桌面遗传学:软件生命科学研究的创新

英国生物信息学桌面基因有限公司公司旨在改变基因研究者的工作方式,最近宣布,它已获得£1.37 m英镑的投资财团的风投和天使投资者。这笔资金将主要支持最近推出了商业化的桌子上创平台,软件系统,让科学家们的权力组织、优化和自动化他们的研究。

找出更多关于此轮融资和桌子上创平台,我们采访了维克多•迪拉德,首席运营官&创始人桌面基因有限公司

VD:是什么让我们聚集于此是一个想法,使“文字桌面遗传学”——让生物学家执行先进的生命科学实验,从开始到结束,完全从他们的电脑。

领域里的每个人都知道,维持高生产力的内部和外部实验室可能是一个挑战。你是否计划在纸上一个实验,使用现有的软件工具,或者刚刚移液,有很多重复的任务占用科学家的时间。我们是一个团队的计算机科学家和分子生物学家开发技术在生物技术的交集,软件和实验室自动化,帮助我们的用户比以往任何时候都更富有成效。

到目前为止,我们的重点是建设最好的CRISPR基因编辑平台。我们不仅使下一代技术容易通过自动化明显和艰苦的任务,但是我们也协助实验决策通过最佳实践从我们的商业伙伴和文献发表。真的,我们旨在建立一个系统,作为一个专家小组指导你基因编辑过程的每一步。最后,我们这个大国软件封装在一个直观的用户界面,工作的科学家,对他们不是(像其他CRISPR软件工具)。让它正确,主要集中在公司一直在我们的合作伙伴嵌入自己的实验室,以愉快的方式了解他们的问题和解决这些问题。

这种方法帮助我们看到提高产量并不是只有好的gRNA设计软件。“文字桌面遗传学”也是接下来会发生什么,即所有的流程获取相关数据对你的基因工程实验——这就是为什么我们正在与数家领先供应商,第三方供应商和横为按需提供研究工具和定制CRISPR库工程细胞系。

我们现在驾驶的一个完整的工作流程,我们的客户可以计划他们的实验中,购买试剂,实验外包给商业供应商,并获得结果没有他们自己的专业实验室。我们非常幸运,已经与一些大公司如Editas医学合作,发现和enEvolv地平线,我们不断发展的平台,满足社区的需要。

至于其他伙伴的特别报道啊?我们将很快有更多令人兴奋的公告。

JR:你最近收到资金商业化DESKGEN基因组编辑软件平台,这新资本使什么?

VD:这最新一轮投资(桌面遗传学最近宣布,它提高了£1.37 m英镑)将使我们能够继续技术开发平台,确保各个领域的科学家们能够熟练地设计和执行CRISPR基因组编辑实验物种或细胞系的选择。我们也投资于扩大我们现有的销售和市场基础设施,和扩大我们的自定义库设计服务为科学家从事功能基因组学、目标识别和验证。一般是把公司和DESKGEN基因组编辑软件平台更上一层楼。

我们当然是寻找伟大的人来帮助我们做到这一点,并邀请人才与我们联系:getin@deskgen.com

JR:这个系统如何构建其他专有技术,AutoClone指南?

VD:DESKGEN平台结合了我们所有的专有技术和算法从我们其他软件工具。AutoClone技术提供了大量的电力在引擎盖下,允许用户受益于优化和自动克隆解决方案组装新的CRISPR向量和其他DNA分子。它也作为一个强大的搜索引擎,让科学家合作,共享和重用DNA和菌株从现有的库。

指南只是联合软件提供的名称是通过地平线发现网站提供的。它允许用户快速获取gRNA人类和小鼠的基因序列,目标,仿真设计技术,地平线的细胞系工程项目内部使用。

JR:研究者面临的一些关键挑战当事业CRISPR基因编辑吗?DESKGEN帮助他们克服这个如何?

VD:有相当多的!

首先,CRISPR字段是进化的速度意味着研究人员将需要阅读,一天平均3.5论文只是为了保持持续的发展。对大多数人来说,他们只是想利用CRISPR作为分子生物学技术,是不可行的。我们为客户解决这个问题通过不断更新CRISPR设计规则和算法,以确保他们总是艺术的状态。从本质上讲,DESKGEN策划你的文献综述,过滤和翻译这些最佳实践的幕后,显示你只有相关的实验。

第二个挑战我们通常看到的是重要特征的分散在许多不同的学术CRISPR工具、数据库和基因组浏览器。大部分学术CRISPR工具维护状况非常差,还有小的算法和底层数据集使用的透明度。研究人员还必须“跳跃”工具,工具,导致一个相当不愉快的设计过程,很多失去了时间,为再现性和并发症。

DESKGEN结合最重要的特性从每个CRISPR工具和基因组数据库,并作为一站式为研究人员的需求。

然而,如果平台不足研究的特殊需要,他们可以给我们一个电话,我们的内部基因组编辑专家将整合一些独特的东西,普通的建议是否要做什么,或定制的CRISPR图书馆。

最后一件事我添加为学者,我们的平台是免费的!

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