针对你最好的临床候选人自我引导数据发现和分析

我们采访了丹尼尔·韦弗PerkinElmer高级产品经理,找到更多关于他们的新平台PerkinElmer信号™先导化合物(SLD),由TIBCO Spotfire分析。丹尼尔最近提出的一份关于信号网络研讨会领导发现,您可以观看在这里。

Ruairi Mackenzie (RM):你认为使用数据平台的最大优点是生物医学研究人员在候选人发现今天好吗?

丹•韦弗(DW):大多数科学家仍在处理同样的问题,他们处理在过去的15年里,我一直在这个行业。问题是,他们花了大量的时间只是组装数据来回答问题。以前的解决方案已经开始表现出年龄,是建立在两层防火墙后端服务器架构是不计算的方式是做今天不是下一代科学家期待什么。尽管如此,基本上所有的解决方案,目前在生产中,仍是两层内部解决方案和有一个渐进的工业趋势启用云架构,在多个设备和现成的基本上是没有老建筑。对未来,我们正在建设,PerkinElmer信号™领导发现是在这个方向上迈出了一大步。

下一代的时间是正确的解决方案。

SLD试图进入该行业的方向——给科学家一个更好的方法来发现数据的新的方向。科学家可以找到数据的优势是,他们需要找到回答科学问题,而不是花所有的时间组装,组装和管理excel电子表格。

RM: SLD的总体特征是什么?SLD的新用户想知道些什么呢?

DW:第二道防线的平台的两个最有价值的方面——自我引导数据发现和自导的数据分析。我们的目标是使科学家们更容易搜索整个目录的数据可能会提供给他们在企业层面,从目录中选择感兴趣的数据——自导数据发现的概念。SLD旨在创建一个基础设施感兴趣的科学家可以检查化验,可以很容易地表达一组感兴趣的化合物,然后把数据转换成一个简单的工具进行数据评估分析。

第二部分是指导的数据发现。PerkinElmer TIBCO的独家生命科学研发特许权所有者Spotfire领域,我们有这种产品多年,我们得到的反馈,人们喜欢的工具。SLD与我们的能力集TIBCO Spotfire和创建了一组接口,简单的一个新用户了,开始,同时使自称“Spotfire迷”进行深入的分析,如果他们想要的。还是Spotfire,仍然是全功能的,但是是简单和直接的经验使科学家开始尽可能快地回答问题。

RM:你在研讨会探讨的一些模块和集成,可以添加到奉养。你能说我们通过这些模块吗?

DW:SLD的平台,包括一些附加功能,超过以上自导的数据发现和数据分析的简化的头条新闻。我通过三个会讨论你。一个是实现高性能chemistry-based搜索。此功能允许你搜索一组任意大的化合物与基本上可预测的性能。因此,我们采取了化学的概念搜索和并行化它,把它变成一个大数据后端,这样如果你有一百万种化合物或一亿种化合物,我们不在乎。我们可以给你一个保证搜索性能。当然,更大的化合物线轴更多节点但大数据系统的全部意义。

第二个重要的能力是一套全新的工具使结构活性关系(SAR)分析。这些工具集包括可视化的能力r基团分解结果有效地和Spotfire内部可视化三维结构的能力。例如,您可以用一组小分子做对接实验,然后把这些结果和显示直接Spotfire内部。

第三个功能是有史以来第一次,我们可以分析生物分子。除了传统小分子我们可以现在看看大分子的能力或特性,如单克隆抗体或CRISPR指导rna。我们真的想扩大这个工具的应用程序在不同的科学学科。

RM:有鉴于此,SLD平台可以集成各种组学吗?

DW:不完全是。这是通常在SLD长大。让我们来谈谈什么是SLD,什么不是。SLD先导化合物,在医药研究取一组生物分子的过程,试图确定哪些化合物在这些分子是你通向更昂贵或复杂的实验。所以SLD的目的是使项目团队能够更快更正确地识别哪些药物候选。对于一般数据集成和分析,PerkinElmer使用信号转化。这是两个不同的产品,不同的目标和要清楚的是,没有一个大的混合。只是因为我们可以处理生物分子并不意味着集成多个组学数据。

模型使用SLD,生物工程师或蛋白质化学家可能是评估一个单克隆抗体对杂种细胞治疗的疗效。在这个过程中科学家可能想看看事情的原因例如这些可变性——氨基酸对应于一个更好的结果——SLD要么就是看r基团,小分子或大分子的氨基酸成分。或者,在这种情况下,修改后的氨基酸与最好的治疗效果。

RM:云集成SLD有什么能力?

DW:SLD的架构是建立在我称之为云启用。行业仍处于一个过渡阶段,他们探索使用云计算技术,但不愿把他们的防火墙之外的数据。SLD因此可安装在云环境中,我们利用Amazon Web服务,也支持客户想要安装在自己的防火墙或私有虚拟云。我们利用我们的技术合作伙伴Attivio的经验数据到云环境。在最基本的层面上,这里的技术是基于一个亮氨酸指数、大数据、云计算技术。这真的使PerkinElmer变得更精通合并大数据和云基础技术,在过去的5 - 10年。我们也实现了接口从以前的基于表单的工具,我们的目标是提供一个路径,人们习惯于观察这些数据基于表单的视图会足够舒适的进入这些新的计算环境,这根本不是基于表单的计算环境。所有这一切都意味着我们可以一起产生一个不会过时的产品照片满足科学家更习惯于旧的技术。

想要了解更多关于PerkinElmer信号™领导发现?看丹尼尔·韦弗的研讨会在这里。

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