临床蛋白质组学和计算生物化学和尤尔根•考克斯教授

的计算系统生物化学组马克斯普朗克研究所的生物化学开发计算方法的识别和量化分子细胞成分、组织和体液。

利用大数据集的输入产生的质谱(MS)的蛋白质组学研究和下一代测序,研究小组努力识别生物分子的相互作用,破译他们的生理功能。这是通过计算统计分析和计算机模拟。

领导的小组尤尔根•考克斯教授。协同的研究部门跑马提亚曼教授考克斯发达MaxQuant女士——定量蛋白质组学的软件工具,分析大数据集。考克斯的研究也集中在医学,他的方法可以用于广泛的应用程序。

188金宝搏备用技术网络最近与考克斯教授说,了解更多关于他正在开发的软件工具,以及4 d蛋白质组学工作流加强临床蛋白质组学的研究。

莫莉·坎贝尔(MC):请你能解释4 d蛋白质组学是什么,以及它如何有助于我们理解蛋白质的作用在临床条件?

尤尔根•考克斯(JC):4 d蛋白质组学是蛋白质组研究的新颖方法执行测量通过最近的事态发展在MS仪器,例如由力量timsTOF Pro,和改进在蛋白质组学软件MaxQuant我们发展在我的实验室。离子迁移谱法基本要素,这是耦合的标准质/ MS蛋白质组学工作流。它增加的数量从三个维度的原始数据(m / z,保留时间和信号强度)4。

主持人:为什么它有利于采用4 d蛋白质组学方法,基于蒂姆和PASEF,研究蛋白质而不是标准的3 d方法?

JC:4 d蛋白质组学方法提供了几个优势。底层TOF技术提供了一种高速生成肽碎片光谱然后用于识别多肽。这允许扫描深度的额外维度。额外维度达到一个更好的肽的分离特性的原始数据。与碰撞截面,它提供了一个额外的分子特性,可以用于提高肽的识别。

主持人:你为什么选择在你的实验室采用跨学科的研究方法研究蛋白质组学什么时候?有与此相关的挑战吗?

JC:我们需要专业知识从不同背景的大型组合。在软件和算法开发尖端就会对我们的团队是不够的。此外,我们在统计和机器学习所需要的知识,包括深度学习和理解女士仪器的内部运作。最后,为了能够将数据转化为生物医学的发现,我们必须了解生物过程集成。

主持人:你通常采用哪些技术实验室,为什么?

JC:我们是一个计算实验室没有湿实验室和设备由女士自己。相反,我们与大学合作研究实验室,供应商和制药公司合并的非软件方面我们的工作。这个星座允许我们在广泛的技术工作。

发达MaxQuant MC:你,你说的是一个“进行中的工作”,“不断扩大和改善以满足生物过程的复杂性”。一些最近的改进都和你的下一步是什么呢?

JC:最近的改进之一是一个突破的帮助下在预测MS / MS谱深度学习算法。我们可以预测的精度从序列将开辟新的方向碎片光谱在分析data-independent收购蛋白质组学数据,提高覆盖率猎枪蛋白质组学工作流。

主持人:在开发软件时蛋白质组学和计算方法适用于临床环境中,需要哪些关键特性?在发展中存在哪些挑战这样的软件吗?

JC:在分析临床样本的一个主要挑战,特别是血浆蛋白质组是高动态范围的样本中包含的蛋白质的浓度。在这里,先进的仪器和软件不断提高灵敏度。特别的挑战的软件开发是推动量化其局限性的银两和DIA数据准确性和灵敏度。而且,由于临床数据分析对人类的健康有直接影响个人,特别注意必须致力于获得答案的可靠性数据分析。

主持人:4 d蛋白质组学如何推进研究领域前进?有什么障碍吗?

JC:4 d蛋白质组学提供了一个良好的深度而言,可以测量的蛋白质数量和受人尊敬的动态范围,两者都是有益的对于许多应用程序。

尤尔根•考克斯教授说,莫莉坎贝尔,科普作家、技术网络。188金宝搏备用