更多的工具和更多的时间:一个更简单的未来Bioinformaticians吗?

在第二个由两部分组成的系列博客,我们跟Genestack首席执行官米莎Kapushesky生物信息学的发展,他最兴奋,和最新添加Genestack的生物信息学平台。

Ruairi Mackenzie (RM):你最近在2018年看到你世界。什么是生物信息学的发展行业,你最兴奋?

米莎Kapushesky(可):我认为有三个发展,我很兴奋。其中一个是房间里的大象,你不能忽略;开放的可能性通过机器学习的发展和相关工具。真是令人兴奋的东西,我认为你可以看到在制药公司之间的合作正在发生,像我们这样的年轻的初创企业和这些公司投入的资源开发方式带来不同的数据来做出更好的预测。

首先,使用机器学习领域你有成像数据,富含体积和坐到经典的机器学习配方或分类。但是现在我们讨论会话接口,我们讨论的是大规模的网络数据和提取知识。对于这个工作你需要有一个重要的人类输入有清洁和组织数据和元数据;不只是有更多的数据,但要有良好的质量数据。这是一个非常重要的发展;我认为这是一个有趣的进化,一些日常的事情,人类会被一直在做算法,但是这将释放人类做激动人心的知识的事情。这是一个激动人心的发展。

另一个发展,我兴奋的是,直到最近,multi-omics和一般组学数据真的是纯粹的研究领域。现在认识到临床领域感兴趣的组学数据。所以,现在临床试验收集组学数据。当你谈论一种新药的发展,一开始再看看病人组学概要文件,您将看到曾经的转化医学现在进一步逐步进入临床药物开发周期的一部分。

第三件事是令人兴奋的,我们所测量的精度对我们的基因组正在增加。你看基因组学和遗传学的起源;孟德尔,谁会把豌豆皱纹或光滑的,这是我们知道的程度。然后我们掌握基因的存在,能够明白,有一种东西作为信使rna对应基因活动,我们可以把它放在凝胶上,得到一个读出:“亮与不亮”。这是已经不错了。然后微阵列出现,我们能够在对数尺度测量,与清晰,说“这是四倍亮,所以我们有四倍的表情”。然后,我们发明了测序。但所有这一切,你知道,相当大规模的测量。现在我们讨论的是单个细胞测量,这是一个激动人心的新来者,假设一两年前。现在我们得到的常规数据集数以百万计的细胞,在那里你可以了解发生了什么在遗传学的单个细胞水平。 And I think that the next step is to analyze a single cell without taking that out of the body and over time. We will have a complete picture of what each cell in your body is doing over your lifetime. That’s kind of the holy grail goal. We’re not there yet, but that’s the goal.

RM:在生物世界,你展示你的表达数据矿工模块,一个转录组的工具——为什么你决定关注这组学最新模块吗?

可:有以下几个原因。与转录组的数据比其他数据更难以处理。这是做,而生物学家之间的关系,研究者,bioinformatician和数据管理器。目前,在某种程度上所有的组学数据是孤立的,很难找到,相当难以组织。

我们已经开发出的第一件事就是一个地方所有的,在这种情况下,转录组数据集是可搜索的在一个地方所有公共来源。如果你有自己的收集这些数据类型的你也可以把它带过来。这只是第一个模块,和下面的模块,我们已经开始我们将处理额外的组学数据类型。

在药物发现中,你要做的第一件事是识别和验证的目标。并且能够了解基因功能使用转录组数据将是第一个数据类型,你看看。你想知道你的目标基因表达在一个特定的组织,只有在组织;换句话说,如果你想目标在肺,你也不希望这个基因是活跃在大脑和心脏组织和其他地方,所以你可以最小化脱靶效应。你也想确保基因只是活跃在疾病状态而不是所有的时间。让你的信息组织和容易找到给你的能力在某些阶段非常有信心是否追求目标,并履行必要的信息的一个重要部分决定的目标。

在这个决策过程中,有一个重要的角色bioinformatician和数据管理器。我们这些人可以节省大量的时间和大量的金钱通常花聚合数据收集和推动它通过分析管道,基本上回答或多或少出现的同样的问题一次又一次地在这些早期药物发现。

为我们的想法是释放bioinformatician和数据管理器的时候,给的任务直接识别和解释基因活性生物学家,这意味着bioinformatician和数据管理器可以把时间花在构建更复杂,有趣的比通常情况分析。

我还补充说,这种技术提供给我们今天意味着我们可以让事情真正互动,真正的实时,真正生动有吸引力,我们可以利用新技术发展纯粹从用户体验的角度来看,这是一个令人激动的时刻。

米莎Kapushesky Ruairi J Mackenzie说,科学技术网络作家188金宝搏备用