癌症基因组分析:将患者与精确试验相匹配，指导患者进行正确的治疗
我们最近采访了数据战略和产品开发副总裁Gaurav Singal基础医学，以了解更多有关他们如何SmartTrialsTM技术平台使患者能够根据其独特的肿瘤生物标志物快速匹配到精确的试验中。Gaurav讨论了基因组测序技术的进展，基因组学在癌症研究中的作用，以及基因组分析在指导患者进行正确治疗中的作用。
你能评论一下基因组研究在癌症中发挥的越来越重要的作用吗?
高拉夫信号(GS):通过基因组测序技术深入了解癌症基因组有可能影响整个癌症生态系统。由于这些进步，我们开始看到今天的癌症治疗更多地由特定肿瘤的基因组改变来指导，而不是肿瘤在体内的起始位置。pembrolizumab的里程碑式批准用于微卫星高(MSI-H)肿瘤，无论其在体内的位置如何，这是向生物标志物驱动治疗转变的一个主要例子。目前正在开发的其他药物也开始采用这种方法。
基因组研究还增强了生物标志物驱动的研究，有助于临床试验的登记，并有助于最大限度地提高这些试验的成功。事实上,超过50%的管道疗法有望具有生物标志物(2015年IIHI肿瘤趋势报告)。
能够更好地预测一种疗法有效的可能性的价值正日益得到监管机构的认可。11月，我们的FoundationOne CDx测试成为了美国食品和药物管理局(FDA)批准的第一个针对所有实体肿瘤的综合基因组分析分析，该测试包含多种伴随诊断。而且，通过NGS测试的全国覆盖决定(NCD)， FoundationOne CDx对所有实体瘤的合格医疗保险和医疗保险优先患者进行了全国覆盖。这是一项开创性的“平行审查”的一部分，通过FDA与医疗保险和医疗补助服务中心(CMS)之间的机构合作，加快了这一决定。
哪些基因组生物标记物被用于分析肿瘤?
g:使用基因组测序技术已经发现了数百种与癌症相关的基因组改变，我们还在继续发现更多。例如，乳腺癌中的BRCA突变或肺癌中的EGFR突变决定了我们如何诊断和治疗这些类型的癌症，使更精确的诊断以及靶向治疗的发展成为可能。从那时起，基因组测序的进步现在允许我们在一次测试中探测数百个基因(综合基因组分析(CGP))，而不是逐个查看基因。这使得在识别更多可能在癌症中发生改变的基因方面取得了快速进展，这些基因可能作为反应或治疗靶点的生物标志物。
这些基因组生物标记物不仅影响着临床的诊断和治疗，还影响着新疗法的开发。pembrolizumab用于msi -高肿瘤的泛癌症批准，以及larotrectinib在美国临床肿瘤学会2017年年会(ASCO)上公布的有前景的数据，反映了此类生物标志物在推动可能适用于更广泛癌症患者的新治疗方法方面的重要性。
今天，有一些技术可以测量基因组生物标志物，以影响药物开发和患者护理。FoundationOne CDx是一种广泛的伴发诊断和综合基因组分析(CGP)检测方法，是fda批准的第一个也是唯一一个用于所有实体肿瘤的检测方法。它能探测300多个癌症相关基因，并提供微卫星不稳定性(MSI)和肿瘤突变负担(TMB)状态。MSI和TMB都已被证明可以预测患者对某些癌症类型的免疫治疗的反应。随着越来越多的药物获得fda批准的基因组生物标志物，我们的目标是让FoundationOne CDx扩展到包含这些新的生物标志物-治疗关联。
FoundationOne CDx平台还包括对BRAF、ALK和BRCA改变等基因组生物标志物的伴随诊断，可以为靶向治疗的使用提供信息。FoundationOne CDx平台上的配套诊断可为17种fda批准的靶向治疗提供直接治疗途径，包括黑色素瘤、肺癌、卵巢癌、结肠癌和乳腺癌的12种一线治疗。此外，FoundationOne CDx是一种CGP测试，包括基因组生物标记物，以帮助告知其他靶向治疗的使用，包括免疫疗法，是医生确定患者参与临床试验机会的重要工具。它也是fda批准的用于生物制药公司开发精准治疗的伴随诊断开发平台。
大卫的故事是否强调了一种可能性，即根据受影响的身体部位来判断癌症是一种错误的方法?基因组分析是治疗单个肿瘤的更好方法吗?
g:随着越来越多的证据表明基因组学在预测相关治疗反应中所起的作用，肿瘤学领域正在迅速发展。现在很清楚的是，至少在某些情况下，基因组突变的存在，与肿瘤发生的器官无关，可能是确定哪些患者最适合接受靶向药物的最重要因素。最近，我们称之为“肿瘤不确定性”治疗方法的监管和临床成功(例如，pembrolizumab获得FDA批准用于msi -高肿瘤，Loxo Oncology的TRK融合抑制剂larotrectinib的阳性数据)强调了这一新兴趋势。
你能告诉我们更多关于SmartTrials平台及其在NCI-MATCH研究中的作用吗? NCI-MATCH研究是一项评估针对人体肿瘤特定改变的基因组引导治疗的益处的研究，而不考虑癌症类型?
g:对医生和患者来说，选择临床试验往往是一件具有挑战性的事情。很难知道哪种方法适合每个患者，而且有时合适的试验地点并不在患者居住地附近。这比以往任何时候都更加真实，因为新的治疗方法和研究它们的试验都是针对特定的基因组生物标记物，这些标记物可能罕见到1%或更少。为这些患者找到合适的试验，以及为这些试验找到合适的患者，对整个领域来说都是一个新的挑战。
我们开发了FoundationSmartTrialsTM项目，以解决患者获取障碍，并通过帮助确定新的生物标志物靶点和符合特定基因组标准的潜在合格患者，帮助我们的生物制药合作伙伴优化和简化临床试验效率。
基础医学正在与国家癌症研究所(NCI)和ECOG-ACRIN癌症研究小组合作，以确定和优化符合NCI-分子分析治疗选择(NCI- match)精确试验的患者数量。如果在一个参与试验的地点发现一个个体在基因组上与研究的一个分支相匹配，我们FoundationSmartTrials项目的肿瘤学家会联系治疗医生，告知他们如果提供者和患者确定这是对他们最好的治疗途径，则可以选择将患者纳入NCI-MATCH试验。
我们入选NCI-MATCH是基于我们检测方法的验证性、可靠性和准确性，由于FoundationOne和FoundationOneHeme在当今临床护理中的主流使用，我们能够审查大量患者病例，并且能够快速分配患者参加试验并通知临床医生这一信息。
SmartTrials用于将患者与试验联系起来的生物标记物是纯基因组的，还是也可以包含转录组和蛋白质组的数据?
g:SmartTrials使用我们现有的基因组测序分析组合的数据，将患者与临床试验相匹配。其中一些检测包括免疫治疗反应的生物标志物，包括TMB和MSI。
此外，Foundation Medicine最近宣布了一项全面的基因表达谱(GEP)计划，以支持精准肿瘤研究和开发。GEP可能有助于识别基因表达生物标志物，如与免疫细胞相关的基因表达，可以预测对治疗的反应，如免疫治疗。该项目建立在Foundation Medicine现有的DNA和RNA测序平台上，最初将为其生物制药合作伙伴提供仅用于研究的GEP。
*大卫是前列腺癌患者。大卫的基因组测试结果引导他进行了一项当时甚至没有研究前列腺癌的临床试验。但是，由于治疗是针对他的癌症的特定组成，大卫的登记结果是挽救了生命。他现在完全康复了。
Gaurav Singal接受了技术网络科学作家Ruairi MacKenzie和Laura Elizabeth Mason的采访。188金宝搏备用
