CITE-seq工具支持单个细胞的大规模多维分析

科学家研制出一种新技术在纽约基因组中心(NYGC)代表一个重要的一步单细胞RNA序列,基因组学提供详细的见解的单个细胞,可以区分不同的细胞类型和研究疾病机制在单个细胞水平。

CITE-seq或细胞转录组和抗原表位的索引排序,夫妻的测量表面蛋白标记同时成千上万的单细胞测序的信使核糖核酸(mRNA转录组)相同的单个细胞。

CITE-seq NYGC研究者的概念验证研究,发表在自然方法,监测10表面蛋白和转录组一起,8000单个细胞,多维单细胞分析的最大规模的示威游行。

“没有其他方法可以同时测量转录组和蛋白质相同的规模,”马龙Stoeckius说,博士,研究科学家NYGC的技术创新实验室,领导CITE-seq的发展。“CITE-seq增加已经建立了转录组分析方法没有任何不利影响生成的数据的质量。”

以前的方法依赖于单个细胞的捕获蛋白质信息血细胞计数在这些细胞沉淀到盘子单细胞RNA序列。当前方法遭受低吞吐量(细胞的数量,可以分析)和有限数量相对较小的蛋白质标记。

CITE-seq的蛋白质检测组件是基于DNA-barcoded抗体,产生一个可排列的读出捕获细胞的转录组。集成所需的蛋白质和RNA由CITE-seq生成的数据自定义数据分析、开发与实验室的拉胡尔Satija密切合作,博士NYGC核心教员。CITE-seq的力量作为一个例子,研究人员使用了多通道数据识别的子类自然杀伤(NK)细胞很难区分仅根据转录组。

CITE-seq更精细解剖细胞群的能力在临床研究有许多潜在的应用。“一个可能的未来方向是使用CITE-seq肿瘤样本检查单个肿瘤细胞和免疫细胞浸润肿瘤的不同池。这种方法可能是非常有用的在肿瘤异质性的深层特征和新的免疫治疗方法的发展,“Stoeckius博士说。