部署云计算技术来对抗小儿癌症

圣裘德儿童研究医院最近推出了圣裘德云,在线数据共享和协作平台,提供研究人员访问世界上最大的公共库的儿科癌症基因组学数据。我们赶上历程,计算生物学博士,部门的主席和圣裘德赋予椅子在生物信息学圣裘德儿童研究医院讨论云计算及其对儿童的影响的研究。

你能告诉我们关于圣裘德云项目起源和发展?

张历程(生理):圣裘德云圣裘德儿童研究医院是一个伙伴关系,DNAnexus克服的挑战和微软技术局限性如存储和速度推进科学发现从巨大的数据存储库。之间的对话伙伴关系源于圣裘德,微软和DNAnexus对计算处理全基因组数据的挑战。

团队意识到,汇集所有三个机构能够解决挑战圣裘德基因组学和自由研究者努力专注于复杂的研究问题。

圣裘德生成儿科癌症数据。微软基因组学调用执行校准和变体,billion-piece谜题的原始基因组数据对齐到一个参考基因组,然后确定的对齐和参考基因组之间的区别。DNAnexus提供了一个开放的、灵活的云计算平台,它支持微软基因组服务以及其他基因组学服务,提供研究人员访问工具和一个协作生态系统中不同的数据集。

你能告诉我们更多关于圣裘德云的三个方面——数据,工具和可视化,可以帮助解释这些方面推进进展的领域内儿科癌症吗?

生理:数据:圣裘德云数据集有5000多个全基因组(WGS), 5000年whole-exome(韦斯),和1200年RNA-Seq数据集从超过5000儿童癌症患者和幸存者。对数据的访问是简单、快速,不需要下载之前探索。圣裘德云使得大规模数据共享和将帮助推动研究和发现。到2019年,我们预计10000年全基因组序列上可用圣裘德云。

工具:圣裘德云特性的生物信息学帮助专家和非专业人士从基因组学数据获得新的见解。这些工具包括彻底验证端到端计算管道和交互式可视化工具,让它更容易从这些大型数据集获得新的见解。用户可以上传自己的数据,或者使用现有的数据从圣裘德与工具,包括:核桃派,快速RNA-Seq融合检测,ChIP-Seq峰打电话,监狱长差异表达分析,HLA打字和Neoepitope预测。

可视化:圣裘德云使研究人员探索st . Jude数据或自己使用创新的结果,交互式可视化的ProteinPaint圣裘德,基因组可视化引擎开发的。其他圣裘德云工具可以生成自定义可视化。数据在他们的指尖,研究人员可以自定义一个用户的可视化的研究数据,探索跨样本或比较,确定具体的突变,或深入各个科目。

云计算提供了一个丰富的基因组数据,包括相对新颖的部署Neoepitope预测。如何促进癌症研究Neoepitope预测数据?

生理改变:现在,neoepitope预测数据的关键是更大的准确性。我们希望圣裘德云可以帮助研究人员开发更快和更精确的识别所有neoepitopes表达,进而帮助个性化的癌症疫苗的发展。

你能告诉我们更多关于st . Jude儿童研究Hospital-Washington大学儿科癌症基因组项目(PCGP) ?

生理改变:2010年,圣裘德儿童研究医院和圣路易斯华盛顿大学医学院的宣布启动的儿科癌症基因组计划(PCGP),世界上最雄心勃勃的努力发现儿童癌症的起源和寻求新的治疗方法。在为期三年的项目,研究人员分析了800多名儿童的基因组数据和23个不同的童年和青少年癌症和测序700多个肿瘤。

癌症基因组测序的努力取得了最大的高覆盖率在癌症全基因组DNA序列数据库和一个无与伦比的视图改变信号通路的癌症。还生成主要DNA序列数据组织资源对癌症和非癌症研究人员。

通过比较完整的基因组从超过800名患者癌细胞和正常细胞,PCGP成功发现遗传因素的一些艰难的儿科癌症。PCGP拥有一些最准确的算法检测单核苷酸变化,结构变化和DNA拷贝数变化。

云鼓励研究人员上传自己的数据到系统安全的云环境。你能告诉我们更多关于如何获得这些重要数据的云吗?

生理改变:分享研究和科学发现促进治疗和挽救生命是至关重要的,特别是在罕见的儿科癌症等疾病。确保这个数据共享在尽可能安全的方式对我们是非常重要的。这是我们选择的原因之一与DNAnexus和微软合作。

对于数据访问,我们有严格的协议来帮助确保只有一个善意研究学术机构——一个真正的研究问题和探索这一问题的方法,给出了获得圣裘德云。

圣裘德云允许用户从PCGP可视化数据和其他已发表的研究。你能详述其他研究包括库中的哪一个?

生理改变:除了PCGP数据,圣裘德云从另外两个圣Jude-supported基因组计划:包括数据基因组对孩子临床试验和圣裘德一生的队列研究。儿童临床试验数据的基因组基因组信息的儿童和青少年被诊断出患有肿瘤固体或液体。圣裘德一生队列研究全基因组和全外显子组测序数据来自3000多个长期儿科癌症幸存者。

景汇张晓强Ruairi MacKenzie和劳拉·伊丽莎白·梅森,科学技术网络作家。188金宝搏备用