计算方法描述关键蛋白质以前所未有的细节
发表在《eLife,这项研究提供了一个深入了解这种蛋白质的结构,从而为更有效的抑制剂的发展铺平了道路。
这些发现的结果结合使用计算技术基本生物数据。
蛋白质p38α属于一个家庭的分子传输信号在细胞外,从而允许一个适当的细胞反应,如增殖、分化、衰老,甚至死亡。此外,p38α参与病理条件下,如慢性炎性疾病和癌症,使其成为一个有前途的药物目标。在这方面,一个完整的图片这种蛋白质的活化机制是必要的为了设计不影响其他进程的特定抑制剂。
eLife杂志上发表了一项研究在p38αAntonija Kuzmanic,欧盟居里夫人COFUND家伙同时在两个IRB巴塞罗那实验室进行博士后训练——分子建模和生物信息学实验室和实验室信号和细胞周期。实验室之间的合作研究莫德斯托奥罗斯科为首,由天使r . Nebreda后者p38α国际权威,提供了一个综合的照片p38α活化机制和新见解不同的分子效应分子,调节酶活性的蛋白质。
使用计算技术,研究人员已经破译复杂的分子机制的关键元素p38α活动。本研究描述了蛋白质激活机制以前所未有的细节和相明显矛盾的结果报道在以前的结构的研究。“考虑到p38α病理过程的重要性,我们希望这一研究获得的知识将有助于目标蛋白质有特异性,“强调Antonija Kuzmanic,这项研究的第一作者。
识别新的抑制剂
p38α已经针对炎症性疾病和某些类型的癌症;然而,没有一个药物尚未进入市场。“我们的研究揭示了新颖的蛋白质的构象,这可以作为一个起点在虚拟筛选的研究,旨在发现新的抑制剂,“Kuzmanic解释道。她补充道,“我们也能够突出重要的静电相互作用,这可能让我们探索替代与增加特异性激活通路”。
计算生物学方法
“我们只使用计算技术。主要是,我们使用大量的分子动力学模拟结合先进的取样技术称为metadynamics,“Kuzmanic解释道。这个组合有一个优势标准分子动力学模拟,因为它允许研究人员观察大构象变化在合理的计算时间。她继续说,“我们能够添加统计意义构象中我们观察到模拟”。
