下一代测序需要在2018年的一次飞跃

下一代测序(上天)近年来发展迅速,大大提高了数据处理能力被配对更快的阅读时间。2018年初推出的热费希尔科学的台式测序的新行,离子GeneStudio S5系列,其中包括三个新的测序仪和一个新的芯片,550年离子。

产品管理副总裁我们和安迪·费尔顿临床下一代测序和肿瘤的热费希尔听到更多关于这种强大的新技术。

Ruairi Mackenzie (RM):你最近一系列下一代测序仪、离子GeneStudio S5系列,被描述成是“无与伦比的灵活性”。你已经做了什么创新的平台来提供这种灵活性?

安迪·费尔顿(AF):的主要创新有增强计算能力离子GeneStudio S5 +和离子GeneStudio S5 '进一步改善系统分析时间,使分析速度在30分钟内完成2.5小时后测序运行。这些平台的最快的周转时间和可伸缩性今天任何台式系统的输出。

额外的创新来自于我们新推出的高输出离子550芯片,提供多达260每天读和50个碱基的输出。加上其他离子半导体芯片(510/520/530/540),允许一个单一的平台规模有效地从2米读和0.5 gb的输出到每日260阅读水平的离子550芯片。这无与伦比的灵活性使客户选择合适的芯片相关的实验和吞吐量需求成本效益最大化,同时避免仪器的需要选择一个范围或等待批样本。

RM: GeneStudio系列是由你的新的离子S5系列芯片,其中包括离子550芯片。什么是这些新芯片的特性和过程是什么专业?

房颤:550年离子芯片是新一代半导体芯片通过热费希尔继续扩展离子激流输出的平台。我们已经开发了一个300像素/建筑与新表面化学增强信号噪声并生成高质量、高度准确读取200个碱基对。我们的原始精度高达99%的整个长度阅读,允许用户有信心在他们的测序和变体在各种各样的应用程序中调用的性能。

特别是离子550非常适合较大的液体切片化验,高覆盖的深度和高度准确读取需要达到低限制的检测。也适合更大的实体瘤板,像我们的新引入的Oncomine肿瘤突变负载试验immuno-oncology大型遗传疾病面板,以及外显和transciptomes。所有这些应用程序将受益于降低成本每样这一创新的结果。

RM:S5系列包括S5, S5 +和S5 '系统。这些系统之间的差异是什么,可以为你的客户每个系统实现发挥什么样的作用?

房颤:平台是有区别的三个关键参数:离子芯片每个系统能够运行,每天的吞吐量,分析原始数据的速度。入门级的离子GeneStudio S5系统主要是针对那些新下一代测序和能够运行510年离子,520年、530年和540年芯片。它可以处理一个单一的运行和数据分析每天使用一个离子每天540芯片。

中间层离子GeneStudio S5 +系统是更成熟的门店用户需要额外的功能。这个平台可以运行和分析两个离子540芯片在一天或一个离子550芯片。

离子GeneStudio S5 '系统是为电力用户吞吐量和最短时间要求的结果。它为应用程序提供高水平的动态范围,深度阅读很重要,读600个碱基对长度的。它是专为应用程序需要长时间读取驱动更强大的和具有成本效益的实验。这个系统每天运行两个离子550芯片的能力。

RM:你还宣布扩大的一组新离子AmpliSeq点播面板,用户可以优化的S5系列的可互换的芯片系统。这些扩张和他们将如何受益用户?

房颤:离子AmpliSeq面板的需求是一个可定制的内容格式,新2018年扩大了选择的5000个基因,已经预先设计,pre-synthesized并清点的基因。用户可以简单地选择特定疾病感兴趣的基因区域通过热费希尔的小说疾病基因关联数据库。这是一个高度相关的策划组基因列表特殊表型研究节省大量的时间,并帮助他们也花拖网许多其他数据库和出版物找到所有可能相关的基因。也可以子类型分为许多类的疾病有关的基因。

用户可以选择500个基因,我们从库存快速生成一个面板组装研究员。这些电池板可以下令在小数量的反应- 8、24日或96 -可以快速更新的基因感兴趣的转变。这种能力也大大降低了这些大板前期成本,到1-3K -根据格式和大小。AmpliSeq需求提供的5000个基因,我们现在覆盖一切有关今天的遗传疾病空间。

安迪·费尔顿Ruairi Mackenzie说,科学编辑技术网络188金宝搏备用