BrainGlobe倡议

BrainGlobe倡议(BGI)是由神经科学家在Sainsbury康中心,伦敦大学学院和马克斯·普朗克神经生物学研究所(现在的慕尼黑工业大学),现在是一个跨国财团的神经学家和开发者来自欧洲,英国和美国(包括普林斯顿大学,卡夫系统神经科学研究所,特拉维夫大学和弗朗西斯·克里克研究所)。BGI的中心目标是建立大量的科学家和程序员,可以一起工作来生成开源的、可互操作的和易于使用的面向计算神经解剖学的工具。

随着图像数据集变得越来越复杂和非常大的3 d数据更容易获得(如。mesoSPIM项目)神经科学社区需要一个中央平台计算神经解剖学,易于使用,并与其他相关工作(如集成。napari)和现代数据分析框架。华大基因研究院的目标是这样的一个平台:华大基因研究院的发展旨在解决大多数现有软件对神经解剖学的主要缺点。迄今为止大多数软件工具被设计成使用一个脑图谱或模型物种,要求额外的,经常重复,努力投入到开发类似软件其他模型的物种。而且这些软件通常不会用Python编写的,这是成为神经科学社区的首选编程语言由于其他开源工作,等DeepLabCut。

华大基因研究院旨在解决这些问题通过开发一套软件工具,用Python编写的,计算神经解剖学。华大基因研究院软件是完全整合促进复杂的数据分析管道的发展。此外,华大基因研究院软件可以处理任何地图集和模型物种利用BGI的AtlasAPI软件(Claudi Petrucco &泰森2021)。这个API可以重用允许他人开发软件兼容所有现有BrainGlobe工具。BGI的软件是由研究者设计为易于使用和广泛的在线文档和例子来帮助新用户提供学习如何使用这个软件。

巴克莱全球投资者关注可持续性的软件,旨在实现这一目标通过与神经科学家合作(> 20贡献者日期)和科学python的生态系统。华大基因研究院开发的所有工具都是开源的意义,他们可以使用,免费,适应世界各地的研究人员。这些包括brainreg和brainreg-segment(泰森Velez-Fort &卢梭et al . 2022年)的描述在整个大脑显微镜图像和结构cellfinder(泰森,卢梭& Niedworok et al . 2021年),在这些图像细胞检测的新方法。华大基因研究院最近也发布了brainrender(Claudi et al . 2021),软件的可视化多通道神经解剖学的常见坐标空间中的数据(例如,从cellfinder或brainreg)。

BGI总是欢迎新用户和贡献者,不管他们的编程经验。这些工具是由科学家,因为科学家和任何输入(包括bug报告和特性请求)非常有价值。阅读关于这些工具的更多信息,请参阅BrainGlobe网站,或随时问我们一个问题的形象。sc论坛。更多细节关于个人软件工具都可以在各自的GitHub库:

出版物

Niedworok C。,布朗。,Jorge Cardoso, M.et al。同理(2016)是注册和验证管道高分辨率老鼠大脑数据的分割。Nat Commun11879https://doi.org/10.1038/ncomms11879

Claudi F。*,Petrucco, L。*,泰森,A.L.*,布兰科,T。,Margrie, T.W., Portugues, R. (2020) BrainGlobe Atlas API: a common interface for neuroanatomical atlases.j .开源软件。2668https://doi.org/10.21105/joss.02668

Claudi F。,Tyson A.L., Petrucco L., Margrie T.W., Portugues R., Branco T. (2021) Visualizing anatomically registered data with brainrender.eLife10:e65751https://doi.org/10.7554/eLife.65751

泰森,A.L.*、卢梭、简历*、Niedworok C.J.*,Keshavarzi, S。Tsitoura C。Cossell, L。斯特罗姆,M。,Margrie, T.W. (2021) A deep learning algorithm for 3D cell detection in whole mouse brain image datasets.PloS计算生物17 (5):e1009074https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009074

泰森,A.L.*,Velez-Fort, M。*、卢梭、简历*,Cossell, L。Tsitoura C。兰兹,s . C。,Obenhaus, H.A., Claudi, F., Branco, T., Margrie, T.W. (2022) Accurate determination of marker location within whole-brain microscopy images.科学报告12日,867年https://doi.org/10.1038/s41598 - 021 - 04676 - 9