计算方法提供更大的分子蛋白质功能的理解

一个新的“聚焦特性”在蛋白质功能集合出版的PLOS计算生物学强调探索蛋白质的分子功能的新的计算方法。成立于2015年,专注特性旨在促进讨论特定主题计算生物学感兴趣的社区。

多分子蛋白质功能研究试图发现的氨基酸序列,蛋白质的基础,确定特性和功能的“功能网站。”These sites are the parts of proteins that are directly involved in activities such as catalyzing chemical reactions or binding to regulatory molecules within a cell.

测序计划继续增加总体数量以指数速度已知的蛋白质,可以帮助研究人员有效地预测和计算分析和探索的特点功能网站编码的氨基酸序列。最近的工作在这个领域代表了关键的研究包括在新的焦点特性集合:

小说计算协议功能分类和描述丝氨酸Beta-Lactamases(李等):

细菌的蛋白质称为beta-lactamases基础抗生素耐药性,因此构成重大的医疗挑战。新开发的计算策略可以改进beta-lactamases许多不同类型的分类,以及改进的识别功能网站参与抗生素耐药性,这可以帮助打击阻力。http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004926

Isofunctional蛋白质亚科检测使用数据集成和谱聚类(Boari•德利马等):

一种新的计算方法允许研究人员把一大家人相关的蛋白质的未知函数成亚型基于共享功能的网站。这种策略旨在简化确定函数的挑战与日俱增的已知的蛋白质,绕过需要昂贵,耗时的实验。http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005001

阿特拉斯的抗氧化蛋白使用积极创建网站Profile-Based蛋白质功能相关的聚类方法(哈珀et al。):

另一个称为欢迎新方法采用了不同的计算方法来确定相关的蛋白质和分类根据共享功能的网站。在验证测试中,欢迎正确确定六子组内的大型超科被称为抗氧化蛋白的蛋白质,它执行各种各样的生物功能。http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005284

定义产品的化学空间Monoterpenoid合成酶(田等):

上述三项研究地址识别蛋白质功能的网站,但不探索蛋白质实际上做什么。这个焦点特性研究提供了一个各种各样的计算策略,例如结构建模和虚拟化学反应,系统地描述所有可能的产品类萜合成酶,蛋白质生成医学上重要的碳结构称为萜类化合物。http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005053

这个聚焦特性的研究可以帮助铺平途径对未来各种各样的研究,包括设计的新药物,抑制特定功能网站更有效和更好地理解进化。

本文从提供的材料已经再版公共科学图书馆。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。