50识别物种的棉花,4为纺织工业是有用的。领导的一个新的研究德保罗大学信息学小组已经绘制出其中一个至关重要的棉花物种的基因组-草本棉品种Wagad——给一个完整的账户如何驯化野生棉。
这组作者说,这项研究将有望给农业科学家更好地理解如何进一步提高作物的使用在美国和世界各地。
这项研究发表在《华尔街日报》G3:基因、基因组、遗传学。
棉花的遗传图谱
该研究的主要作者Thiru Ramaraj计算机科学系的助理教授德保罗的贾维斯大学计算和数字媒体。他的实验室已经能够分析基因组由于技术进步在过去的十年。
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免费订阅“这项技术的力量是它允许我们创建高质量的基因组提供一定程度的细节之前,根本是不可能的,”说生物信息学Ramaraj专家。“这可能更多研究人员序列很多农作物,是重要的对全球经济和养活人口。”
也参与项目的约书亚•尤德尔,农作物种质研究单位的研究领导人在美国农业部农业研究服务。尤德尔的研究表明可以提高棉花产量的遗传图谱,特别是Wagad棉花——一个二倍体应变主要种植在非洲国家。
作物能否经得住时间的考验
科学家们的第一步是使用高质量的重建Wagad基因组,长DNA序列数据。基因组工具的团队使用选择命令和东方的基因数据,然后在染色体结构。
Ramaraj然后招募杜鹃花门多萨生物学家和计算机科学研究生上下文添加到结果。门多萨开始她的研究棉花的历史的概述。她探索棉花使用比较基因组学的变化,关注带注释的基因及其功能。“我们正在研究的基因组区域,我们发现许多基因相关纤维的内容,“说门多萨。“令人难以置信的是,现实生活中的应用程序的工作。”
尤德尔,自2015年以来一直与Ramaraj合作,棉花基因组学为国内农业的重要性是不可否认的。农作物种质资源研究单位持有大约10000登记入册的各种物种库,目的是维护国家的粮食和家畜遗传资源。
包括能否经得住时间的考验作物对潜在的新威胁。“当新疾病来美国,或者有新的入侵害虫,我们做的第一件事是屏幕棉花遗传多样性,以查看是否有任何以前的品种有抗性,”尤德尔说。这使农民有机会快速开发耐药菌株和避免毁灭性的农作物损失。
而基因组测序的成本减少了随着时间的推移,尤德尔和Ramaraj的研究需要跨学科工作的近两年。尤德尔认为这是一个积极的一步识别其他棉花基因组序列。门多萨,工作更广泛的全球影响,可能有一天会觉得。“这是什么样的工作,将会影响人类未来和可持续性,”她总结说。
参考:Ramaraj T, Grover CE,门多萨AC, et al。草本棉l . Wagad基因组作为资源了解棉花驯化。G3 | |基因组遗传基因。2023;13 (2):jkac308。doi:10.1093 / g3journal / jkac308
这篇文章是一个返工的新闻稿由德保罗大学。材料已经编辑的长度和内容。
