中国科学家世界上第一个大熊猫基因组序列

Illumina公司宣布,研究人员北京基因组研究所(BGI),深圳第一个大熊猫基因组的完整从头测序。

只使用Illumina公司的基因组分析,一个小团队的科学家——一个月生产150个碱基的序列被用来组装三个属于Jingiing gigabase基因组,大熊猫是2008年奥运会的吉祥物。

这些数据将帮助研究人员更好地理解疾病的遗传基础,进化的分子机制,影响人工繁殖的大熊猫。额外的大熊猫基因组信息将于下周在植物和动物十七基因组(PAG)会议在圣地亚哥,加利福尼亚。

Ruiqiang Li博士,华大基因研究院生物信息学部门主任、深圳评论关于这个项目。“大熊猫有一个独特的,进化地位在中国,被视为国宝。使用完全Illumina公司下一代测序技术,我们完成了大熊猫的从头测序基因组,大大加速了这一濒危物种的基因信息进行解码的过程。现在,世界各地的研究人员可以访问新数据将帮助保护和监控大熊猫。”

研究团队80%的大熊猫基因组测序,基因地区获得大于95%的覆盖率,将军重叠群的大小大约300 kb。使用成对的读取平均每运行75个碱基对,50 x生成覆盖的基因组。

“long-paired读取和高数据质量使我们完全从头测序一个复杂的有机体。这一成就标志着一个重要的里程碑:它表明mammalian-sized基因组可以使用从头测序组装Illumina公司基因分析仪上的一小部分成本和时间之前完成一个项目的大小,“继续Ruiqiang李。“编译基因组也非常容易。使用我们的短的寡核苷酸排列程序(SOAP),我们大会仅在两天内完成。”

根据奥利弗·赖德圣地亚哥动物园的保护研究,大熊猫基因组序列的存在将使野生大熊猫种群更详细的研究。