协助COVID-19数据分析

研究基因组中心的监管(环球)已经启动了一个新的数据库国际研究COVID-19努力推进。

普及,并且免费资源(https://covid.crg.eu)可以通过来自世界各地的研究人员研究不同病毒的生长,变异和制造蛋白质。

“科学家们夜以继日地工作,以求理解SARS-CoV-2,病毒导致COVID-19,这样我们就可以找到自己的弱点,战胜它。大量的科学数据发表在世界各地,”研究员伊娃诺沃亚说中国中铁在巴塞罗那。“然而,我们使用的一些技术研究SARS-CoV-2,如RNA纳米孔测序,非常新,一篇论文的结果没有与另一个由于不同的标准和方法的使用。我们正在采取所有这些数据和分析它满足更普遍比较标准。这将有助于研究人员更快更准确地发现冠状病毒的优点和缺点。”

了解冠状病毒生长,变异和复制,科学家必须COVID-19的RNA序列。蛋白质的RNA序列显示关键信息病毒入侵人体细胞和复制,进而通知政府对大流行的传染性和严重程度。

传统的测序工具可以花很长时间来提供结果。近年来,实时测序数据已经成为一个现实由于纳米孔测序技术的使用,对基因组学研究和疾病暴发监测。纳米孔测序为科学家和临床医生提供了直接访问任何活细胞的DNA和RNA序列信息实时,启用快速反应对大流行的威胁。

然而,纳米孔测序产生的原始数据是高度复杂的。科学家和临床医生目前缺乏系统的指导方针的可再生的分析数据,限制新兴技术的巨大潜力。

标准化分析公开SARS-CoV-2纳米孔测序数据,研究基因组中心的监管(点)在巴塞罗那使用MasterOfPores,伊娃诺沃亚集团开发的一个计算机程序和环球生物信息学单位。上周第一次描述了软件在遗传学领域。

“互联网和日益开放的文化科学,数据共享和预印本研究景观了。基础设施将需要数月时间才能建立一个新兴的研究病毒在几天就可以完成由于新颖的科学计算方法,”茱莉亚Ponomarenko表示在环球化生物信息学单元。

MasterOfPores可以执行任何Unix-compatible操作系统在计算机上,集群或云不需要安装任何额外的软件或依赖关系,并在Github是免费的。普及,并且免费资源目前3 tb的RNA SARS-CoV-2纳米孔测序数据分析。环球化的研究人员将继续用新数据更新资源一旦可用。

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