Dotmatics最近宣布新版本的数据可视化和分析解决方案,漩涡,新的生物信息学特征根据支持生物制剂的发现。我们赶上了安德鲁LeBeau博士Dotmatics生物制剂营销的高级经理,了解更多关于Dotmatics和漩涡。安德鲁。讨论了利用大型数据集相关的挑战和可能产生的影响从无法充分访问、共享和分析生物制药方面的科学数据和小分子的发现。
劳拉·梅森(LM):你能告诉我更多关于Dotmatics吗?
安德鲁LeBeau (AL):Dotmatics科学软件公司提供cheminformatics和生物信息学解决制药、生物技术、学术界、食品和饮料、石油和天然气,和农药的客户。致力于支持科学发现,公司的产品主要用于研究阶段(例如,从目标识别引导优化,当用于药物发现)。公司的创始人,前科学家默克公司在英国,首席执行官史蒂夫·加拉格尔和CTO阿拉斯泰尔·希尔。该公司开始通过识别和解决所面临的一个关键挑战科学家,这是能够聚合和查看所有项目的相关数据,使他们做出正确明智的决定,及时。浏览器最初Dotmatics产品,解决了这个问题,允许silo-ed数据聚合、浏览,和共享,而不必从遗留系统迁移它。从这个初步的成功,Dotmatics建立了一个完整的套综合信息产品,包括电子实验室笔记本电脑(笔记本)研究、试验数据管理系统(研究),注册小分子(寄存器)和生物制药(Bioregister),分析和可视化(漩涡)和工作流管理(级联)。
LM:在实验室产生的数据量急剧增加。你能涉及的研究人员所面临的挑战,能够访问时,管理和分析大型数据集?
艾尔:药物发现行业历来更有效地存储数据(数据库和其他存储库),比它已经提取数据,利用它!Dotmatics如前所述,理由是为了解决这个问题,所以产品的全套基本上是建立在访问和使用数据。许多其他的供应商在这个空间采取相反的方法和最初关注存储数据,和访问它是次要的考虑因素。药物发现项目从本质上是复杂的,跨越多个年,这意味着大量的数据生成一段时间。数据是由多个团队,越来越多由多个组织随着越来越多的工作与合同研究组织(cro)需外包。结果是,大量的项目数据分布在多个供应商和国产系统,其中一些可能被升级或转换为不同的供应商解决方案/个体发现项目的时间进程。聚合数据没有系统可以是一个巨大的挑战。为生物制药这一问题更加恶化,而小分子,因为化合物和相关实体的规模更大,可以应变的能力,传统的软件应用程序来分析和表示数据给用户,这样做具有良好的性能。科学研究是一个高度智力的过程需要集中思想。如果一个分析需要多少分钟或小时来完成,它中断知识追求和减缓整个过程。
LM:你的一个关键领域是“生物制剂的发现”。特别考虑生物制药研发、什么影响可能源于无法充分接触,分享和分析科学数据?
艾尔:访问的能力,分享和分析行业的科学数据是一个巨大的问题,对生物制药和小分子的发现。整个行业更好地获取数据到数据库和其他存储系统比它又在得到数据需要使科学家在他们的研究中使用它。解决这个行业的挑战仍然是一个关键战略路线图。Dotmatics创建信息解决方案,能够聚合来自多个数据源的数据,提出了研究人员以可使用的形式。药物发现过程从根本上是一个迭代过程的实验旨在理解和精炼候选化合物,总是试图优化组那些最活跃的化合物,和最少的潜在有害的副作用。当研究人员无法查看和分析所有可用的数据意味着他们基础决定下一轮实验不完整和/或低质量信息。有时仅仅是无法访问的数据。在其他情况下,科学家们能够找到数据,但它花费的时间太长,总有压力,项目进展。这可能导致一个实验是不必要的重复,一遍又一遍,资源浪费和增加的成本项目。最终的含义是,研发是放缓,这意味着它需要更长的时间让毒品市场。 Since patent protection starts while the drug candidates are still in development, every day of patent protection spent in development is a day lost from the period after the drug is approved and on the market – before generic molecules (biosimilars) can enter the market to compete with the original biopharmaceutical. This can easily amount to millions of dollars of lost revenue every day the drug is not on the market.
LM:涡是什么?你能告诉我们更多关于使用这个解决方案的好处吗?
艾尔:涡Dotmatics“先进解决方案分析和可视化。而其他部分Dotmatics套件提供基本的分析和演示功能,涡有马力执行复杂的计算和可视化数据在无数不同的图表类型。这包括图表高度优化的科学数据。涡的一个关键特性是,它是建立专门处理科学数据类型。所以它不仅理解数字和文字,但它是“明知”和本地了解分子结构是什么,和什么是生物序列。这是必不可少的科学家,因为他们需要他们的工具能够天生的通用语的行业工作,而不是觉得他们必须妥协当试图解释他们的数据。漩涡已经被化学家在制药公司多年,并在过去的几年中Dotmatics大大扩展其功能在生物制药,平行生物制剂扮演的越来越重要的作用在整个药物研发产业。
作为这个项目的一部分,大部分的低级代码重写从第一原理允许极高的性能在处理大型生物序列,如整个人类基因组,或在处理数以百万计的序列。方面的性能改进都是计算速度,使数以亿计的序列比较,用更少的时间比一杯咖啡(!),和显示大量的数据没有明显的延迟,因为用户滚动巨大的数据集,在一个标准的商务笔记本电脑。这些性能增强,加上涡的全方位的分析能力,意味着研究人员可以专注于做创新的科学。
LM:你最近宣布了一个新版本的漩涡。声明引用新的生物信息学特征根据支持生物制剂的发现。这些新特性是什么,他们怎么能帮助研究人员在这个领域工作吗?
艾尔:有相当多的关注扩展生物制剂发现涡在过去几年的功能。涡生物序列,可以显示丰富的注释信息,让科学家们明白他们所代表的相关性和功能分子。用户可以很容易地找到关键的序列,赋予功能,和编辑序列执行“如果”实验,了解变化序列可以提高药物的潜在候选人。涡有新工具,特别是支持抗体药物的发展。与这些性能改进,现在可以用来进行涡非常先进的序列分析药物候选人可以与它相关联的活动,允许表征形式和功能之间的关系。这些方法已经使用了几年在小分子药物发现,但小说生物药物。
总之,Dotmatics仍高度致力于推进科学和提供工具来促进和加速发现。
安德鲁LeBeau博士劳拉·伊丽莎白·梅森说,科学技术网络作家。188金宝搏备用
