下一代测序SARS-CoV-2监视

SARS-CoV-2可以变异和随时间而变化,导致变异的出现如B.1.1.7 B.1.351和第1页。在许多情况下,突变是无关紧要的,但有些会有潜力提高传播能力和疾病严重程度,以及产生负面影响的性能诊断,治疗和疫苗。监测由世界卫生组织SARS-CoV-2病毒进化工作组和几个国家当局迅速帮助识别突变和理解它们的意义。

获得一些见解下一代测序(门店)的角色在全球SARS-CoV-2监测,188金宝搏备用跟米歇尔·弗雷泽PerkinElmer总经理,挥动。米歇尔也解释了实验室工作在这方面如何提高吞吐量,降低相关成本和简化门店收集的数据的分析。

安娜·麦克唐纳(AM):你能告诉我们关于一些门店技术的最新进展吗?

米歇尔•弗雷泽(MF):上天一直在研究自2005年推出以来的正常使用。最近,挥动了遗传疾病的临床诊断和筛查的风险开发后期发作的疾病。这种转变从临床实验研究到报销诊断带来了成熟的工具,工具,分析和报告软件来创建一个完整的示例来回答工作流可以得到监管机构的批准。

门店的不断进化和进步也增加的力量总会在应用程序。宏基因组,multiomics和单细胞分析都是上天的例子也快速进步。

问:上天是如何申请SARS-CoV-2监视吗?

MF:当病人或环境样品出现SARS-CoV-2积极通过PCR,下一个问题是“它来自哪里?“当病毒从一个人传播到另一个,病毒基因组将是相同的,或者非常接近。SARS-CoV-2基因组变异在每月大约2点突变,所以跟踪病毒回源和识别他人的密切联系和可能没有被筛选可以帮助控制传播。

CDC已指定三个类的变体;变异的兴趣,基于他们的基因组序列,可能不是当前成功中和的疫苗或治疗和被监控,变异的关注与传播,增加疾病严重程度,减少中和或诊断检测失败(假阴性测试)和变异的高后果,需要新的诊断,治疗和预计将导致更严重的临床疾病,增加住院治疗。例如,B.1.1.7变体的关注与传播的风险显著增加有关。

问:今天实验室工作人员应该知道的关于最新SARS-CoV-2变异吗?

MF:SARS-CoV-2突变是投机取巧。出现新变种通过适者生存。目前的速度突变是流感的一半,但它仍然是一个不断变化的基因组。这个会影响PCR检测的准确性,所以持续的警惕是必要的。最初,实验室完全专注于监控通过积极或消极的检测SARS-CoV-2感染率。这是一个新的病毒,我们很少知道,除了它迅速蔓延,对全球卫生服务施加巨大的压力。作为流行流感大流行走向,将会有更少的关注COVID诊断,和更多的关注理解病毒。这预计将增加兴趣基因组学和识别新变体出现的。

问:测序SARS-CoV-2样品的速度有很大的不同和国家内部;全球科学界对这些挑战如何跟上病毒突变?

MF:全球大流行SARS-CoV-2才能够得到一个小程度的控制,因为全球科学界合作。第一个基因组构建公开,使诊断测试开发人员创建测试解决方案和制药开发人员创建疫苗记录时间。SARS-CoV-2测序将继续改善我们的理解。测序项目越广泛,越变异我们将发现,我们将更好的理解感染。如果有地方没有序列信息,将会很难跟踪变异和了解病毒突变影响了传播,严重感染和治疗的效果。

问:实验室如何提高吞吐量和/或降低相关成本SARS-Cov-2突变的基因监测使用门店?

MF:消除步骤,如二级核酸隔离和正常化,降低成本,并允许实验室增加吞吐量。自动化可以释放人力资源专注于更复杂的任务,允许分批处理增加样本数量,因此降低成本每样本测序试剂。此外,增加多路复用功能允许实验室降低测序成本,增加吞吐量,并更快地交付结果。

问:实验室如何简化分析的挥动收集的数据?

MF:全球合作理解SARS-CoV-2还包括门店数据分析软件开发人员和基因组序列库与学术和工业研究组织密切合作,简化和统一数据分析。这是一个重要方面,因为它意味着所有的实验室都创建非常相似的实验室之间的数据相比,可以很容易地在全球各地。分析管道符合CDC要求跟踪变异和轻松地提交给NCBI和GISAID数据库。

问:的优点和缺点是什么使用rt - pcr鉴定SARS-CoV-2突变?

MF:rt - pcr仍然是黄金标准主要诊断测试检测SARS-CoV-2由于其快速的周转时间,成本和简单的正面/负面结果的解释。然而,rt - pcr测试不提供一个全基因组分析。变异得到识别通过使用整个基因组,所以虽然rt - pcr测试可以修改和适应检测新变异,变异首先需要被测序。我们需要序列的比例SARS-CoV-2 rt - pcr阳性样本来检查变异,特别是如果有增加感染,症状的严重程度或另一个指标,表明有一个新的变种,需要更好的理解和更紧密地跟踪。

米歇尔·弗雷泽安娜·麦克唐纳说,科学技术网络作家。188金宝搏备用