蛋白质组学专家对EPIC-XS团结

像许多学科在系统生物学,蛋白质组学研究领域以惊人的速度发展。最近的技术进步可用于蛋白质组学研究杠杆的大量研究旨在探索蛋白质在生物过程的作用。

欧洲财团提供蛋白质组学基础设施(EPIC-XS)由一个网络经验丰富的研究团体,都有一个共同的目标:促进蛋白质组学的发展和可持续性研究人员探索在欧盟。由艾伯特见鬼,协调协会旨在提高蛋白质组学研究领域更高。我们采访了玛蒂娜O 'Flaherty EPIC-XS项目办公室了解更多。

莫莉·坎贝尔(MC):你能告诉我们如何EPIC-XS财团来是吗?

玛蒂娜O 'Flaherty (MOF):EPIC-XS开始的一个扩展PRIME-XS项目中,欧盟项目的研究和技术发展,始于2011年并于2015年完成。PRIME-XS背后的想法是将蛋白质组学社会科学蛋白质组在一起更协调一致的努力。虽然有许多机构和设施提供先进的蛋白质组学研究,作为一个整体,欧洲共同体不是很统一。

当时的想法是,形成一个平台,所有科学家在蛋白质组学领域的进一步发展他们的技能和专业知识在蛋白质组学研究也获得最高的蛋白质组学技术。

PRIME-XS计划2015年完成,而一些项目进一步发展自己的优点,其他项目有资源或财政继续进一步发展。从PRIME-XS EPIC-XS接管,十一之前的十二个成员一起参与PRIME-XS项目,有一个额外的7个主要蛋白质组学机构参与EPIC-XS财团。

主持人:为什么它是重要的蛋白质组学研究,并确保蛋白质组学技术可以在生命科学领域的研究者?

财政部:蛋白质组学是很重要的,因为本质上代表一个细胞的实际功能的蛋白质。如果你有突变的DNA -蛋白质的最终影响。

如果我们能了解蛋白质表达自己,他们如何函数,它们如何相互作用,结构取向,然后我们洞察潜在疾病生物标志物可用于检测、治疗和在某些情况下,预防疾病。比如癌症研究领域;近年来,蛋白质组学技术导致了巨大的医学基础研究的进步,因为它成为可能识别癌细胞的活检。

为了开发新颖的方法和技术来对抗和理解疾病的蛋白质和他们的链接,你需要有高端先进的设备和内部专业知识。

质谱分析是蛋白质组学研究的关键,让我们大规模研究蛋白质在活细胞和生物体。然而,女士最尖端的设备非常昂贵,不仅购买,而且维护和运行。

这就是EPIC-XS可以帮助研究人员,通过,不仅高端技术访问,女士也由faciliting访问专家科学家在不同的蛋白质组学领域。

主持人:有四个联合研究活动(JRAs) EPIC-XS之内,你能描述一下这些研究活动和他们的目的是什么?

财政部:JRA 1 -计算蛋白质组学和Cross-Omics集成是由Lennart Martens教授从弗兰芒Instituut voor Biotechnologie (VIB)在根特,比利时。这个项目涉及到许多研究合作伙伴在EPIC-XS平台。这个项目将开发算法和软件数据处理标准,整个财团提供支持,管理流程和数据操作。这种软件开发技术将形成一个健壮的、可伸缩的、集成的、品质管理数据分析管道,完全可再生和可追踪的数据分析。生成的数据集JRA的2、3和4将由这些生物信息学工具支持。

JRA 2 -未来和新兴的蛋白质组学技术铅是茱莉亚Chamot-Rooke博士从巴斯德研究所(IP)巴黎,法国。这个联合研究活动还包括大量的研究合作伙伴的联盟。JRA项目,调查突破性的新颖的蛋白质组学技术的发展,提高样品处理量,天车分析、敏感性对单细胞分析、再现性、动态范围、多路复用功能和蛋白质组报道将调查。其目的是超越国家的艺术,将蛋白质组学在未来,更进一步的研究。与所有JRA的这些技术将会直接提供给科学界通过实施EPIC-XS访问网站。

JRA 3 -平移蛋白质组学教授是铅马蒂亚斯•曼丹麦哥本哈根大学的。这是一个项目集中在使平移蛋白质组分析更主流技术在临床设置。最近的目标是解决一些瓶颈在临床蛋白质组学,通过开发健壮的、可再生的高通量蛋白质组学工作流分析大样本人群患者样本。处理血浆蛋白质组的动态范围和调查天车和表观遗传学作为疾病的生物标志物还将这个项目的一个组成部分。这些技术将直接提供给科学界通过实施EPIC-XS访问网站。

JRA 4:蛋白质组的组织、结构和空间蛋白质组学铅是教授Paola Picotti分子系统生物学研究所,瑞士苏黎世ETH。JRA的高阶领域将集中在蛋白质组组织,如开发和集成不同的质谱(MS)为基础的蛋白质组学技术。它将被用来描述的亚细胞组织蛋白质组和蛋白质的高阶结构。再一次,这些技术所需的生物信息学工具将联合联合研究活动1。这些技术将直接提供给科学界通过实施EPIC-XS访问网站。

主持人:主动协调,艾伯特见鬼——其他世界知名的蛋白质组学领域的研究人员参与该财团?你能给他们实验室的研究兴趣的例子吗?

财政部:有几个世界知名的科研人员在联盟取得了开拓性进展在蛋白质组学领域。

教授马蒂亚斯•曼哥本哈根大学的。

第一个协议执行为胶液消化蛋白质和少量的生物样品的处理,能够快速识别多肽通过匹配碎片光谱女士序列数据库是由马提亚曼。临床蛋白质组学的曼研究小组正在调查生物标记物早期发现糖尿病和癌症等代谢紊乱。另一个重点是“multi-omics”数据的解释,这仍然是一个挑战。通常,一个单一的“组学”维度不足以捕获的全部复杂性疾病。克服这些挑战,马蒂亚斯集团发展中临床知识图multi-omics数据,加上大量的元数据,收集和协调,使分析和机器学习提供一个良好的生态系统。

教授伯纳德工业的椅子上蛋白质组学和Bioanalytics慕尼黑工业大学。

伯纳德工业的研究兴趣集中在一系列相关问题如何蛋白质相互作用和活性药物成分,在癌症的分子机制发挥作用,如何使用这些个人的临床治疗方法。他使用化学和生化方法以及光谱和生物高通量技术。与其他联盟成员一起,他进行了开创性研究有关的高阶组织蛋白复合物和结构蛋白质组学,甚至整个蛋白质组;生物系统为开创性的新见解铺平了道路。

教授马赛厄斯Uhlen从k研究所斯德哥尔摩皇家理工学院。

Uhlen教授的研究主要集中在蛋白质科学、抗体工程和精密医学和微生物生物学的研究范围从基础研究在人类和更多的应用研究,包括临床应用在癌症、传染性疾病、心血管疾病、自身免疫性疾病和神经生物学。

自2003年以来,他一直的国际努力绘制人类蛋白质组与抗体。他创造了一个开放源码的知识库资源,人类的蛋白质图谱,使用抗体和各种组学技术。

MC:挑战目前存在于蛋白质组学研究领域EPIC-XS希望克服它们?

财政部:尽管在蛋白质组学领域的重大进步,蛋白质组研究人员面临的挑战仍然是相当高的。不像DNA和RNA,蛋白质是更加困难。蛋白表达动态范围跨越了更多的订单,无法像DNA或RNA被放大,所以更丰富的物种是很难发现的。因此提高灵敏度和动态范围的蛋白质组学分析是至关重要的。添加到这个挑战是可能有几百万以上不同的蛋白质分子在细胞,可能各有自己独特的属性和功能。这使得全面的蛋白质组分析摘要极具挑战性。蛋白质在体内的活动意味着他们可以由定位,结合其他分子(蛋白质、DNA、RNA、代谢物、药品等)和其他结构性的改变。

蛋白质组学的应用进一步临床研究提出了重要的挑战,特别是生物个体之间的大规模生物差异/人类。效率面临的技术挑战包括健壮性、再现性、高吞吐量、标准化的方法以及相关的成本分析。克服这些挑战是欧盟未来的主要目标之一(场效应晶体管)项目的实现技术二甲基砜马提亚·曼(包括Jesper Jesper奥尔森和艾伯特见鬼)紧密相连EPIC-XS和主要商业工业开发人员。

设备成本也是一个阻碍因素的广泛使用蛋白质组学在临床实验室和许多机构从事生命科学研究。大多数蛋白质组学技术使用复杂的仪器,关键的计算能力,和昂贵的耗材。结合需要获取、培训和留住高素质的研究人员,长期可持续性的质谱设备可以是一个挑战。结果,主要贡献者进步进步领域的蛋白质组学在很大程度上是由一小群先锋,许多位于欧洲和EPIC-XS伙伴。

的物流障碍带来的大量的数据集,通过蛋白质组学方法可以生成,在EPIC-XS也将得到解决。有一个很强的链接蛋白质组生物信息学的灵丹妙药ESFRI项目,在蛋白质组学社区是由EPIC-XS伙伴(Oliver Kohlbacher Lennart Martens胡安·安东尼奥·防御率)。同时,在这种背景下发展将在欧洲开放科学云对齐(EoSC),在合作伙伴EBI EoSCPilot参与当前的项目。

提供更广泛的蛋白质组学社区最优访问该领域的专家,并使他们能够利用高端质谱技术,硬件和生物信息学工具,将帮助克服这些挑战。EPIC-XS将促进这种访问,还将为研究人员提供实习培训,帮助开发最佳实践工作流和蛋白质组学数据也会帮助传播到公开的数据库和拓宽专业知识经验丰富的科学家和那些新蛋白质组学领域。

MC:支持科学家想进行蛋白质组学研究可以期望从EPIC-XS ?

财政部:支持科学家提供了允许研究人员开放EPIC-XS平台内的研究设施。他们将获得专家建议对执行他们的蛋白质组学实验,将提供必要的技术支持来执行他们的实验。联盟中有足够的专业知识来指导整个欧洲生命科学研究项目,通过他们的参与PRIME-XS之前和他们强烈参与国家蛋白质组学计划和设施。

EPIC-XS还提供了一个支持性的角色在夏天学校,培训课程,和车间如MaxQuant暑期学校,欧洲暑期学校先进的蛋白质组学,先进的生物分子质谱分析过程和更多。第一次研讨会染色质蛋白质组学将于2019年9月,在希腊。

玛蒂娜O 'Flaherty莫莉坎贝尔说,科普作家、技术网络。188金宝搏备用