在门店,液体活检和肿瘤突变与卢卡Quagliata负担

在分子诊断,科学家分析基因组、蛋白质组和代谢组的生理机制与人类疾病在分子水平上。这种分析使小说独有的生物标志物的发现特定疾病,可以采用在医学检测作为诊断工具。

最近的技术进步支撑分子诊断领域通过允许更快的分析需要更少的样本问题可用以越来越低的成本。

我们最近采访了卢卡Quagliata博士全球医务主任热费希尔科学。此前,Quagliata参与的第一个团队在欧洲推出下一代测序(上天)常规分子诊断。在这里,他在该领域分享他的观点,特别是使用门店分析液体活检,癌症生物标记物的发现和潜在的人工智能(AI)在分子诊断中的应用。

莫莉·坎贝尔(MC):你能给我们你的职业和突出的概述最令人兴奋的项目,你有工作吗?

卢卡Quagliata (LQ):我正式训练在医学生物技术和获得了学士和硕士学位在意大利,我出生的地方。在意大利的时候,我获得了研究经验研究一种非常罕见的发育基因异常引起的疾病导致严重的骨骼改变。后来我搬到了德国海德堡大学医院的研究,这是我获得血管医学博士学位,完成了从基础研究到转化研究的转变。当时我参与了一个项目,该项目是集中在转移性乳腺癌的研究。合作最大的制药公司之一主要肿瘤药物市场,我们当时是在测试一个新的单克隆抗体,当时用来阻止肿瘤导致lymphangiogenesis。

之后,我搬到巴塞尔瑞士和开始工作在肝癌在巴塞尔大学医院的博士后。最有效的研究项目之一,我在关注学习一本小说叫做HOTTIP癌症生物标志物。研究的结果,我是第一作者的同行评议的手稿报道,第一次,长非编码rna在肝癌的重要性。论文被引用的次数来证明长非编码RNA的实际临床意义的背景下,肝癌,尤其是肝细胞癌。我很荣幸已经研究项目的一部分,是导致这样一个真正的科学发展。

劳拉·兰斯顿(LL):以你的经验,你认为什么是最令人兴奋的技术,目前正在开发?

江西上天是今天最令人兴奋的技术仍在发展我们继续推动的边界和多少信息我们可以来自门店,和获得信息的速度能有多快。我第一次获得使用挥动我的经验在美国国立卫生研究院国家癌症研究所的校园在贝塞斯达作为访问学者。当时,我曾在一个第一离子激流的个人基因组的机器。快进到今天,我们现在可以应用门店中液体活检,同时分析多个基因和基因变异。虽然上天的使用液体活检测试仍然是相对较新的,它已经证明有助于判断肿瘤的抗治疗,特别是在酪氨酸激酶抑制剂治疗非小细胞肺癌。

米歇尔·威尔逊(MW):你能讨论液体活检的优势相比传统手术活检?

江西液体活检得到大量临床诊断领域的牵引,因为它是侵入性远比经典的组织切片的方法,因此,低风险的病人。在某些情况下,传统组织的活检不能执行,根据组织收集的解剖位置。风险有时是非常困难的,或根本不可能访问肿瘤病变。访问时,它总是伴随着风险的相关并发症,如出血或感染的机会。可以想象,这些障碍移除使用液体活检时,只需要从病人血液样本分析循环肿瘤细胞(ctc)或细胞自由DNA (cfDNA)患者的血液中。

液体活检的另一个优点是结果的时候了。如果你收集组织活检过程示例——这意味着你必须解决,通常嵌入在石蜡和削减组织,然后等到一个病理学家最终执行组织病理学分析,也许做额外的染色和调查,这可能需要很长一段时间。相比之下,与液体活检可以执行门店后立即样本收集。通常,后大约两到三天时间结果是样本集合,而七或八天或更长时间与组织活检。但不要被愚弄,液体活检不会取代组织活检,它不应该。组织和液体活检应被视为互补的方法;一个不等于另一个。他们提供部分重叠的结果但每个还提供了一组不同的信息。

噢,肿瘤突变负担,测量由肿瘤细胞突变,正逐渐成为一个潜在的生物标志物在选择子集的病人适合使用免疫疗法检查站。你能告诉我们更多关于这方面的研究和参与该领域的前进?

江西肿瘤突变负担(三甲)已经吸引了很多在过去的几年里。一些大型的临床试验表明,有一个直接联系的数量neo-antigens(突变负担的直接结果),或突变肿瘤的数量积累,检查点抑制剂治疗和临床反应。虽然我们不完全理解其背后的生物学,过于简单的,研究人员推测肿瘤有很多neo-antigens有更高的机会激活免疫系统。所以neo-antigens数越高,越有可能免疫系统被激活,触发T细胞肿瘤的招聘网站。因此,结合检查点抑制剂能够解锁的力量我们的免疫系统激活免疫细胞和攻击肿瘤,令人信服的数据表明,测量三甲可以用来更好的分层反应的病人。

不幸的是,三甲分析有许多相关的并发症和技术困难。分析三甲的黄金标准是全外显子组测序(韦斯)。虽然韦斯是广泛应用于研究上下文有完全控制pre-analytics和确切地知道哪种样品你要分析,它是具有挑战性的,如果不是不可能的话)执行常规临床护理,至少在今天。首先,通常你没有足够的材料进行全面的分析经常组织有限可用在临床设置。第二,有一个经济的约束。尽管测序的成本急剧下降,它仍然是太高了对于大多数医疗系统执行韦斯作为所有肿瘤相关分子的选择性试验调查。这就是为什么许多人想从韦斯方法有针对性的测序方法。使用有针对性的门店,可以估计三甲通过应用限制板的范围在300 - 500个基因和1 megabases基因组的足迹来准确估计三甲。

还有很多需要做的研究空间。我参与了最近的一项研究发现,有很多病人有很高的三甲,但仍不响应检查点抑制剂,可能由于抗原的类型。也有许多肿瘤三甲的绝对值低,但仍然能够激活免疫系统,因此三甲不能用于预测病人的反应检查点抑制剂在100%的情况下。

当我们试图更好地理解三甲,还有其他生物标志物新兴可能更好的预测响应检查点抑制剂和评估肿瘤的免疫原性。例如,细胞受体β测序是一个序列的方法评估存在的T细胞受体的克隆在肿瘤部位或外围。它可以在formalin-fixed石蜡包埋组织,或污点样本。有越来越多的证据显示,细胞可能是一个更好的预测检查点抑制剂治疗或,如果与三甲结合使用,更好的方式来评估肿瘤的免疫原性。

主持人:什么是最令人兴奋的最新进展对实体肿瘤的诊断吗?

江西最令人兴奋的进展之一是全面的吸收分子分析,主要通过门店。更令人兴奋,一些中心实施门店作为每个病人的常规试验要求。我们可以将这些降低成本的技术进步,使测试更负担得起的,积累临床证据显示不同的基因组变异诊断的意义。然而,还需要更多的教育在医学社区充分释放分子分析的力量。热费希尔完全支持基因检测的进步与全球倡议,包括我们的门店卓越中心和国际儿童肿瘤网络。

如前所述,当液体活检获得牵引力,它不会取代传统的组织活检。这是一个额外的工具,可以提供补充信息来改善疾病评估和治疗决策。它必须被视为一个互补测试,而不是替代。

兆瓦:技术可以在不久的将来,我们希望看到和你希望这些技术如何影响固体肿瘤和液体活检研究呢?

江西一个令人兴奋的进步是门店技术的可用性测试DNA和RNA同时提供额外的信息来指导病人的诊断和治疗。例如,Oncomine重点分析multi-biomarker分析,可以从DNA和RNA检测变异在一个工作流。

我也兴奋的潜力人工智能(AI)作为聚合和工具从基因组数据中提取信息来生成临床医生和研究人员的相关信息。时分子测试,现在主要关注基因具有明显的临床意义,意义变异与有针对性的治疗方法或相关的临床试验。作为计划在世界各地从临床样本生成大量数据,在不久的将来真正的价值将不再能够积累更多的数据,但我们将基因组数据与临床结果的能力,创造机会影响疾病的诊断和治疗。

卢卡Quagliata与莫莉坎贝尔说,劳拉·兰斯顿和米歇尔·威尔逊,科学作家、技术网络。188金宝搏备用