酝酿了一个风暴:科学家进行全球啤酒蛋白质组学研究

2020年PRG啤酒蛋白质组学研究

如果你-像我花了很大一部分的大流行看电视节目朋友,你可能会熟悉这段插曲,罗斯和迈克试图确定啤酒和啤酒之间的区别。

实验有点徒劳的,收益率没有结果也不是公司的科学结论。当然,这是虚构的,但理解酒精饮料的分子组成的概念是非常真实的。科学家们ABRF蛋白质组学研究小组(PRG)正在探索的蛋白质组成不同类型的啤酒使用大规模spectrometry-based方法。正式命名为处理和分析混合发酵yeast-plant蛋白质组(或者2020 PRG啤酒蛋白质组学的研究),该项目是全世界招募研究小组。

短暂的相当简单。首先,喝啤酒(这确实不需要酒精)。第二,取一个样本的啤酒,消化蛋白质,使用质谱分析样品和报告发现的蛋白质信息。PRG收集原始数据,评估样本的独特的或不同的品质。

项目出生,具有讽刺意味的是,在一些啤酒。“我认为这个想法开始当我们喝啤酒,也许更像一个笑话,然后我们思考越多,它实际上是一个很好的主意。当其余的PRG听说,他们喜欢它,和一件事导致另一个,”说本杰明·尼利联合的PRG和研究化学家国家标准与技术研究院。

可以说是非常规样品的魅力吸引了Brett Phinney PRG的成员和经理的蛋白质组学的核心戴维斯加州大学(UC)。大学有很强的啤酒酿造的名声,和第一阶段的项目参与者收到的整除PRG的麦酒酿造的格伦·福克斯。“我们的合作伙伴在加州大学戴维斯分校酿造啤酒酿造一个特殊的控制(这是美味的,顺便说一下),我们可以使用作为一个控制实验室。我们发送全世界60多个实验室,”Phinney说。

宏蛋白质组学的援助之手

当被问及啤酒行业的本研究的潜在应用,Phinney答道:“对我来说这就是基础研究。我们蛋白质能检测啤酒,我们可以检测有什么主要区别?我们能理解来自不同实验室的数据来自世界各地?我希望别人能够利用数据的可能,但我们将会看到。”

然而,从不同的研究小组收集的数据量,分析不同样品将对基准测试是有用的生物信息学工作流。尼利解释说,“通常情况下,当我们进行蛋白质组学分析,我们只是专注于一个物种,说一个人。但也有许多样本类型的混合物种,像泥沙,珊瑚或啤酒。”This approach to proteomics research is known as metaproteomics (also referred to as community proteomics).

“当你看着的蛋白质组分析啤酒酵母、植物(小麦、水稻、啤酒花和更多),有时细菌根据酿造。其中一些是已知的,而有些是未知的(如细菌添加到酸),”尼利补充道。

如何分析数据从不同的物种,包括已知和未知蛋白质是在宏蛋白质组学作为一种普遍的挑战。PRG团队希望公开研究的数据将用于字段一般:“因为我们为本研究产生的所有数据将被公开,我们希望它是有用的检查和比较metaproteomic工作流来识别未知物种,但也看到不同的工作流预测功能变化发生在已知的物种。但最重要的是,这将是一个数据集,是有趣的因为它的相关性,”尼利说。他补充说,“有一些真正伟大的bioinformaticians他们将享受数据和其固有的复杂性。”

一个小项目

除了生成独特而有趣的数据,研究也是一个社区建设运动,将使PRG生产而下大型研究集团进行内部测试。

意料之中的是,流行为团队带来了后勤挑战。锁定和社会距离措施使它很难找到实验室,和PRG集团所有的工作在其他项目在COVID和癌症等领域的研究。“我通常自私当我帮助设计实验。我说,‘我怎么才能绳人与科学帮助我们我们想要完成,并结交新朋友/同事在我们小利基蛋白质组学社区吗?这些研究都好做,”Phinney说。

后勤挑战也许更令人吃惊的是航运的控制样本。原来,一群科学家航运1毫升整除的家酿啤酒在世界各地引发海关部门的几个问题;——谢天谢地——回答问题。

尽管有这些困难,PRG团队继续研究和预测,下一个障碍将数据分析:“这将是具有挑战性的尝试任何意义的数据看到它来自各种各样的实验室使用不同的方法,“Phinney说。这里的控制啤酒将一个资产。

“一旦人们生成数据,我们认为我们可以使用一些ID-free方法来生成一些高级的比较(如啤酒类型和地区的集群)。我们的主要目标将扭转,并提供数据回馈社区,”尼利补充道。

将在1月底的数据,科学家们希望在3月提出一些初步的结果。最后期限收到PRG控制啤酒已经过去了,但是你仍然可以报名研究和使用商业啤酒,喜力,作为一个控制。

本杰明·尼利和Brett Phinney莫莉坎贝尔,科普作家、技术网络。188金宝搏备用

2020年PRG啤酒的蛋白质组学研究是由ABRF资助。控制样本捐赠,PRG成员的时间/精力和研究参与者是自愿的。