Biogemma GenomeQuest, SGI创建第一个高性能计算解决方案部署农业基因组学

具体来说,在他们的研究总部和服务三个国际育种公司和一个法国技术学院Biogemma已经部署了GenomeQuest解序列数据管理和分析1000年SGI Altix紫外线,世界上最快的、最可伸缩的超级计算机。

主管奥利弗杜佳斯上游基因组学,Biogemma,评论,“随着新一代测序(门店),感兴趣的物种正在接近我们的数据交付率数百gb每月我们将处理字节到2011年底。这种合作和GenomeQuest和SGI的独特的技术,我们的研究人员具备处理这些巨大的数据集和执行复杂的分析过程,将导致强大的genomic-based发现。”他补充说,“例如,在全基因组解析工作,我们现在可以确定SNP和结构性差异个体植物和数以百计的样本。”

Biogemma执行基因组研究活动在全球范围内200多个合作。帕斯卡•佩雷斯Biogemma CEO,比较基因组学讲话,“大规模大大加速我们基因发现过程的分子育种工作,使我们的合作伙伴。我们可以更好地为我们的股东,让他们选择和生产种子和属性,最好的满足世界的需求——包括更高的产量,更广泛的生物多样性,并降低对环境的影响。”

GenomeQuest首席执行官理查德·雷斯尼克评论,“基因组学是一个主要的转折点——起泡排序和计算技术的进步,我们能够了解并理解底层的前所未有的科学。我们的使命在GenomeQuest是允许研究机构超越昨天的“脚本”细节,专注于新的科学的蓬勃发展。我很高兴地报告,Biogemma及其进步的生物信息学工作人员充分利用我们的基因组平台的生产力和可编程性——在整个multi-genome规模。”

今年早些时候,GenomeQuest和SGI宣布一个常见的软件/硬件架构和multi-genome分析,优化了门店的规模。最近还,SGI宣布SGI Altix UV 1000系统实现两个世界纪录性能标准绩效评估公司的SPECjbb2005基准,测量行业标准的基于java的应用程序的性能。

Eng Lim吴作栋博士,高级副总裁兼首席技术官在SGI,讲话,“祝贺Biogemma在部署推进先进的处理农业基因组学,并为继续GenomeQuest铅的基因组学行业世界级的、可伸缩的长效磺胺。我们很自豪能成为不可分割的一部分,这种合作并提供底层,超级计算机技术力量部署。最重要的是,SGI很受的生命科学进展的结果。”

其他合作细节部署包括:

*初始作物研究的玉米、小麦、油菜和向日葵
* GenomeQuest工作流使用RNA-Seq分析,multi-genome分析新创大会,从SNP和多态性发现大型重排
*统计和路径工具将集成到解决方案
*所有现有的序列数据被转换和支持
*据估计,该系统将支持超过80 tb的数据到2011年底