复杂的针对寡核苷酸混合物解锁下一代DNA测序器获得的力量

一组研究人员哈佛医学院,弗吉尼亚联邦大学,安捷伦科技有限公司,密码子设备公司。,斯坦福大学使用复杂的寡核苷酸混合物的形式合成寡核苷酸库要克服的一个主要瓶颈实现潜在的最新一代的DNA测序器获得大规模减少成本和增加吞吐量。

他们的发现发表在《自然》杂志在线版的方法。这篇文章,多路放大的大型人类外显子组,可以访问www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/abs/nmeth1110.html。

全部潜力的新型DNA测序仪严重受限于缺乏大规模并行的“前端”取代传统的聚合酶链反应的方法,根据这篇文章。团队合成复杂的寡核苷酸探针混合使用可编程的“喷墨”技术,然后应用寡核苷酸探针混合物同时捕获和放大大约10000人类外显子在一个反应。然后研究人员演示了如何结合这一技术对经济的超高度大规模测序,发现高质量的有针对性的变化。

“安捷伦适应其原位寡核苷酸合成技术合成低聚糖库,和益生元长度和低误码率已经帮助我们与大规模并行合成结构,”合著者乔治·丘奇说,博士的遗传学教授,哈佛医学院遗传学系。“很明显,这种方法也可以用于第二代测序引物的工具。”

“有很多创造性的使用复杂的益生元库的方法,作者Jay Shendure说,医学博士,Ph.D., assistant professor, Department of Genome Sciences, University of Washington (previously at Department of Genetics, Harvard Medical School). “The high accuracy and length of these probes really open up some new possibilities.”

本文比较了新的益生元库协议传统目标发现基因变异使用Sanger测序的PCR扩增子。以PCR为“前端”使离散区域的放大,可以由单个Sanger测序读——大约一个千碱基瓶颈变得明显在使用新的测序技术。

“高质量的寡核苷酸的合成复杂混合物的能力在一个管使广泛的实验首次经济可行,”作者艾米丽Leproust说,博士,化学研发经理,基因组学解决方案单元,安捷伦科技公司。

“安捷伦寡核苷酸库合成能在同一管产生55000个寡核苷酸在单独合成寡核苷酸的成本的一小部分。此外,安捷伦的专有化学开发启用的合成低聚糖的长度100或更多高质量的碱基对。大量的研究人员正在开发激动人心的新应用程序使用这些低聚糖库通过早期访问计划,”Leproust补充道。

“我们预料的成功发展高度多路复用的方法有针对性的放大将使人类外显子综合排序的全基因组测序成本的一小部分,”这篇文章。