今天的灭绝率远高于预期利率由于自然背景,增加人类的情况认为是结果驱动的环境压力,如砍伐森林和气候变化。目前,超过38500个物种面临灭绝的威胁,代表所有评估物种的28%。生态环境保护者们不知疲倦地工作,以保护濒临灭绝的数量,防止生物多样性进一步下降。基因组的使用工具,如高质量的参考基因组,开始扮演着重要的角色在这个工作。
野生动物保护组织恢复和恢复支持科学家致力于利用基因组学通过其野生基因组计划保护生物多样性,部分支持的是哪一个新创基因组组装供应商燕尾基因组学。他们的第一个合作项目,“巴苏基的基因组,将专注于保护工作Banggai天竺鲷的印尼,并计划第二个合作项目,“劳拉的基因组,”最近被公布。
188金宝搏备用有幸与恢复和恢复的项目经理,布丽姬特鲍姆加特纳博士和燕尾基因组学的托德•迪金森CEO,更多地了解这个项目和它的目标。费利克斯和迪金森还强调了基因信息的价值管理濒危物种保护工作。
安娜·麦克唐纳(AM):你能告诉我们更多关于恢复和恢复野生基因组计划和目标吗?
布丽姬特鲍姆加特纳(BB):基因组技术可能是一个功能强大的工具为提高保护专业人员使用的信息使野生动物管理决策。尽管基因组测序的低成本和商业可用性,我们经常听到环保主义者,他们不包括基因组insight物种管理计划。当我们问为什么的时候,他们引用缺乏熟悉技术,潜在的应用程序,或者他们错误地认为,基因组测序成本偏高。我们开始疯狂的基因组,以建立一个投资组合的项目展示清楚应用程序和测量使用基因组洞察力对野生动物管理的好处。每个项目开始发展的基本资源,包括一个高质量的参考基因组(如果不存在)和/或人口全基因组测序在适当规模的项目。项目结束演示如何使用这些资源的保护工作更有效,更低的成本或更少的不确定性。我们计划使用这些项目的结果来帮助环保人士更好地了解如何访问这些新工具,把他们用于正在进行的野生动物管理项目。
托德迪金森(TD):物种保护时,最好的出发点去理解生物体的生物学是一个高质量的基因组组装。与参考基因组,保育生物学家可以开始人口研究了解濒危物种的基因。处理恢复和恢复他们的野生基因组项目,我们正在测序一个潜在危险金刚狼(Gulo Gulo),绰号叫劳拉。
一旦可用劳拉的基因组,保育生物学家可以使用它作为一个基础调查金刚狼种群在加拿大,美国和其他国家。这些研究将帮助生物学家了解人口规模和人口结构,基因流和遗传多样性,以及提供新的机会来监控金刚狼的数量。
问:什么是燕尾基因组学在项目中的角色?
BB:燕尾一直是重要的合作伙伴野生基因有几个原因:
1。 他们提供所需的专业技术和建议创造最高质量的参考基因组可用的今天,从广泛的分类范围的物种。
2。 他们使我们能够使用散装价格,降低了相关成本创建参考基因组。
3所示。 他们帮助我们促进这个项目潜在的建议者和感兴趣的。
4所示。
他们给我们的项目早期访问他们正在开发新的序列组装产品,通常商业上可用。这将确保我们生产的基因组总是前沿的准确性和完整性。
道明:巴苏基和劳拉参考基因组的努力基于“增大化现实”技术e被燕尾基因组学代表我们的支持服务项目客户。燕尾捐赠500美元为每个服务项目我们出售,直到我们和装配金刚狼的基因组序列。
问:物种选择程序怎么样?
BB:野生的基因组是一个竞争性赠款项目。这也是目前基于主题的,这意味着我们呼吁建议符合一个特定的描述(例如,最后调用海洋物种)。项目的想法,符合以下条件的主题进行了综述:
● 目标物种的保护需要
● 潜在影响的基因资源
● 技术可行性
● 能力转型结果立即使用
问:什么问题缺乏保护濒危物种的基因组信息吗?
BB:有很多困难的问题,可能更容易回答关于濒危物种的基因组洞察力。下面是一些例子:
● 分类标识:是两个相邻的个体数量相同的物种,他们代表不同的亚种或?
● 遗传多样性:有效种群大小对我感兴趣的物种?当前的人口是什么?
● 遗传负荷:有害基因被固定在人口?
● 基因流:有足够的新遗传多样性的来源或人口过于孤立?
● 取证和保护:大小是这个物种的栖息地范围的一个人,或者,从偷猎者/ pet-smugglers最活跃在哪里?
道明:我们正在witnessing地球的第六次大灭绝事件,使生物多样性保护人类最重要的职责之一。随着人性化压力继续威胁生态系统,从来没有更需要工具来监控、保护和提高生物多样性。高质量,连续的基因组装配对环保主义者来说仍然是至关重要的保护和濒危物种的威胁。
准确基因组装配帮助我们研究存在近交,掺合料和渐渗现象,人口多样性维护、混合物种形成,疾病的易感性,行为生态学、适应性等位基因鉴定和遗传救援。
接近结扎是创建染色体长度的关键组件。虽然读测序平台在short-reads改善装配接触,他们只有达到染色体规模最小的基因组。
使用高c技术应用邻近结扎non-model有机体新创基因组组装,我们已经交付了超过1600高质量基因组对于许多独特的物种,推动研究数以百计的科学家。这些组件支持全球的保护工作。
问:在什么方面可以吗基因组的见解帮助保护科学家管理濒危物种数量吗?
BB:基因技术可以提供信息,无法确定的目视检查允许保护专业人员做出更明智的和更加自信的决定。例如,很难知道是否一个特定的基因干预是必要的或可能成功基于个体动物的外观或行为。能够准确地评估基因库,个体间的亲缘程度圈养繁殖计划,或邻近种群间基因流的数量在野外可以使决策,导致保护项目的期望的结果。是类似于使用遗传信息的个性化医疗(这是个人其中一个特定的疾病,还是两个人近亲?),法医调查(多少人穿过这一地区,他们的性别和年龄分布是什么?),或祖先分析(这是个体人的后裔从特定国家吗?)。
问:有没有计划序列已经反灭绝项目已经灭绝的物种吗?
BB:我们目前专注于收购濒危物种的基因组序列。有两个正在进行的反灭绝的努力恢复和恢复(松鸡,旅鸽)。草案基因组可用于两个物种,尽管我们可能升级与燕尾在未来更高的质量。
问:这个项目如何融入遗传营救工具包?除了排序,其他生物技术保护工作需要什么?
BB:基因组学和生物这两种技术,形成遗传救援工具的基础。没有其他工具没有这些资源将会特别有用。基因组学通常可以用来描述特定基因上下文管理对于一个给定的物种。从那里,设备可以使用的其他工具作为解决方案的一部分或干预措施,预计对濒危物种和改善其生存的机会。
托德·迪金森和布丽姬特鲍姆加特纳博士说安娜·麦克唐纳,科普作家技术网络。188金宝搏备用
