在欧洲基因组学研究期间深入研究体内单细胞转录本分析-菲利普·戴的采访…
你准备好从办公室的日常工作中休息一下，进入最新的基因组学研究了吗?然后在10月16-17日前往西班牙巴塞罗那参加欧洲基因组学研究。更棒的是，会议由两个轨道组成，将提供深入的研究:PCR和下一代测序的新应用，以及表观遗传学，microRNAs和非编码rna在疾病中的应用。曼彻斯特大学的读者Philip Day将发表一篇关于系统建模的体内单细胞转录本分析的论文。在他的研究中，在K562细胞中测量了BCR -abl的DNA、mRNA和蛋白质的单细胞测量，以产生BCR的稳态模型。每个mRNA分子的ABL蛋白丰度。他的演讲将重点介绍他在异质性影响和体内转录物测量发展方面的发现。在今天的博客中，他分享了一些见解，他将在演讲中更深入地讨论。
问:您认为目前在体内单细胞转录分析方面的挑战是什么(如果可能的话，可以参考您的工作)?
答:从事这类工作的原因是为了提高生成数据的分辨率，从而增强对生命过程的详细分析。对我来说，这意味着建立更详细的数学疾病模型，并将细胞作为公分母，更好地促进不同组学的整合，因为所有结果都与特定的分子事件或已发生的扰动有关。当然，这里的交易是能够从单个细胞分离分析物，而不影响其他类别的“组学标记”分析的准确性。挑战是多方面的，主要是技术上的，需要确定细胞的异质性，以便将这种“背景”与信号区分开来。
问:您能告诉我们一些您开发的用于精确测量异质组织转录本和应用于癌症研究的创新工具吗?
答:我的团队具有专业知识，可以使用qPCR技术进行高灵敏度的单细胞群体转录物的仔细测量。我们的专有技术更多地涉及到在qPCR之前如何处理细胞，我们已经使用FACS和微流体平台来操纵细胞，使数百个细胞群体能够接受qPCR分析。为了以完整的形式获取细胞，我们开展了基于白血病的癌症研究，因为这些细胞已经是单细胞，因此可以避免复杂的组织解体，并且由于血液没有结构，组织结构的细节不需要注释。研究已经开发出一种方法，可以在不损失这些分析物的情况下，将mRNA与外源性和内源性代谢物共同分析。我们最近还在研究使用原子力显微镜在细胞中添加和去除核酸，以便进行精确的扰动实验，其中精确的去除或添加核酸分子可以与测量的响应相关联。
问:在您对成神经细胞瘤和白血病的系统病理学以及与预后相关的分子生物标志物的研究中，有哪些更有趣的发现?
答:我们测量了K562细胞群的异质性。我们还鉴定了存在不同bcr-abl表达(mRNA和蛋白质)的细胞亚群，且高水平与更积极的细胞生长和对伊马替尼治疗的耐药性相关。术语“生物标志物”是另一种说法，表示我们不知道分子的功能，我们避免使用这个术语!我们正试图通过数学模型的形成来确定候选分子的功能作用，初步的研究已经发表。正在分析mirna对改变bcr-abl调控的影响，并确定潜在的抑制蛋白。
问:您认为与分析仪器、小型化、数据分析、文本挖掘和系统生物学等领域的团队密切合作研究的效率如何?这种合作提供了哪些额外的见解?
A:这是一个相当大的挑战，但基本上都是积极的!该领域的专家是多样化的，所有人都非常有兴趣为癌症治疗的改进做出贡献。主要的一点是，这些疾病都不能单独治疗，它们需要被整合起来，以便能够构建有意义的疾病(白血病)模型的过程和平台。每一种都是自己的学术学科，都在共同发展。这项研究和类似的研究有望帮助引导这些领域的发展，以开发更精简和兼容的操作系统和软件。
问:根据您的经验，体内单细胞转录分析在过去5-10年里发生了什么变化?它对您的研究产生了什么影响?
答:据我了解，体内单细胞转录分析是非常有限的。更常见的是gfp蛋白在体内的分析，这是不太一样的。因此，这一领域对我的研究并没有太大的影响，这也是为什么我一直在寻找能够进行体内转录本分析的同事的原因。
问:您认为未来在生物标志物集成领域会出现哪些创新，以实现个性化医疗保健?
答:只有在单细胞分析方面进行创新，才能实现个性化医疗保健。这个问题与前面关于高度协作研究的整合的问题有关。如果我们相信分子调节在控制器官和有机体功能方面起着一定的作用，那么这在单细胞水平上肯定是显而易见的。也许这一领域会被证明高度依赖于生命和疾病过程的整体系统模型的发展，比如那些与虚拟人有关的模型，但这距离现实还有很长的路要走。然而，利用可靠的定量分子数据殖民数据库资源是了解风险群体的关键。
您可以了解有关该计划的更多细节并注册参加在这里．
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