阿贡国家实验室开发的开源分析工具基因组的注释

微生物群落的研究从环境样本,称为宏基因组,向前bet188真人推进了454年高通量测序等技术进步的基因组定序器FLX系统。

最近使用的测序方法宏基因组分析,主要研究挑战从生成转向分析数据。解决这些瓶颈分析,从阿贡国家实验室的一个研究小组,芝加哥大学和圣地亚哥州立大学开发了一个开源系统宏基因组序列数据的自动化处理。

资源,专门为454测序平台产生的数据文件,生成系统发育和功能基因组的总结比较序列与蛋白质和核苷酸数据库。

metagenomics-RAST服务器可用http://metagenomics.nmpdr.org/,是基于种子比较基因组学的框架。研究人员可以直接上传数据集生成的文件格式GS FLX乐器,作为原始读取或重叠群装配。

“我们建立这个分析工具与特定的考虑454测序的数据集,”罗布·爱德华兹解释项目领导。“只有GS FLX的长序列读取系统确保所需的特异性比较数据对DNA或蛋白质数据库功能注释,使其成为宏基因组分析的首选平台。”

基因组上传到高通量对各种管道比较已知序列数据库,包括rRNA和线粒体数据库,蛋白质编码基因筛查。该工具提供系统所需的数据类型比较,功能注释,装箱的序列,phylogenomic分析和代谢重构。

“我们很兴奋地看到这个新的在线注释工具的发展,”乌尔里希Schwoerer说,全球营销主管454生命科学,罗氏公司。”我们继续改善我们的测序技术更高的吞吐量和更长的读,我们支持努力构建合作网络共享和分析数据在宏基因组研究社区”。

这项研究名为“宏基因组拉斯特服务器——公共资源的自动系统发育和功能分析基因组——”发表在《BMC生物信息学。