碎片筛选方法的比较研究

摘要

利用BioFocus片段库，利用应激激活激酶p38α来评估基于片段的药物发现方法。化合物通过表面等离子体共振(SPR)在Biacore(™)T100上对p38α和两个选择性靶标进行筛选。我们的文库的一个子集是详细的后续分析的重点，包括命中确认，24个确认的亲和性测定，选择性命中和这些命中相对于已知ATP结合位点抑制剂的竞争性分析。此外，使用移动位移平台(LC3000, Caliper LifeSciences)在生化试验中评估了对p38α的功能活性。使用荧光寿命(flexite(™))和微尺度热电泳(Nanotemper)技术对片段进行了评估。不同测定方法的数据之间存在良好的相关性。对其中4个与p38α络合的小分子的晶体结构进行了解析。有趣的是，通过x射线分析和SPR竞争实验，其中3个复合物涉及ATP结合位点的片段，而第4个复合物结合在远端位点，可能提供了作为新的药物靶点的潜力。围绕远程结合片段的第一轮优化导致了一系列含三唑化合物的鉴定。这种方法可以成为开发新型活性p38α抑制剂的基础。 More broadly, it illustrates the power of combining a range of biophysical and biochemical techniques to the discovery of fragments that facilitate the development of novel modulators of kinase and other drug targets.

这项研究在线发表在《计算机辅助分子设计杂志》上，可免费获取。