猕猴猴和小说的完整基因组基因表达微阵列为药品安全评估

猕猴猕猴是最重要的和广泛使用的非人类的灵长类动物模型在基础和应用生物医学研究。与其他物种相比,非人类的灵长类动物有更紧密的进化与人类的关系,表现出高生理相似适合作为转化为临床前药物安全评估模型。

提高预测能力的灵长类动物实验对于人类来说,乌尔里希Certa教授,分子毒理学,全球主管和他的团队首先应用鸟枪测序策略使用基因组测序仪FLX系统从454年罗氏的生命科学部门结合其他下一代测序技术解码整个基因组的猕猴属fascicularis女的毛里求斯的起源与留学生的报道。此外,大约二百万潜在的单核苷酸多态性(SNPs)被发现,首次将允许高分辨率个人在这个物种的基因分型。

使用序列比对和外显子大小的组合保护,20000多个记录在猕猴猴基因组中预测和用于构建一个m . fascicularis-specific基因表达微阵列在罗氏罗氏12 x135k平台上,在不到两个月的时间使全面又经济的转录组分析。12-plex表达式数组格式包含135000寡核苷酸功能每组有六个60米探针询问每个记录有探测可用空间包括额外的m . fascicularis目标或其他自定义所需内容。

肝脏样本的比较表达式分析36动物不同的地理起源导致超过700个基因的鉴定与高度变量表达式而大多数转录组显示相对稳定的较低的表达inter-animal变异。有趣的是,相当大的inter-individual以及跨物种的变化被发现在基因表达水平的一系列药品安全和反应相关基因。个体之间的基因表达的变化可以解释药品安全的关键数据和全基因组基因表达分析现在可以用于提高药物安全性研究和发现新型药物的作用方式相关的动物模型。

的灵活性和准确性罗氏表达式允许我们开发一种新型的微阵列芯片平台基于我们的基因组测序工作。第一次与较高的特异性基因表达可以监控这个动物模型来回答相关机械的或安全的问题基于转录反应。此外,我们计划设计额外的数组拷贝数变异和罗氏数组SNP分析平台。这些组合的努力将有希望改善平动非人灵长类动物实验对人类的价值。作为人类,它可能在未来成为可能发现在药物反应基因多态性区分穷人和良好的代谢例如“乌尔里希Certa教授解释说,原则领导这个项目的开发。

“我们获得的知识从猕猴基因组和基因表达分析使用罗氏微阵列是一种重要的贡献向更好地利用这一物种作为药品安全模型的评估人类药物小说。特别是,公布的研究数据代表一个重大贡献全球“3 r”动物福利计划,减少目标,改进和取代动物实验”托马斯说歌手,非临床安全制药研究全球主管和早期发展(pRED)。

参考
Ebelinget al。非人灵长类动物猕猴属的Genome-based分析fascicularis作为药品安全评估模型。(2011)基因组研究。提前8月23日,2011年出版。doi: 10.1101 / gr.123117.111