液相色谱-光谱法(质)领域已经增加了技术进步的效用进行蛋白质组学分析。一个持久的限制的速度和效率分析。最近的一篇论文发现,只有16%的从一个LC肽洗脱梯度被随后的女士分析目标。作者表明,平行accumulation-serial碎片(PASEF)方法,有被困的离子迁移谱法与正交四极飞行时间质谱仪(TIMS-TOF)是能够克服这些限制。
力量Daltonics的研究人员共同工作,现在已经公布了timsTOF Pro,一个分析器,利用这种新技术。我们采访了加里Kruppa博士,副总统蛋白质组学在力量Daltonics,对推进技术及其潜在的蛋白质组学分析。Kruppa博士于1991年加入力量作为质谱的软件和应用程序开发人员。成为蛋白质组学的副总裁,2016年Kruppa博士现在市场驱动和应用程序开发力量为研究蛋白质组学的创新的解决方案。
Ruairi Mackenzie (RM):PASEF方法是通过被困的结合离子迁移谱法(蒂姆)加上飞行时间质谱(TOF)。你能解释一下这两个技术是如何工作的吗?
Gary Kruppa博士(门将):困离子迁移谱法(蒂姆斯)是一种气相分离技术,它解决了样本复杂性与额外维度除了高效液相色谱分离和质谱,增加对复合特征峰容量和信心。同样重要的是,积累的商旅分析器是一个捕获装置,陷阱,和主要离子成山峰,洗提几毫秒。飞行时间质谱(TOF-MS)是一种方法来捕捉一个广泛的分子量范围的信号以扫描率非常高。蒂姆斯技术允许TOF-MS运行在更高的速度,并连同额外维度的分离,使样品的复杂性和打开的见解,仍然隐藏在标准质谱。
RM:是什么使蒂姆和TOF技术的优点在一起吗?
GK:结合离子聚焦效应从蒂姆超高分辨率和高速TOF技术使最优性能。TOF质谱仪获得质谱在非常高的频率,但在历史上,数据采集速度所限制需要平均多扫描质谱得到一个好的结果从一个连续的离子束。蒂姆斯进一步提高性能通过捕获和聚焦离子根据他们的机动性,允许快速获取高质量的光谱。这使得低级生物相关蛋白质的发现,目前,non-TIMS女士系统不能检测到。整体的速度优势是无与伦比的与其他技术结合质谱相比,如漂移管离子迁移率的方法。
RM:你能概述PASEF技术是如何工作的,以及它如何在其他技术提高了吗?
GK:蒂姆斯PASEF方法分离离子主要集中在时间和空间根据他们的流动性,导致高密度淋洗离子包在几毫秒总商旅扫描时间只有100 ms猎枪蛋白质组学实验。PASEF MS / MS扫描的质量选择窗口是与特定离子的洗脱时间同步包,允许它片段> 10在100 MS蒂姆扫描选定的前兆。这种组合的技术允许更快的收购视MS / MS谱,光谱质量改进的敏感性和不妥协。TIMS-powered PASEF技术使测序速度> 100 Hz,不考虑灵敏度和分辨率。PASEF,平行离子积累发生在第一个商旅部分,而TIMS-separated离子释放第二商旅分析器部分,导致工作周期接近100%。
RM:你如何看待PASEF影响蛋白质组学领域的分析?
GK:timsTOF Pro由PASEF将深入挖掘蛋白质组。PASEF方法,丰富的MS / MS谱质量低肽可以增加通过选择他们好几次了。肽混合物仍然极其复杂的在两个维度分析(保留时间和m / z)因此,通过添加另一个维度,猎枪蛋白质组学领域的科学家没有选择之间的权衡分辨率,扫描速度和灵敏度。这种新技术有可能改变蛋白质组学中几个领域:临床研究速度和鲁棒性在哪里运行大样本人群的关键;应用程序需要更加敏感;和定量实验使用等压标签,额外使用困离子迁移分离至少可以部分消除干扰co-fragmenting物种,导致所谓的比例压缩效应导致不可接受的错误。
博士Kruppa Ruairi Mackenzie说,科学技术网络作家。188金宝搏备用
