5目标反褶积方法在药物发现

回顾的药物靶点识别基础观察表型反应称为目标反褶积。目标可以通过许多方法包括反褶积;亲和色谱法、expression-cloning、蛋白质微阵列,反向转染的细胞微阵列,生化抑制。

这个列表列出了五个方法可以应用于目标反褶积。

1。亲和色谱法

目标反褶积的亲和色谱法是通过修改小分子(配体),一个“链接”介绍,使固定化,和然后孵化固定化配体蛋白提取物。飘散的蛋白质被洗,只留下绑定蛋白——一个足够强大的亲和力的配体。绑定蛋白然后使用缓冲条件,筛选了干扰目标protein-ligand交互。然后确定靶蛋白——通常使用质谱或immunodetection方法。

2。Expression-cloning

信使rna噬菌体展示,显示和三辆混合动力系统都是表达克隆技术的例子。

噬菌体展示

噬菌体展示使您目前的潜在目标蛋白质噬菌体表面的形式噬菌体图书馆。噬菌体(显示不同的蛋白质)然后暴露于小分子药物的候选人(固定)。噬菌体有亲和力的小分子是“捕获”和释放噬菌体通过洗涤去除。的绑定噬菌体显示靶蛋白,筛选了和放大使用细菌宿主细胞。然后使用DNA测序来识别蛋白质的目标。

信使rna显示

信使rna是一种显示在体外方法将cDNA文库放大和转录,所得的mrna的结扎DNA链接器在体外执行翻译生成protein-mRNA融合分子。这些是纯化,反向转录来创建一个互补脱氧核糖核酸模板(用于放大之后)。信使rna分子库显示固定化的候选药物和不受约束的孵育protein-nucleic酸复合物被洗涤。然后放大的互补(PCR)产生一个图书馆丰富蛋白质结合的药物。后续的选择后,DNA测序技术用于识别的互补。

三辆混合动力系统

三辆混合动力系统通过三部分的交互功能。第一个是由一个dna结合域与配体结合域。第二个是由配体与小分子药物的候选人。第三个组件是由转录激活域融合蛋白(一种潜在药物靶标)。如果小的候选药物协会与蛋白质三部分连接形成一个三聚物的复杂,导致报告基因的表达——这是用来测量交互。

3所示。蛋白质微阵列

蛋白质微阵列使高通量的分析目标之间的相互作用和药物候选分子。要分析的蛋白质的目标首先被净化,随后固定到载玻片。结果数组功能众多潜在的目标(固定在特定的位置)。这是孵化与小分子药物的标签版本的候选人。数组然后洗彻底消除游离分子。洗后,剩余的标签信号“斑点”表明成功的药物绑定。复杂的位置标记药物可以映射到特定的蛋白质目标固定在那个位置。

4所示。反向转染细胞微阵列

“反向转染的细胞微阵列有时也被称为“生活”微阵列,活细胞(与互补dna转染)而不是蛋白质。转染细胞表达特定的互补在不同位置数组,数组是因此覆盖细胞集群中的特定蛋白过表达在特定的位置。与蛋白质微阵列、细胞微阵列是孵化与小分子药物的标签版本的候选人,使目标蛋白的检测。

5。生化抑制

生化抑制的另一种策略是确定药物靶点和信号通路的组件。与许多其他目标反褶积方法,这种方法不依赖于生物靶分子的亲和力。生化抑制涉及的蛋白提取的小分子,抑制感兴趣的一个活动——抑制测量试验使用一个活动。首先,一种蛋白质提取与已知的分子抑制混合感兴趣的活动。酣畅的蛋白质提取部分,介绍了抑制提取,然后可以确定任何分数抑制抑制。如果确定是一小部分,抑制小分子的抑制活动,进一步的分离净化抑制执行活动。

引用

Terstappen G。Schlupen C。Raggiaschi, R。& Gaviraghi, g (2007)。目标反褶积方法在药物发现。自然评论药物发现,6 (11),891 - 903。doi: 10.1038 / nrd2410
Wermuth C。奥尔德斯·D。Raboisson, P。& Rognan d (2015)。药物化学的实践(第四版,页45 - 70)。