一个统一的蛋白质组学质谱数据的标准格式

人类蛋白质组组织的蛋白质组学标准计划(HUPO-PSI)已经宣布一个路线图创建一个统一的数据交换格式的蛋白质组学质谱在会议上美国社会的质谱分析。

的格式将结合当前HUPO-PSI格式(mzData) mzXML格式。

从这两种格式的格式将包括功能:交换模式已分割数据向量与其他分析交换格式兼容;支持随机访问索引和数字签名通过包装模式。

支持的格式,该格式项目还包括工具支持格式的开发人员和用户:一个程序规范化XML文件随机访问和数字签名;验证程序来确保受控词汇表术语的使用最小匹配报告(“MIAPE”)要求;的应用程序编程接口(API)包括语言绑定为流行的编程语言;抽象数据模型和其他文档来帮助软件开发人员希望实现系统基于交换格式。

除了交换格式和软件帮助阅读和验证文档,项目还将开发的参考实现数据转换器来创建格式从尽可能多的质谱分析仪器。

参考实现转换器将作为开源软件项目开发的协助下质谱分析仪器供应商和软件开发人员社区工作领域的质谱信息。

项目的时间线要求的大多数项目可交付成果将在今年年底完成,2006:

八月:
数据模型(UML)
——本体模型

9月:
——文档
-草案规范的模式
-语言绑定(解析API)

12月:
——二进制索引和签名的程序
验证程序
——参考实现的转换器