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基因组数据可视化探索的开源库


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如果没有能够显著提高基因组学应用信息学效率的新工具,与生物数据分析和解释相关的年度成本将显著增加。因此,基因组分析中心(TGAC)获得了资金来开发一个开源的网络接口,将Repositive的基因组数据可视化。IO平台,将为基因组学提供视觉探索解决方案。

为了了解更多关于诺维奇研究园区转化基金和farade项目提供的资金,我们采访了项目负责人Manuel Corpas,

JR: TGAC的一些项目最近获得了诺维奇研究园区转化基金的资助。您能告诉我们您的具体项目以及为什么这笔资金如此重要吗?

MC: farade是一个创新的界面,它试图让用户更接近基因组技术的最新进展带来的许多好处。不幸的是,尽管取得了进展,但要使基因组分析结果以一种直观易懂的方式呈现,仍有许多工作要做。我们希望降低非技术人员的门槛,让他们不必了解很多计算机科学知识,就可以访问和解释他们的假设。

JR:你们的软件与现有的软件有何不同?

MC:该软件的主要优势在于它建立在BioJS库上,用于高通量基因组数据的可视化和Repositive平台。我们将提供一个基于Repositive创新的分布式平台的接口,该平台将来自许多不同来源的数据聚合在一个接口下。

JR:您的项目旨在提高临床医生和研究人员以遗传为基础诊断疾病的能力,这将如何实现?

MC:我们希望让非技术人员能够轻松访问数据可视化工具,使他们能够快速测试假设,即在现场提出问题,而不必关心数据格式,软件版本或操作系统。我们希望为临床从业者提供一个抽象层,以简化他们快速和交互式地访问结果。

JR:您希望farade项目对从事“大数据”工作的科学家有什么影响?

主持人:farade将加快访问和解释结果的过程。发现的方式并不是线性的。临床医生需要尝试许多不同的方法来可视化他/她的数据。由于farade是专门为基因组数据查询的可视化定制的,因此我们将在查询复杂的异构基因组数据集后,弥合知识发现需求与结果呈现之间的当前差距。

Manuel Corpas采访了科技网络编辑Jack Rudd。188金宝搏备用
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