视化和绘制细胞中的遗传物质。FISH使用荧光探针针对特定的DNA序列,通过标准的实验室方法检测已知的遗传改变。通过FISH,科学家可以检测基因异常,包括缺失、重复或易位。它还可以进行染色体“绘画”,使用多个荧光团进行检测染色体重排。由于其简单和可靠性,FISH是评估许多生物标志物的首选工具,并已成为监测癌症疾病进展的关键平台。研究人员还依靠FISH来帮助我们进一步全面了解疾病生物学。

为什么这项技术是如此受欢迎的诊断工具?

汉堡王:
FISH具有高度特异性和准确性,可用于多种方案和样本类型,包括血液、骨髓和实体肿瘤。由于FISH是许多细胞遗传学实验室的主要产品,因此实验室中已经存在大量现有的专业知识,所需试剂的强大供应链和已建立的工作流程已经到位。在实体瘤中使用FISH尤其有益,因为它保留了组织的完整性。用新技术取代FISH,如下一代测序(NGS),可能是一项昂贵而复杂的任务,涉及引入新的工作流程和雇佣能够分析大量数据的生物信息学家。此外,许多新兴技术具有更复杂的协议和更长的周转时间,而FISH可以在相对较短的周转时间内执行。这些障碍对许多实验室来说是望而却步的,而FISH仍然是细胞遗传学的金标准,并在此基础上不断改进。

AM:传统上与这项技术相关的一些限制是什么?

汉堡王:
FISH传统上涉及手工操作的方法来处理和分析样品。DNA FISH探针是相当昂贵的试剂,特别是当使用供应商推荐的试剂体积每片。许多实验室都在寻找机会将这一过程自动化,以提高产量、提高生产率、质量和成本效益,同时每个样品使用更少的探针以额外节省成本。然而,新技术可以解决这些挑战,巩固FISH作为细胞遗传学检测的金标准,并有利于未来几年的疾病研究。

AM:新技术是如何改进技术并帮助克服这些问题的?

汉堡王:
最新的FISH技术引入了标准化、自动化和小型化,以提高效率和吞吐量,同时降低实验室的成本。

在BioDot,我们为FISH开发了一个更高效、多路复用的平台。通过使用非接触和定量的流体分配技术来小型化和自动化玻片制备,我们能够将纳米升的流体分配到玻片上,精度更高,速度更快,无需用户监督。它使高可重复性的分析,以8个单独的杂交区域,每张幻灯片的多路复用。这解决了经典FISH的许多低效率问题,可以对更小的样本量进行可靠的测试,将昂贵的荧光探针的体积从每次测试所需的10微升降低到每个样品只需0.5微升,并减少了需要处理和分析的玻璃碎片。探针使用的减少为实验室带来了显著的节省,因为探针使用构成了FISH的最高成本。

这种改进的FISH方法可用于处理各种基质,在将样品打印到载玻片上之前自动稀释或浓缩样品,从而实现更大程度的标准化。增加的可重复性使分析实现可靠的自动化,使用自动荧光显微镜进一步减少周转时间。内置的条形码阅读器意味着在整个处理过程中仔细跟踪每个样品,使样品管理更容易,效率更高。这种独立于供应商的方法已经在大多数常见的FISH探针供应商中得到了验证,它们具有广泛的不同探针集。临床诊断实验室已经开始采用这种转变,我们称之为细胞遗传学2.0。

AM:我们对细胞遗传学的未来有什么期待?NGS等替代技术将发挥多大的作用?

汉堡王:
实验室诊断程序很少是单一的应用,而是提供患者病情的完整图像的补充研究。虽然像NGS这样的替代方法肯定是有价值的诊断工具,但FISH仍然是诊断的金标准,因为它易于使用,并且能够从样本收到到结果进行同一天研究。随着探针体积的减少和操作时间的减少,FISH的自动化将有助于临床和研究实验室中FISH测试的持续扩展,最终推动更好的患者结果。

布莱恩·柯克采访了科技网络的科学作家安娜·麦克唐纳。188金宝搏备用

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安娜·麦克唐纳
安娜·麦克唐纳
科学作家
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