454测序帮助识别Herpes-like下降可能导致大流行的病毒的热带珊瑚礁

为了确定病毒病原体的影响在珊瑚健康下降,圣地亚哥州立大学的研究人员最近使用的宏基因组分析的基因组序列测序仪系统从454年生命科学Porites泥蜂珊瑚样品在不同环境压力。

博士研究的目的,由森林Rohwer说道,是复制当前生态变化等热带珊瑚礁栖息地的pH值降低,高营养和增加温度来确定对珊瑚内病毒种群的影响。实验发现了数量庞大的强调Porites泥蜂珊瑚herpes-like病毒。有趣的是,病毒序列在un-stressed很少发现,健康的样本。

虽然珊瑚是热带珊瑚礁生态系的主要建造者,对他们的微生物所知甚少。因此,珊瑚疾病的研究一直局限于细菌和真菌很容易种植。的深度报道和缺乏克隆的步骤使454年成为公正的宏基因组测序适合高度多样化的调查样本。

在这项研究中,超过15000的基因组定序器系统启用识别珊瑚相关病毒序列,其中,疱疹病毒是最常见的。

“可用序列的数量已经允许我证明相似之处已经广泛而深入的报道在a-herpesvirus基因组数据库中并不是由于偏见,”丽贝卡·维加瑟伯第一作者,佛罗里达国际大学的生物学教授和前助理Forest Rohwer说道在圣地亚哥的实验室的成员。“最重要的是,这些序列允许我们使用替代措施来测试和确认的假设压力会导致生产这些herpes-like病毒。”

”博士。Rohwer说道研究气候变化是如何影响的热带珊瑚礁诱导病毒社区生态系统的变化是非常有趣和重要的研究,”克里斯托弗·麦克劳德说,总裁兼首席执行官454生命科学。“我们很兴奋地看到,使用长读和高通量宏基因组分析的454测序系统使发现全新的生物学领域,如珊瑚病毒学,是不可能仅仅几年前。”

虽然还需要进一步的研究来理解这些病毒如何影响珊瑚生理学,很明显,环境压力不仅导致珊瑚共生有机体损失和细菌和真菌疾病,还增加herpes-like病毒生产一起可以解释毁灭性的死亡珊瑚礁是海洋温度上升和污染增加。