蛋白质组学,蛋白质组的研究,预期主要推进研究个性化医学和药物研发等领域。但已经交付这样的承诺吗?2020年是蛋白质组学的潜力将是“意识到”?
188金宝搏备用最近采访了斯蒂芬·威廉姆斯,首席医疗官SomaLogic,学习更多关于蛋白质组学领域的研究进展和技术使它。
莫莉·坎贝尔(MC):在你看来,2020年将蛋白质组学“意识到”其潜在的?如果是这样,为什么?迄今为止什么因素阻止了这种情况的发生?
斯蒂芬·威廉姆斯(SW):有两种方法可以观察蛋白质组学的“潜在的”。
而言可能发现新的生物学和药物靶点与基因改变,药物在疾病、药理学和环境影响高度多路复用的应用蛋白质组学(同时测量成千上万的蛋白质和其浓度水平)的规模已经非常有影响力。
的潜力提供医学向病人和护理人员可操作的信息,我们才刚刚开始;基于蛋白质前10测试模式与特定的健康状态和疾病相关联的风险识别使用SomaScan平台技术规模商用只在有限的今天,和数以百计的全部管道测试仍在发展。
重要的是要注意基因组学,蛋白质组学已完全盖过了。直到最近,我们没有技术大规模测量蛋白质,而DNA测序变得快和相对便宜。另外,基因组学是由大型国际项目的资助。我认为蛋白质组学越来越受人关注,人们开始承认的局限性精密医学基因组学在兑现承诺,并认识到需要更多的健康和疾病的“实时”测量结果。
司仪:为我们的读者可能不熟悉SomaLogic,请您能提供一些背景信息的公司和你的目标吗?
西南:科罗拉多博尔德公司成立于20年前,拉里•金曾co-invented开发寡核苷酸适配子的方法(单股DNA或RNA)结合具体个别蛋白质。其余基因组科学世界的追求更好的健康,拉里的愿景是使用这些类型的试剂测量成千上万的蛋白质同时为了健康和疾病的特点。在此期间拉里顽强地坚持推进科学和继续筹集资金去追求他的愿景。
20年,花了6亿美元,但是现在SomaLogic技术精确测量成千上万的蛋白质在一个血液样本并将这些测量数据转化为有用的健康信息在不同类型的疾病和条件从每个样本。去年我们开始提供测试基于SomaScan平台技术通过选择实践在科罗拉多州。我们的目标一直是提供可操作的卫生信息,帮助一个人优化他们的健康和保持健康尽可能长时间。
主持人:请告诉我们您的专有技术的发展,在SomaScan®平台?
西南:花了20年才使一个可伸缩的、精确的和相对较低的成本分析同时可以测量成千上万的蛋白质高通量的方式。发明了试剂后,关键的发展,使多路复用:
- 修改寡核苷酸适配子化学加强约束力的特点
- 创建第二个元素分析的特异性。虽然第一个元素-高亲和力结合个体蛋白质是重要的,它并不足以克服测量低丰度蛋白质的挑战的高度丰富的蛋白质动态范围在等离子体的日志(8)。特异性的第二个元素是通过动力学——缓慢的选择寡核苷酸适配子把利率以及高亲和力。非特异性结合的时间区别(快把利率)和特定的绑定是用于创建额外的特异性
- 创建一个分析格式,将蛋白质分子计算问题(困难)到一个DNA计算问题(简单);的格式分析的独特之处在于有两个”捕获。“在第一个抓,固定化寡核苷酸适配子捕获感兴趣的蛋白质复合物和游离蛋白质冲走。发布后的复合物和绑定的寡核苷酸适配子没有蛋白质(和动力学的应用挑战克服非特异性绑定一次),复合物被再次的和不受约束的寡核苷酸适配子都冲走了。因此,结束时测定,寡核苷酸适配子的“DNA汤”,每个个体蛋白浓度呈现在原始比例,量化使用DNA测量工具
我们现在有世界上最大的人类蛋白质组学数据库,它是由与主导产业和学术合作伙伴SomaScan平台应用于成千上万的样品加上临床资料。
在早期,重点是开发一个化验,同时可以测量成千上万的蛋白质。这需要创建试剂可以绑定一个给定的蛋白质紧密在复杂生物混合物,具有高特异性,可以产生综合,可以multiplexed-a无法完成艰巨的任务,与传统抗体试剂。当我们开发试验,计算能力和数据分析先进的足以使探索“大数据”集。的结合,一个健壮的、高通量分析和先进的计算方法就是让我们辨别蛋白质模式表明不同健康状态和结果,从单一的血液样本。
主持人:蛋白质是如何扫描技术优化临床蛋白质组学吗?
西南:SomaScan平台非常适合重新定义临床蛋白质组学,因为它可以测量两个广泛(同时成千上万的蛋白质)和深度(高、低丰度蛋白质),在一个小样本的复杂混合物,如血液、高吞吐量。我们的平台也似乎与疾病无关——我们已经测试了10个不同的健康状况目前,但有超过一百测试在我们的管道。测试我们的发展中可以任意组合或完全从一个血液取样想法是获得一个整体的观点一个人当前的健康状况和轨迹在任何给定的时间点上指导健康管理在整个的生活。
特定的技术优势包括:
- 化验是几乎完全自动化和运行在96孔板,规模和能力约为200000样本,很容易会膨胀的
- 化验是几乎完全自动化和运行在96孔板,规模和能力约为200000样本,很容易会膨胀的
- 测定的精度是仔细监控和管理;CVs(变异系数,测量试验批次的可变性)5000 ~ 5%值在所有测量和校准和质量控制样品包括在每一个板,这样任何长期的方差是质量控制。我们的试验运行美国病理学家(学院帽)/临床实验室改进1988年修正案(CLIA)认证和检验实验室
- 医疗用每个测试受到严格的监管程序发布前在帽/ CLIA规则
主持人:最近的一个研究证明测试一样好/比测量目前用于确定糖尿病和心血管疾病的风险。你能告诉我们更多关于这项研究?
西南:这项研究发表在自然医学由加州大学的一个科学家小组得出了科幻小说,在英国剑桥大学和SomaLogic。这是有史以来最大的蛋白质组学的研究,涉及8500万个蛋白质测量17000名参与者的5000种不同的蛋白质。
这个概念验证研究第一次表明,一个人的健康现状和未来的风险代谢疾病疾病包括糖尿病、冠心病、中风和心力衰竭,以及修改的行为的影响在这些疾病的发展,不相信可以确定从血液中蛋白质的模式。
识别蛋白质模式,预测未来的结果,我们使用临床研究与存储样本的人那些结果是已知的(谁有糖尿病,谁死了,谁为心脏病发作住院,等)。
确保结果可以复制,人口研究是可靠的(包括来自不同地域和种族的人,是一种适合的测试将使用),,样本量大,我们用五种不同的群组研究来自世界各地。
结果比目前使用的最好的测量。简历主要测试我们使用最公认的比较器,ACC / ASCVD风险评分;糖尿病的预测,没有一个公认的分数,所以我们创造了最佳组合的实验室结果在我们的研究比较。
主持人:在上述论文中,作者说“我们预期,进一步验证和增加更多的protein-phenotype模型,这种方法可以使来源单一,个性化的所谓的液体健康检查。”What are the next steps in terms of developing the technology?
西南:论文以来,我们已经接受这些测试更多的“硬化”,他们的表现,现在10个测试商用医生在科罗拉多州的限量发行,包括:
- 主要心血管事件在四年内的风险
- 在四年内二次简历事件的风险
- 肝脂肪
- 身体脂肪
- 内脏脂肪
- 瘦体重
- 酒精的影响
- 静息能量消耗
- 心肺健身(签证官2马克斯)
- 葡萄糖耐量
MC:可行的交付是一个“液体健康检查”到临床环境中在可预见的未来?
西南:科罗拉多州限量发行将会扩展到更多的美国在2020年及以后,完全符合监管要求的新位置。
我们看到了最初的热情从供应商和用户的反应。
更多的测试(尤其是在卫生系统相关疾病管理)将在2020年及以后公布。有超过100在我们目前的管道,每个人都可以从相同的血液样本。
首席医疗官斯蒂芬•威廉姆斯Somalogic,莫莉坎贝尔,科普作家、技术网络。188金宝搏备用
