214000微生物样品用于构建的“维基百科”细菌的抗生素耐药性

在未来,即使是很小的感染可以成为人的生命如果致病细菌产生抗药性的传统抗生素治疗。

基于214000份微生物样本,系统研究人员创建了一个自由访问平台显示,世界上不同类型的抗药细菌被发现和数量。

了解抗生素耐药性是如何散布在世界各地,重要的是要知道,和有多少抗性基因发现我们周围的环境。动物之间的基因提供电阻可以传播,人类和环境。

数据可用于裁剪指南

今天,有大量的数据在不同的在线存储库和数量有限的数据集在耐药细菌的出现,例如,污水、土壤、动物或人类。但所使用的数据不积极,因为直到现在已经很难获得,处理,和,特别是利用这些大型数据集所需的计算能力。

“如此大量的数据很有意思,因为我们可以找到新的模式和致病微生物和抗生素耐药性之间的联系。例如,我们可以看到,某些类型的抗生素耐药性有非常不同的流行在世界不同的地方。这些知识我们可以使用裁剪指南如何对抗阻力在世界上不同的地方,说博士生Hannah-Marie她从国家食品研究所),谁是新的数据库背后的驱动力之一。

细菌和阻力之间的连接

国家食品研究所)的研究人员分析了214000个样本,除此之外,动物,人类,和土壤,组织他们的方式可以让其他人使用他们。耐药细菌的目标是创建一个目录,跨越国家,人民和环境。

“你可以把它比作一个大型百科全书,像维基百科,这从许多不同的来源和收集知识组织的方式,这样每个人都可以访问它。同样,我们收集的数据对抗生素耐药性细菌和与每个人分享”,她说。

214000个样本在一起几乎占用300字节,它需要花几个月的时间来分析它在高性能计算机

“通过初始资源密集型的分析并将其转化为每一个人,我们给世界各地的研究人员更好的机会想出新的解决方案,可以帮助降低抗生素耐药性的发生率。这符合的原则是使数据有用开放科学和公平的,“国家食品)研究所教授说弗兰克Møller Aarestrup,先驱之一的耐药性监测。

全球实时监控

耐药细菌的发展类型千差万别的国家。但耐药细菌,例如,埃及可以迅速传遍世界,引起感染细菌耐药患者在丹麦传统治疗。

“Covid19流行的经验表明我们全球监测数据的价值,例如,应对疾病时威胁传播一个国家以外的国家”,说弗兰克Møller Aarestrup。

参考:她嗯,芒克P, Brinch C, Aarestrup调频,彼得森TN。一个策划的214 k基因组数据资源描述全球抗菌resistome。公共科学图书馆生物学。2022;20 (9):e3001792。doi:10.1371 / journal.pbio.3001792

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