癌症生物标志物识别软件工具获得认证
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基因组和蛋白质组数据的爆炸性增长已经迎来了一个新的时代癌症的分子医学检测、诊断和治疗是根据每个分子概要文件。但这个性化医疗方法要求研究人员发现和生物标记,如基因或蛋白质,与特定疾病的行为,如肿瘤恶化的速度和对治疗的反应不同。
副教授可能Dongmei王最近收到银级兼容性认证的两个软件程序,提高癌症标志物从基因表达数据的过程。
两个新的软件程序,帮助应对这一挑战,最近获得了银级兼容性认证的国家癌症研究所癌症生物医学信息学网格®,也称为caBIG®。识别癌症生物标记物的程序改进过程的基因表达数据。
可能Dongmei小王和她的团队开发的华莱士·h·库尔特生物医学工程系乔治亚理工大学和艾莫利大学的程序——caCORRECT和omniBioMarker——去除噪声和工件,并从微阵列数据确认和验证的生物标记。资助开发项目是由美国国立卫生研究院,格鲁吉亚癌症联盟,微软研究院和惠普。
“认证caBIG意味着每个人使用的工具可以方便地在癌症社区改善癌症检测方法,诊断,治疗和预防,”王说,库尔特部门的副教授和格鲁吉亚癌症联合著名学者。
caBIG是一个协作的信息网络,使研究人员,医生,和病人分享数据,工具和知识加速新方法的发现,他们希望将最终改善癌症病人的结果。成为caBIG-certified, caCORRECT和omniBioMarker通过一套严格的要求,确保癌症研究社区的软件工具是高质量和可互操作的所有其他caBIG-certified系统在全国范围内部署。
caCORRECT -芯片工件校正是一个软件程序,提高收集的微阵列数据的质量,最终导致改善生物标志物的选择。广泛使用Affymetrix微阵列包含成千上万的探测器,每个包括25-oligo序列,用于检测mRNA表达水平。
马丁Ahrens理查德•莫菲特Dongmei小王和托德•斯托克斯(左右)发达caCORRECT软件,提高了收集的微阵列数据的质量,最终导致改进癌症生物标志物的选择。
“一旦有人收集的微阵列数据,重要的是要运行质量控制的数据,删除任何问题点可以突出显示不正确的生物标志物分析时,”王解释说,他也是导演的生物运算与生物信息学核心Emory-Georgia科技国家癌症研究所癌症纳米技术卓越中心(CCNE)。
因为每个微阵列芯片包含成千上万的斑点,几个景点很容易成为工件和噪音。这些不能使用的部分通常实验变异的结果不同的实验室技术员或错误产生划痕,边缘效应和泡沫对数据的影响。
caCORRECT消除了噪声和工件的数据,同时保留优质基因的数组。软件也可以有效的恢复丢失的信息已经被工件。
与安德鲁·n·年轻合作,在病理学和实验室医学副教授埃默里大学医学院和临床实验室主任Grady卫生系统,王托德•斯托克斯和研究生马丁Ahrens和理查德·莫菲特caCORRECT软件进行验证。大规模的公共数据的调查和数据从年轻的实验室证明caCORRECT评估的能力和提高各种数据集的质量。
“caCORRECT是一个质量保证的工具,允许研究人员利用和信任不完美的实验微阵列数据,他们花了大量的时间和金钱来生成,”王说。“caCORRECT改善下游微阵列数据的分析和应该使用前进行生物标志物的选择,治疗目标研究,或通路分析生物信息学和系统生物学的研究。”
一旦与caCORRECT数据的质量是有保证的,研究人员可以使用caBIG-certified omniBioMarker软件来识别和验证生物标志物的高通量基因表达数据。
王可能Dongmei和研究生约翰表象和托德·斯托克斯(左右)使用caBIG-certified omniBioMarker软件来识别和验证癌症生物标记从高通量基因表达数据。
候选人癌症生物标记通常是基因表达在不同层次上的癌症患者与健康受试者相比。omniBioMarker搜索这些群体基因潜力最高的病人数据的准确确定病人是否有癌症。然而,由于独立个体基因不表达,软件也确定了组织的基因一致行动。
omniBioMarker软件的优点是,它的回馈都生物标记选择一个特定的数据集或临床问题基于之前的生物知识。它也适用于独特的分析参数为每个特定的临床问题。参数最优当软件选择基因已知相关生物标记根据临床观察和实验室实验可以在文学和公共数据库。然后软件发现新的潜在生物标记实验验证。
副教授可能Dongmei王最近收到银级兼容性认证的两个软件程序,提高癌症标志物从基因表达数据的过程。
两个新的软件程序,帮助应对这一挑战,最近获得了银级兼容性认证的国家癌症研究所癌症生物医学信息学网格®,也称为caBIG®。识别癌症生物标记物的程序改进过程的基因表达数据。
可能Dongmei小王和她的团队开发的华莱士·h·库尔特生物医学工程系乔治亚理工大学和艾莫利大学的程序——caCORRECT和omniBioMarker——去除噪声和工件,并从微阵列数据确认和验证的生物标记。资助开发项目是由美国国立卫生研究院,格鲁吉亚癌症联盟,微软研究院和惠普。
“认证caBIG意味着每个人使用的工具可以方便地在癌症社区改善癌症检测方法,诊断,治疗和预防,”王说,库尔特部门的副教授和格鲁吉亚癌症联合著名学者。
caBIG是一个协作的信息网络,使研究人员,医生,和病人分享数据,工具和知识加速新方法的发现,他们希望将最终改善癌症病人的结果。成为caBIG-certified, caCORRECT和omniBioMarker通过一套严格的要求,确保癌症研究社区的软件工具是高质量和可互操作的所有其他caBIG-certified系统在全国范围内部署。
caCORRECT -芯片工件校正是一个软件程序,提高收集的微阵列数据的质量,最终导致改善生物标志物的选择。广泛使用Affymetrix微阵列包含成千上万的探测器,每个包括25-oligo序列,用于检测mRNA表达水平。
马丁Ahrens理查德•莫菲特Dongmei小王和托德•斯托克斯(左右)发达caCORRECT软件,提高了收集的微阵列数据的质量,最终导致改进癌症生物标志物的选择。
“一旦有人收集的微阵列数据,重要的是要运行质量控制的数据,删除任何问题点可以突出显示不正确的生物标志物分析时,”王解释说,他也是导演的生物运算与生物信息学核心Emory-Georgia科技国家癌症研究所癌症纳米技术卓越中心(CCNE)。
因为每个微阵列芯片包含成千上万的斑点,几个景点很容易成为工件和噪音。这些不能使用的部分通常实验变异的结果不同的实验室技术员或错误产生划痕,边缘效应和泡沫对数据的影响。
caCORRECT消除了噪声和工件的数据,同时保留优质基因的数组。软件也可以有效的恢复丢失的信息已经被工件。
与安德鲁·n·年轻合作,在病理学和实验室医学副教授埃默里大学医学院和临床实验室主任Grady卫生系统,王托德•斯托克斯和研究生马丁Ahrens和理查德·莫菲特caCORRECT软件进行验证。大规模的公共数据的调查和数据从年轻的实验室证明caCORRECT评估的能力和提高各种数据集的质量。
“caCORRECT是一个质量保证的工具,允许研究人员利用和信任不完美的实验微阵列数据,他们花了大量的时间和金钱来生成,”王说。“caCORRECT改善下游微阵列数据的分析和应该使用前进行生物标志物的选择,治疗目标研究,或通路分析生物信息学和系统生物学的研究。”
一旦与caCORRECT数据的质量是有保证的,研究人员可以使用caBIG-certified omniBioMarker软件来识别和验证生物标志物的高通量基因表达数据。
王可能Dongmei和研究生约翰表象和托德·斯托克斯(左右)使用caBIG-certified omniBioMarker软件来识别和验证癌症生物标记从高通量基因表达数据。
候选人癌症生物标记通常是基因表达在不同层次上的癌症患者与健康受试者相比。omniBioMarker搜索这些群体基因潜力最高的病人数据的准确确定病人是否有癌症。然而,由于独立个体基因不表达,软件也确定了组织的基因一致行动。
omniBioMarker软件的优点是,它的回馈都生物标记选择一个特定的数据集或临床问题基于之前的生物知识。它也适用于独特的分析参数为每个特定的临床问题。参数最优当软件选择基因已知相关生物标记根据临床观察和实验室实验可以在文学和公共数据库。然后软件发现新的潜在生物标记实验验证。
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