快速跟踪冠状病毒基因组策略

由于尖端纳米孔的基因组测序技术,Garvan医学研究所的研究人员和悉尼新南威尔士大学Kirby研究所开发了最快速的冠状病毒基因组测序策略迄今为止在澳大利亚。技术进步有潜力提供至关重要的,及时的线索SARS-CoV-2感染病例是如何联系的。

今天的研究人员发表了一篇分析验证和最佳实践指导方针,纳米孔测序SARS-CoV-2自然通讯,他们希望这将使更大的吸收快速测序技术的卫生行动在澳大利亚和海外。

“每次SARS-CoV-2病毒在人与人之间传递,它可能使复制错误,改变几个30000年的遗传信。通过识别这个遗传变异,我们可以建立不同情况下的冠状病毒是如何关联的,知道一个案子可能从和他们可能给谁,”教授说co-first作者/罗威娜牛,科比从新南威尔士大学的研究所。

A /牛教授说基因测试的情况下跟踪病毒传播是至关重要的来源尚不清楚调查的流行病学联系。

“通过改造病毒的进化历史,或“家谱”,我们可以理解的行为,帮助传播COVID-19和确定所谓的“超级传播者”,”她说。

“当一个新的‘神秘’冠状病毒情况确定,分秒必争。在嘉芬,我们有转化我们的基因组测序能力使冠状病毒基因组的快速分析在短短几小时,”资深作者Ira Deveson博士说,基因技术组负责人Garvan Kinghorn中心临床基因组学。

“我们已经激动与Garvan和科比机构合作发展冠状病毒基因组的无与伦比的速度测试。这样的快速方法提供了一种方法,作为一个潜在的未来选择接触者追踪通过实时基因传播研究,”比尔罗林森教授说,从悉尼新南威尔士大学和新南威尔士健康病理学Randwick。

“技术进步是一个证明当公众可能什么病理与研究机构为了一个共同的目标,“Sebastiaan·哈尔教授说,从新南威尔士健康病理学——皇家王子阿尔弗雷德医院。

开创性的快速基因组学

确定SARS-CoV-2迅速传播是至关重要的。新南威尔士健康病理学与来自研究所和科比研究所合作开发更快SARS-CoV-2基因组测序能力,潜在的增强的能力联系追踪采取快速行动检疫和监测潜在的联系。

来自研究人员调整尖端牛津纳米孔技术的协议序列SARS-CoV-2在不到四个小时。Garvan Kinghorn临床基因组学中心是第一个工厂在澳大利亚建立和应用这个基因组SARS-CoV-2监测纳米孔技术。

高度精确的新兴技术

当前标准的方法读取短基因序列的100 - 150基因字母,而纳米孔技术没有上限DNA片段的长度,可以排序,并能更快速地确定完整的病毒基因组序列。

“不过,如同许多新兴技术,有担忧纳米孔测序的准确性。我们在我们的论文报告的结果严格的冠状病毒基因组的测序分析评估我们的协议,”Deveson博士说。

研究者的分析揭示了纳米孔测序方法高度准确(变异检测灵敏度和精度> 99% > 99% 157年SARS-CoV-2-positive病人标本),并提供最佳实践指南,研究人员希望将促进全球技术的吸收其他团队。

研究人员说纳米孔测序甚至有可能提高SARS-CoV-2监视通过启用即时测序和改进的周转时间为关键的情况。

“纳米孔设备更便宜,更快,便携式和不需要实验室基础设施所需的当前标准的病原体基因组学工具,“Deveson博士说。“我们希望我们的这个协议将有助于验证其他世界各地的公共卫生团队采用这项技术。”

参考:牛,R.A.、Adikari T.N.弗格森J.M. et al。分析纳米孔测序快速SARS-CoV-2基因组分析的有效性。Nat Commun。2020;11 (6272)。doi:10.1038 / s41467 - 020 - 20075 - 6

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