BIGSdb:可伸缩的细菌基因组变异分析人口水平

文摘

背景:细菌的机会正在意识到人口基因组学的应用程序并行核苷酸测序需要新颖的生物信息学平台。这些必须能够存储、检索和分析相关的表型和基因型的信息在一个可访问的,可伸缩的,计算高效的方式。

结果:细菌分离基因组序列数据库(BIGSDB)是一个可伸缩的、开源的,web访问的数据库系统,满足这些需求,使表型和序列数据,它可以从一个序列读取整个基因组数据,为无限数量的有效与细菌标本。系统建立在广泛使用mlstdbNet软件,为存储和分配开发茎的序列输入(MLST)数据,并结合能力定义和识别任意数量的位点,这些位点的遗传变异中存储的核苷酸序列。这些位点可以进一步组织为“计划”隔离描述或进化或功能分析。隔离和位点可以通过多个索引名称和任意数量的替代方案可以适应,使交叉引用不同的研究和方法。LIMS的功能软件能使连杆和组织实验室样品。数据很容易与外部数据库和细粒度的访问身份验证允许多个用户参与社区注释通过设置或导致数据库内的不同方案。的一些应用BIGSDB属奈瑟氏菌属、链球菌。BIGSDB源代码和文档是可用的http://pubmlst.org/software/database/bigsdb/。

结论:基因组数据可以用于描述细菌隔离在许多不同的方式,但也可以有效地利用进化或功能的研究。BIGSDB代表一个免费资源,将帮助更广泛的社区的结构和功能的说明细菌通过人口基因组学的方法。

这篇文章发表在杂志上,生物信息学和是免费的访问。