癌症的秘密解决使用细胞的“社交网络”

近期的头条将怀疑在社会网络分析,从而挖掘数据从互联网广告目标或潜在影响选举。

但如果我们可以使用同样的工具,而不是少数的经济或政治利益,但对于全人类的健康吗?科学家们现在可以利用社会网络分析的工具了解基因之间的联系,提前有一天可能会导致医学进步。

此举使Padi博士UA癌症中心主任助理教授生物信息学共享资源和分子和细胞生物学,开发出一种计算机算法叫羊驼,揭示它在病变细胞基因网络被激活——这种方法可能会导致更好的治疗各种疾病。结果是4月19日在线发表在《自然开放获取合作伙伴系统生物学和应用》杂志上。

癌症研究人员通常专注于特定基因比较健康细胞和肿瘤细胞时,这种方法也不能完全解释发生在幕后导致癌症。

“你可以得到部分的列表在你的车,但你不会理解什么使汽车运行直到你了解所有的部分连接到对方,“Padi博士说。

同样,有必要研究基因如何一起工作作为一个更大的网络的一部分,所以Padi博士是分析这些基因社区以同样的方式将检查连接组成的社交网络之一的人知道。bet188真人

Padi博士是这项研究的第一作者,与约翰•Quackenbush博士计算生物学中心主任癌症丹纳-法伯癌症研究所。研究当她是博士后研究员法波;Padi博士在2018年1月加入了UA。

基因在一个社区,就像人们在一个社交网络,彼此交谈。在一个健康的细胞,基因社区功能如工厂工人,合作过bet188真人程中原材料到商品细胞需要茁壮成长。在病变细胞,沿着“流水线”误解导致有缺陷的产品。跟踪基因的对话如何改变随着时间的推移可能会提供一些线索癌症发生。这些谈话可以分析社交网络使用工具开发的研究。

“一个典型的例子是一个电话网络,Padi博士说。“我叫我妈妈,我妈妈会叫我姐姐,我姐姐的打电话给我,我可以叫你,但你不会打电话给我的妈妈。自然形成社区,喜bet188真人欢你的社区和家庭社区工作。”

Quackenbush博士补充说,“同样的,我们可以看到,基因调控网络形式的社区。bet188真人“对话”的模式在社区健康和患病的个体之间的变化。bet188真人羊驼是第一个方法来理解细胞的“社交网络”是重组的疾病,这可能提供线索如何癌症形式。”

发现癌症的原因,面临的挑战是找到之间的差异基因社区健康细胞病变的细胞相比,而不是单个基因之间的差异。bet188真人社区是说起来容易做起来难,但是比较基因bet188真人的遗传学基础癌症可以有成千上万的交互组件来整理。画一个图这些交互结果的研究人员称之为“毛团。”

“地图人类可以理解的,科学家需要电脑来找出这个“毛团”的微妙的方式出错在肿瘤细胞中,“Padi博士说。

接下来的步骤是确定药物的候选人之一,在实验室可以进一步调查。

“我们想使用我们已经学会开发可以帮助预防或治疗疾病的新策略,”Quackenbush博士说。

Padi博士是特别感兴趣的小说利用羊驼寻找治疗癌症的人无法应对目前可用的治疗方法。通过对比癌症无法使用药物治疗,被称为chemoresistant肿瘤,与敏感的肿瘤,可使用药物治疗,研究人员可以集中精力在一个社区的“坏人”——基因调控机制可能与定制有针对性的药物。

羊驼整合社交网络分析是一个创新的使用通常与市场营销相关的工具,而不是医学研究。

科学家通常问“网络信息是如何通过Twitter传播或其他沟通渠道,“Padi博士说。“我们问完全不同的问题,比如如何在不同类型的网络功能肿瘤。这种类型的研究是罕见的,因为没有多少人在这两个领域同时工作。”

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