28000个肿瘤发现568名癌症基因的分析

分析28000肿瘤基因组的66种癌症导致了568年的识别司机的基因。

由生物医学基因组学实验室IRB巴塞罗那研究允许的一个主要更新综合OncoGenomics (IntOGen)平台,旨在识别驱动基因突变的癌症。

发表在自然评论癌症,结果提供最完整的快照癌症司机基因的纲要。

癌症是一组疾病的特点是不受控制的细胞生长引起的突变,和其他改变细胞的基因组。肿瘤可以出现从几百美元到几千突变,但只有少数因其致瘤的能力是至关重要的。这些关键基因突变影响癌症的函数驱动程序。发现港口这种癌症的基因驱动突变在癌症研究的一个主要目标。

IRB巴塞罗那的生物医学基因组学实验室,研究人员由Nuria Lopez-Bigas ICREA研究员已经进行了大量的计算分析从66年约28000肿瘤类型的癌症,已经确定了568司机的基因。这些关键基因扮演特定的角色在调节细胞生长,细胞周期和DNA复制,等等。在这些基因突变,带来恶性细胞的能力迅速繁殖,没完没了地,逃避免疫系统和其他防御系统,传播和侵入其他组织和修改环境效益等功能。

“司机的纲要基因提供了癌症研究人员,在临床和基础研究,至关重要的知识,它对临床决策有着重要的影响,”Lopez-Bigas说。“举个例子,如果我们知道肿瘤的肿瘤发生的能力依赖于一个特定的蛋白质,经批准即进行有针对性的治疗。阻碍其功能、抗体或其他抑制剂——可能是受雇于肿瘤学家来治疗病人,”她补充道。

大多数癌症司机基因是非常具体的

鉴定的568例癌症司机基因,研究人员已经观察到最高度特定和突变能够引起只有少数肿瘤的类型。然而,有一小群,占不到2%的确定,用途广泛,可以开车20多个不同类型的癌症。“虽然已经知道癌症司机基因有不同程度的特异性首次发现以来,有了这个快照的纲要允许我们以公正的方式来解决这个问题,”亚伯冈萨雷斯·佩雷斯说,在生物医学基因组学实验室研究助理,他还领导了这项研究。

之前的其他群体的研究表明,癌症是由于平均4关键基因突变在癌症的司机。某些类型的癌症,其特点是低数量的突变,目前只有一个这些基因的突变,而另一些人,通常存在许多突变,如结肠直肠癌和子宫肿瘤,容纳10。其他基因改变,如结构变异,基因的拷贝数的变化,突变影响基因组的非编码区域也导致肿瘤发生。

积极的选择作为一个指标

令人惊讶的突变的基因模式,不同于预期的中立,构成信号,他们正在积极的选择在肿瘤发生中。IRB巴塞罗那积极选择的研究人员使用这些信号来识别驱动基因突变。计算这些信号突变的积累在中立需要准确地为所有的基因,所以任何基因从预期的偏差模式可能更容易辨认。

信号的积极的选择利用识别司机突变基因,例如,异常高的突变的基因或一个意想不到的分布沿一个基因序列的突变。在最新的这篇文章,发表在《自然》杂志上的评论癌症研究人员提供了一个更新的开放获取IntOGen平台,包括对这些信号的值计算所有司机突变基因。“IntOGen平台提供了理想的基础设施系统的更新的纲要,随着越来越多的肿瘤测序数据释放进入公共领域,”第一作者Francisco Martinez-Jimenez说,博士后研究人员在生物医学基因组学实验室。

丰富的癌症基因组翻译

生物医学基因组学实验室之前开发的平台被称为癌症基因组翻译,旨在支持在肿瘤学临床决策。,最近发表的关于司机基因在每个癌症类型,以及它们在肿瘤突变模式,将癌症基因组的新版本翻译,处于开发阶段,因此炼油能力的识别突变可能是个体的肿瘤的关键,并构成治疗靶点。快照司机纲要的基因,和计算系统用于生产是免费提供给临床和基础癌症研究人员探索和下载。

参考

Martinez-Jimenez et al。(2020)。的司机基因突变的癌症。自然评论癌症。DOI:https://doi.org/10.1038/s41568 - 020 - 0290 - x

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