英国基因组如何安全地处理150 Petabases的基因组数据?

基因组英国英国政府最近宣布基因组医疗策略,代表了一个雄心勃勃的努力利用测序能力解决医疗问题。总体目标是创造“世界上最先进的基因组医疗体系”,基因组英国希望积累从成千上万的个人基因组数据应用于制药发展和癌症的研究。

PetaGene基因组数据存储公司总部在剑桥,英国,英国最近发出了警告,基因会产生惊人的150petabases基因组数据,有四个重要的问题,政府需要解决的安全积分处理数据。为了了解更多的情况,188金宝搏备用跟PetaGene的联合创始人和首席商务官,沃恩Wittorff,博士,兼联合创始人兼首席执行官,丹•格林菲尔德博士学位。

Ruairi Mackenzie (RM):英国是一个非常雄心勃勃的基因组数据的努力。项目面临的主要挑战是什么从生物信息学角度?

沃恩Wittorff(大众):我们相信英国将使基因组NHS利用基因组学研究和精密医学以多种方式对未来的医疗保健。策略可以提高手术效果和降低成本,推动新疗法的研究和诊断,促进英国基因组行业蓬勃发展的生态系统。

重要的是要注意,这种策略在于基因组测序的重量和合成数据。例如,已经有一个全国性的努力序列500000年到2024年整个基因组。的NHS英格兰医学基因组服务目前实现全基因组测序作为日常保健补充这一努力。

英国基因组的成功在于公众的意愿共享高度敏感的数据研究和临床应用-数据必须适当地管理与控制和安全访问()来获得和维护公众信任的主动权。因此,基因组的正确执行英国需要成功导航潜在的看到你的问题出现在处理大规模生物数据集。在过去,类似的基因组学项目未能达到设定目标由于这些技术挑战。

由于这个项目的范围和我们的丰富的经验在处理问题在这一领域,我们有建议可以帮助防止一些可预见问题并确保基因组英国成功实施。

我们的建议涵盖关键问题:

● 数据安全和隐私,包括区域加密和数据最小化

● 减少技术性贸易壁垒,以确保效率和降低成本

● 需要计算再现性,支持现有的管道

● 数据完整性和信息丢失

RM:这些生物信息学挑战是最紧迫的?

丹·格林菲尔德(DG):这些是非常重要的,然而,最敏感的地方是数据安全和隐私方面,因为这是真正的NHS病人数据。

基因组英国将从大约500000个样本数据不同的组织和人员。这带来了相当大的数据安全和隐私的挑战。基因数据是独一无二的个体,是最可识别的信息。访问这些数据需要控制。虽然我们知道英国基因组将允许研究人员访问这些数据只有通过计算实例运行在他们的平台,这是不足以防止信息泄漏或de-anonymization的数据。访问数据仍然是至关重要的,根据“最低必要”规则的数据仍然是加密和授权给研究人员根据他们的实际使用需求,和详细的审计,这样数据管家知道1)访问他们的数据,2),3)地区的基因组数据访问,和4)的目的(与工具、命令和选项)。这些措施填补安全的关键差距需要防止数据泄漏,并有助于建立公众信任。

RM:如何克服这些挑战?

DG:理想的方式来克服安全挑战是确保病人健康信息存储在一个加密的状态只有特定的数据,一个精密水平在每个文件在适用情况下,公司可以在需要知道的基础上。此外,数据管理员需要能够确保遵守法规如GDPR / HIPAA以及病人同意协议,所以所有的访问都需要跟踪在一个轻松搜索明显被拆封了的分类帐为内部/外部审计报告。至关重要的是,这些措施是完全兼容的所有生物信息学分析工具,不造成不便,也不降低工具的效率。PetaGene放在一起的保护解决方案地址的合规要求,同时保持兼容性,效率和性能。

莫莉·坎贝尔(MC): PetaGene概述英国基因组的文字-动作。有什么计划,该公司与英国政府解决一些突出的生物信息学挑战吗?

大众:英国基因组基因在英国是一个令人兴奋的新阶段。作为一个英国公司位于基因组学在剑桥的故乡,我们期待参加这个重要的倡议。PetaGene与大规模基因数据带来的挑战的经历使我们在理想的地位提供关键的技术解决方案,将减少存储数据的成本,提高这些数据的安全性和可访问性。简而言之,PetaGene总是准备好了并且愿意与英国政府努力解决的一些生物信息学挑战在下面进行了突出显示。

沃恩Wittorff和丹·格林菲尔德说Ruairi J Mackenzie和莫莉坎贝尔,科学技术网络作家188金宝搏备用