对冠状病毒完整基因组序列在巴西出版

仅两天后拉丁美洲的第一冠状病毒被证实在圣保罗,巴西最大的城市,阿道夫•鲁茨研究所的研究人员(请愿,圣保罗大学(USP)在巴西和英国牛津大学出版的完整基因组序列的病毒,他们称之为严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2型(SARS-CoV-2)。

的报告发表于2月28日在Virological.org上,一个论坛讨论和数据共享使用的病毒学家、流行病学家和公共卫生专家。这种信息有助于了解病毒传播到世界各地,并用于疫苗和诊断测试的发展。

“通过基因组测序,我们已经接近发现疫情的起源。我们知道巴西的确诊病例来自意大利,但意大利人还不知道爆发的起源在伦巴第他们尚未序列样本。他们还没有确定病人零,不知道他或她是否来自中国直接或通过其他国家,“酯落羽杉、USP的热带医学研究所(IMT),告诉FAPESP,必须占州政府通讯社的记者

根据落羽杉,第一个巴西序列相似的样品测序在德国1月28日和不同于基因组测序在武汉,在中国流行的中心。“这种病毒变异相对较小,平均一个月一次,所以没有点小块的基因组测序。了解病毒传播和发展,我们必须映射整个基因组,”她说。

研究者在请愿也冠状病毒的全基因组测序巴西第二个病人诊断为COVID-19隔绝,随着疾病的正式名称为2月29日。只完成后24小时内确认的情况下在巴西,研究表明,病毒的基因组之间存在的差异与第一和第二的病人。

“第二个巴西基因组更类似于基因组测序在英国,和中国两个不同序列。这表明COV-19流行在欧洲成熟的内部传播已经发生在欧洲国家,”落羽松说。

持续的监控过程,她补充说,将使科学家能够确定变异的病毒基因组区域,开发疫苗和诊断测试必不可少的一步。“如果测试目标区域变异频繁,损失的概率灵敏度高,”她说。

流行病学监测

落羽杉和努诺·法里亚,牛津大学教授对虫媒病毒Brazil-UK中心的首席调查员发现、诊断、基因组学和流行病学(CADDE)。FAPESP,必须占州政府支持的项目,英国医学研究理事会和牛顿基金,旨在进行实时的流行病学分析登革热等虫媒病毒和zika病毒。

“这个项目创建了一个网络的研究致力于应对流行病和流行病学数据实时分析,“落羽松说。“目标是提供真正的帮助卫生服务而不仅仅是发布信息几个月后发生的问题。”

根据落羽杉,一旦中国证实第一个爆发COVID-19今年1月,项目团队动员来获取所需的资源序列的病毒一旦抵达巴西。

“我们开始与请愿团队合作和培训人员使用的奴才,一个便携、低成本的测序技术。我们用这种方法监视zika病毒的进化在美洲,但在这种情况下我们能够跟踪病毒的起源和传播路线只有一年流行结束后。这次的团队进入行动一旦第一个病例被证实,“落羽松说。

实时流行病监控的主要优势,她补充说,识别的可能性到底是病毒到达巴西来自哪里。这些信息是有用的指导控制行为和帮助减少疾病的传播。

“这是一个流行病学监测的新工具。到目前为止已经测试只有在非洲埃博拉疫情期间,”落羽松说。“我们想马上发布第二个序列来帮助意大利同事分析他们的数据。我们分享我们的团队所使用的协议和意大利人把它们联系CADDE集团在英国。”

打破贸易壁垒

巴西的第一例COVID-19 (BR1) 2月26日被分子生物学诊断的团队。病人被感染在意大利,可能在2月9日和21日之间。病毒基因组测序克劳迪奥·塔瓦雷斯萨基领导的研究小组,负责人请愿的战略实验室(LEIAL),问耶稣,USP是医学院的博士后(FM-USP)和持有人FAPESP,必须占州政府的奖学金

“我们期待病毒抵达圣保罗,一旦我们确认我在IMT-USP与我们的合作伙伴取得了联系。我们已经与他们合作了几个月的使用奴才监控登革热,”萨基告诉FAPESP,必须占州政府通讯社

“我们能够打破几个障碍研究。大学训练团队和转让技术,使病毒可以测序在正确的地方,也就是中心负责流行病学监测。这是应该做的事情,”落羽松说。

除了请愿和USP,参与者在CADDE包括中心的成员控制地方病(SUCEN)和流行病学监测中心(CVE),这两个机构的圣保罗州卫生部。

控制计划

1月中旬以来传染病专家埃斯珀卡拉斯,FM-USP教授帮助圣保罗州卫生部制定患者感染SARS-CoV-2护理策略。埃米利奥里巴斯研究所和FM-USP综合医院(医院das丹尼)指定转诊中心严重病例。

“医院das丹尼遵循紧急应对和灾害控制协议被称为嗝(医院事件指挥系统),这是引发照顾学校枪击事件的受害者Suzano(一个城市在城市圣保罗十人死亡2019年),2018年在黄热病流行。现在我们已经建立的所有保健流预期即将到来的冠状病毒流行,”卡拉斯表示。

成立了一个工作组,他补充说,讨论临床试验协议举行国家患者诊断和治疗的卫生系统。

”这一战略规划和快速出版的病毒基因组演示圣保罗州的能力应对高质量的科学贡献的理解对公众健康的威胁,”卡拉斯表示。

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