竞争破译RNA-Cancer链接

来自世界各地的科学家们宣布了一项新的挑战,找到最好的算法来检测所有的癌细胞异常RNA分子。这是一个社区的努力,邀请所有科学家和爱好者参与协作的众包基准测试工作。

基于最近其他成功的挑战,新的体细胞突变调用RNA的挑战将使用一个参赛者提交他们的云模型算法,不是他们的结果,评价。这将是第一个挑战利用新NCI云飞行员,这将提供位置数据和共享工具以及计算学分,可以使用一些免费的参与者和最终的得分。挑战是星期四,2016年6月30日。Sage bionetwork突触网站登记是可用的。

基因重组在癌细胞产生融合转录本可能引起嵌合蛋白产品在正常细胞不存在。此外,肿瘤细胞可以表达替代形式的编码的消息引起蛋白质变异不同于正常组织。这些嵌合体蛋白变体可以作为可靠的诊断标记物或药物靶点。此外,正在进行的研究工作开始公布这些变体RNA产品的潜在临床意义。增加肿瘤的“alterome”完全描述他们的RNA景观将扩大我们的理解癌症的机制,提供新的生物标志物,和揭示可能的新RNA-based疗法,从而提高个性化的病人治疗。

“预测RNA物种在癌症细胞是一个特别具有挑战性的任务,”乔希·斯图尔特说,加州大学圣克鲁斯生物分子工程学教授领导的一个挑战。“RNA表达反映了很多疯狂的复杂性潜在癌细胞DNA,然后在上面添加了另一个层面的错乱。”

RNA序列

SMC-RNA挑战的目标是确定最好的方法来检测重组RNA序列(RNA-seq)数据。Sub-challenges的重点是检测和量化mRNA融合和亚型。方法将会在硅片的评估和剧增的数据。将解决两个关键问题:什么是最好的方法来估计一组已知的RNA亚型的丰度,什么是最好的方法来预测小说融合基因的存在吗?这两个问题将涉及在计算机生成和湿实验室剧增的RNA序列数据。

像SMC-Het挑战,参赛者将贡献他们的代码作为独立的虚拟机,可以由管理员的挑战。选手的代码将被执行的三个NCI云飞行员已建立促进大规模癌症基因组数据集的分析。

癌症基因组学云飞行员旨在探索创新的方法来访问和计算大型基因组数据。他们的目标是把数据和分析聚在一个单一平台通过创建一组数据存储库位置计算能力和一个应用程序编程接口(API),它提供了安全的数据访问。云飞行员是民主化的目标访问NCI-generated基因组及相关数据和创建一个具有成本效益的方式来提供计算支持癌症研究社区。三份合同被授予开发云飞行员,Broad研究所,系统生物学研究所和七桥基因组学。这些团体正在开发基础设施和一套工具来访问,探索和分析分子数据。

“NCI吸引了梦的潜在挑战。利用云计算试点概念,使众包来提高癌症检测和量化记录显示了基于云计算的基础设施可以产生重大影响,”说挚友戴维森——生物医学信息学国家癌症研究所的项目经理。

云计算

挑战最初将利用云计算可以从系统生物学研究所,然后扩大到包括那些由七桥梁和Broad研究所提供。SMC-RNA基于集装箱软件和便携式工作流描述。因此,完成后,任何兼容的云系统还能够复制所有提交代码的执行和评估。

鼓励高水平的合作,Sage bionetwork的突触平台提供排行榜、团队能力动态形式,重新挑战,和一个论坛,参与者可以分享想法。作为额外的奖励,所有个人和团队提交一份最终的模型将被邀请作为财团概述论文的合著者的挑战将提交自然生物技术的官方杂志合作伙伴的挑战。顶级公司将获得旅游大奖和演讲的邀请,2017年梦想会议。

“这是一个令人兴奋的发展看到几个技术聚集在这一挑战如此优雅,”凯尔Ellrott说也是OHSU骑士癌症研究所的研究员,也是OHSU医学院的助理教授领导的一个挑战。“云飞行员可以提供可伸缩的计算大型数据集。SMC-Het,现在SMC-RNA,我们采用一个评估机制,生产可再生的生物信息学方法。这些挑战的结果可以用来解决癌症基因组学的重要问题。最后的挑战任何提交的技术可以向用户提供云飞行员对他们适用于他们自己的数据。它确实是一个动态组合设置完成伟大的事情。”